MSD计算聚合物电解质体系锂离子扩散系数重复性差，平行实验计算的值差别很大

shiyuanfan

各位老师，我的体系是PEO/LiTFSI（16：1），用的是GAFF2力场，sobtop生成的拓扑文件，锂离子采用的MERZ参数。平衡相模拟参数是
annealing_time = 0 1000 3000 4000 5000 6000 8000 9000 10000 11000 13000 14000 15000   20000;
psannealing_temp = 0 500  500  400  400  500  500  400  400   500   500   400   303.15  303.15
产生相进行了10ns的303.15K模拟，取2-7ns进行拟合
在通过MSD计算得到扩散系数，进行平行重复，发现每次重复的结果偏差都很大，3次得到的扩散系数分别为0.0002626 (+/- 0.0000) (1e-5 cm^2/s)，0.0004117 (+/- 0.0000) (1e-5 cm^2/s)，0.0003591 (+/- 0.0000) (1e-5 cm^2/s）差别很大
我想法请问这种平行实验的误差是正常的吗？通过优化什么模拟参数能够降低这种误差呢？通过多次模拟取平均值是否可行？
感谢各位老师！
以下是我的模拟文件

sobereva

确保平衡相到最后确实已经平衡了，并且把产生相增加到50ns
步长建议用2 fs，节约一倍耗时

没有结构文件，没法在结构方面进行评论

shiyuanfan

sobereva 发表于 2026-1-24 15:00
确保平衡相到最后确实已经平衡了，并且把产生相增加到50ns
步长建议用2 fs，节约一倍耗时

谢谢站长，我试一下。结构文件没注意上传失败了，我又添加了一个压缩包，里面有eq.gro和三次prod的结构文件。

yuzc

聚合物松弛还是用下EQ21吧，2013年前后提出来的，挺多做聚合物的人都用。能在有限的时间里松弛聚合物结构。
此外聚合物离子电导率的msd计算要取扩散区，别取到亚扩散区了。判断是否处于扩散区，要看msd-t 的log-log图，取斜率为1的区间，映射回去做MSD-扩散系数拟合。

yuzc

yuzc 发表于 2026-1-27 19:13
聚合物松弛还是用下EQ21吧，2013年前后提出来的，挺多做聚合物的人都用。能在有限的时间里松弛聚合物结构。 ...

看下这篇文献： J. Phys. Chem. B 2020, 124, 8124−8131

shiyuanfan

yuzc 发表于 2026-1-27 19:15
看下这篇文献： J. Phys. Chem. B 2020, 124, 8124−8131

收到，我研读一下，非常感谢

shiyuanfan

yuzc 发表于 2026-1-27 19:13
聚合物松弛还是用下EQ21吧，2013年前后提出来的，挺多做聚合物的人都用。能在有限的时间里松弛聚合物结构。 ...

请问大佬有采用EQ21计算聚合物MD的参考文献吗，我没找到。

yuzc

shiyuanfan 发表于 2026-1-28 12:31
请问大佬有采用EQ21计算聚合物MD的参考文献吗，我没找到。

github搜radonpy这个代码项目，里头内置了这块的算法。最后用Rg收敛情况判断聚合物体系是否可用。