baneplot-Gaussian可视化监控工具-已修复无法下载问题

wal · 发表于 Post on 2026-1-21 10:48:58

本帖最后由 wal 于 2026-2-7 23:19 编辑

在此推荐笔者自用的可视化监控工具baneplot，一个基于gnuplot的日志文件绘图工具。

baneplot (3.54 MB, 下载次数 Times of downloads: 24)

2026-1-22 19:16 上传 Uploaded

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260207：也可以看一下banedata，这个是提取数据用的

此工具是前年写的，用了一年多，感觉良好。主要用于几何优化监控、柔性扫描监控、IRC监控。支持控制台绘图，支持自定义绘图。解析库是homemade，可能有bug，欢迎报告。
环境要求：命令行可调用gnuplot。笔者使用的版本是5.4.4，有使用者报告某些版本可能存在字号错误的情况，如果遇到的话可以换换gnuplot版本

Author: Bane Dysta
FeedBack: http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=57944&fromuid=63020
or Email banerxmd@gmail.com
用法: baneplot <gaussian_output.log> [选项]
若当前目录下只有一个log，将自动选中
选项:
--converge, -cv 绘制优化收敛图 (默认绘制SCF和TD-DFT能量)
--converge-td, -cv td 绘制优化收敛图(使用TD-DFT能量数据)
--converge-sp, -cv sp 绘制优化收敛图(仅使用SCF能量数据)
--converge-oniom, -cv oniom 绘制优化收敛图(使用ONIOM外推能量数据)
--scan, -sc 绘制扫描能量曲线 (默认绘制SCF和TD-DFT能量)
--scan-td, -sc td 绘制扫描能量曲线(使用TD-DFT能量数据)
--scan-sp, -sc sp 绘制扫描能量曲线(仅使用SCF能量数据)
--scan-oniom, -sc oniom 绘制扫描能量曲线(使用ONIOM外推能量数据)
--irc, -i 绘制IRC能量曲线，自动检测可用能量数据
--data, -d <data_file> 直接从数据文件绘制图形
支持双Y轴绘图：可处理含有两组"index"开头表头的数据文件
例如：banedata -a -sc 49 8 > data.txt 和 banedata -a -e >> data.txt 的组合
--single, -s 配合-d使用，强制使用单Y轴绘图
--dumb, -du 使用ASCII字符画(dumb)终端模式在控制台直接显示图形
--keep, -k 调试选项，保留临时数据文件和脚本文件
--help, -h 显示此帮助信息

复制代码

几何优化监控
由baneplot -cv触发。如果有TDDFT能量，会自动使用，否则自动使用SCF能量。默认绘图至png图片，在使用VScode时很方便。
202601210957226608..png

如果惯用纯shell，也可以加--dumb输出到终端，不过步数一多就啥都看不清了，当个花瓶看看吧。
对于纯shell监控笔者其实有更好的监控方式，将在未来发布（总有一天所有人都会理解xyz剪切板艺术的！）
已发布，见banedata
202601211000313395..png

对于ONIOM，使用-cv oniom指定使用ONIOM能量
202601211004328288..png

柔性扫描绘图
baneplot -sc触发。如有TDDFT能量，会自动绘制到右Y轴。不画在单轴是因为之前试过，激发能一高，变化趋势就全抹平了，梯度图是用来看TS初猜最佳选点的。
202601211006009838..png

控制台绘图能量图可用。
202601211010091357..png

IRC监控绘图
baneplot -i触发，如有TDDFT能量会自动使用，否则使用SCF能量
202601211014415459..png

控制台绘图可用

联动其他程序
经笔者小改，sob老师的OfakeG可以结合此工具监控ORCA输出：

OfakeG (1.31 MB, 下载次数 Times of downloads: 2)

2026-1-21 10:23 上传 Uploaded

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(base) root@wcy:/home/bane/scripts/Libs/gau_Clib/logs/ofakeg# /home/bane/scripts/Libs/gau_Clib/external/OfakeG/OfakeG optTS_freq_ORCA6.0.0.out
OFakeG: Generate fake Gaussian output file based on ORCA output file
Developed by Tian Lu (sobereva@sina.com, Beijing Kein Research Center for Natural Sciences)
Webpage: http://sobereva.com/soft/OfakeG
Version 1.3.3, release date: 2025-May-27
This OfakeG has fine tuned by bane to fit baneplot.
Processing optimization step 1
Processing optimization step 2
Processing optimization step 3
Processing optimization step 4
Processing optimization step 5
Processing optimization step 6
Processing optimization step 7
Processing optimization step 8
Processing optimization step 9
Found frequency analysis information
Loading/writting frequency analysis data...
No symmetry information was found
Number of frequencies (including overall movements): 24
Number of IR data to load: 17
Fake Gaussian output file has been written to optTS_freq_ORCA6.0.0_fake.out in current folder
(base) root@wcy:/home/bane/scripts/Libs/gau_Clib/logs/ofakeg# baneplot optTS_freq_ORCA6.0.0_fake.out -cv
[INFO] 找到SCF能量数据
[INFO] 图表已生成: ./criteria_scf_optTS_freq_ORCA6.0.0_fake.png
[INFO] 优化已收敛
(base) root@wcy:/home/bane/scripts/Libs/gau_Clib/logs/ofakeg#

复制代码

这里微调只改了fake版的SCF输出格式，适配baneplot解析库的正则表达式，没动别的。

类似地，本工具可以适配笔者写过的其他fakeg，来可视化AMESP，BDF等的几何优化输出。

自定义绘图
baneplot -d a.txt可以快速绘图。

index SCF // 第一列为表头，格式index 空格 Y标签
1 -178.87741063
2 -178.88479401
...

复制代码

这个功能与笔者另一未发布工具存在联动，未来可能会整理下。
已发布，见banedata

觉得好用记得打个分~

mizu-bai · 发表于 Post on 2026-1-21 17:26:23

什么时候发 JCIM，急急急

wal · 发表于 Post on 2026-1-21 17:29:34

mizu-bai 发表于 2026-1-21 17:26
什么时候发 JCIM，急急急

我先发个意林吧XD

njfuzjs · 发表于 Post on 2026-1-22 12:57:35

附件似乎无法下载

wal · 发表于 Post on 2026-1-22 19:15:19

本帖最后由 wal 于 2026-1-22 19:16 编辑

njfuzjs 发表于 2026-1-22 12:57
附件似乎无法下载

不知道为啥没上传上去，现在可以了

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[辅助/分析程序] baneplot-Gaussian可视化监控工具-已修复无法下载问题

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