配體拓樸生成問題 (已解決)

HarrisLin · 发表于 Post on 2017-5-8 22:13:04

本帖最后由 HarrisLin 于 2017-5-10 17:26 编辑

參考6F Sob老師的教學

個人做法如下:
先啟動amber
將acpype.py和配體.mol2扔同一資料夾
終端機輸入python acpype.py -i lead4l.mol2
開始運算約五分鐘完成( i7 6700)
============
目前是要做蛋白-配體的Gromacs MD
參考這篇的教學點我
配體透過網站運算後得到拓樸.itp .gro再送回蛋白拓樸中

目前使用了PROFRG和TPPMKTOP都碰上了點問題所以上來請教

1.PROFRG產生的拓樸需要手動修正
不過原文教學的說明比較攏統
不太明白如何修正(個人是生物背景)
想問問看是否有比較詳細的教學資料

2.參考點我這篇使用TPPMKTOP產生結果
產生三個檔案 file.itp file.rtp lack.itp
我看了下應該file.itp file.rtp(對應.gro)都能直接使用在Gromacs
那lack.itp這個要補充在哪裡還是直接忽略呢?

3.或是使用AmberTool是最佳方式?
因為我雖然安裝成功仍有些使用技巧尚未克服
如果要改用可能得上來再多請教一下

謝謝

greatzdk · 发表于 Post on 2017-5-9 09:00:07

这个问题暗含力场选择、小分子电荷以及力场参数获得的问题。
建议使用antichamber
http://ambermd.org/antechamber/antechamber.html

sobereva · 发表于 Post on 2017-5-9 12:43:34

那个翻译来的教程用的做法不怎么样。

建议参看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266

PRODRG早已经过时，J. Chem. Inf. Model. 2010, 50, 2221–2235里早已经曝光PRODRG对charge group有明显问题。现在要产生GROMOS力场的都用ATB了
靠acpype调用ambertools产生GAFF力场的拓扑文件用起来极为方便，安装可参考
Amber14安装方法
http://sobereva.com/263

另外在我上面给的博文里还介绍了怎么产生CGenFF力场的拓扑文件，可以结合GROMOS里自带的CHARMM力场使用。

我不推荐那几个产生OPLS力场的工具。

HarrisLin · 发表于 Post on 2017-5-9 14:59:10

本帖最后由 HarrisLin 于 2017-5-9 15:03 编辑

sobereva 发表于 2017-5-9 12:43
那个翻译来的教程用的做法不怎么样。

建议参看

感謝Sob老師回答

我原始檔案是PDB
參考這篇點我用Amber製作配體拓樸
目前已經照個步驟產生了 .inpcrd和.prmtop( 這篇說需要這兩個檔案跑acpype
不過後面的操作我就有點困惑
Sob老師給的 acpype網站我看完Readme仍不太明白如何下載系統有有內建python 2.7
後來是抓這個版本點我
以及安裝後是像gmx指令直接啟用還是像amber要先進資料夾source amber.sh啟用呢?

另外我這方案和老師描述的步驟似乎不太一樣?
推荐用acpype，用法很简单，要处理xxx.mol2就执行./acpype.py -i xxx.mol2，然后程序会自动调用Antechamber处理xxx.mol2，算完后acpype就会将之转化为带有_GMX后缀的.gro、.itp、.top，直接在Gromacs里用即可
如果老師的方案才是比較簡便的
想請問哪裡找的到類似的詳細教學呢(中英皆可)
因為對ubuntu系統還在摸索階段
比較需要詳細的教學

謝謝

k64_cc · 发表于 Post on 2017-5-9 19:27:53

HarrisLin 发表于 2017-5-9 14:59
感謝Sob老師回答

我原始檔案是PDB

话说你准备用什么力场？我记得PRODRG只支持GROMOS力场，Antechamber只支持AMBER力场，这两种方案没什么横向比较的价值啊…

不过acpype确实挺好用的。实在不行你就把acpype.py源码下载下来，然后python acpype.py -i xxx.mol2算了。

（其实py3也能用来跑acpype，源码里改几个小地方就行…不过我估计你用不上就是了）

sobereva · 发表于 Post on 2017-5-9 19:44:27

HarrisLin 发表于 2017-5-9 14:59
感謝Sob老師回答

我原始檔案是PDB

你先把ambertools装好，然后直接用./acpype.py -i xxx.mol2让acpype脚本载入xxx.mol2文件，acpype就会自动调用机子里的antechamber先把xxx.mol2转化成amber格式拓扑文件，然后再转换成GROMACS等格式的。用起来非常方便。
附件里这个acpype肯定是没问题的

acpype.py (142.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

HarrisLin · 发表于 Post on 2017-5-9 21:37:29

本帖最后由 HarrisLin 于 2017-5-9 21:38 编辑

k64_cc 发表于 2017-5-9 19:27
话说你准备用什么力场？我记得PRODRG只支持GROMOS力场，Antechamber只支持AMBER力场，这两种方案没什么横 ...

因為我是我們實驗室第一個做的(前人都用DS跑MD)
所以打算先弄懂能跑的基本流程
並沒有很堅持要用哪種力場
換力場等進階步驟之後再慢慢研究

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