模拟晶体，添加原子电荷后进行npt分子不正常扭曲

lixinn · 发表于 Post on 2026-1-30 20:25:49

pal 发表于 2026-1-30 18:58
不需要做npt，nvt就行，初始结构可以直接按照晶体结构构建

好的，谢谢老师，那我就是只做nvt进行温度平衡，后续升温，也是在nvt的基础上进行升温

lixinn · 发表于 Post on 2026-1-30 21:22:34

pal 发表于 2026-1-30 18:58
不需要做npt，nvt就行，初始结构可以直接按照晶体结构构建

谢谢老师，是nvt嘛？那我就只做每个温度下的nvt进行平衡温度

pal · 发表于 Post on 2026-1-31 09:14:50

本帖最后由 pal 于 2026-1-31 09:20 编辑

lixinn 发表于 2026-1-30 20:25
好的，谢谢老师，那我就是只做nvt进行温度平衡，后续升温，也是在nvt的基础上进行升温

lixinn · 发表于 Post on 2026-1-31 09:57:59

pal 发表于 2026-1-31 09:14
不好意思说反了,应该是做npt，可以参考结冰的体系，使用packmol建立冰水两相，低温高压下进行NPT，冰却融 ...

谢谢老师，因为我想先用少点看看行不行，然后再用多点，这个冰的案例，我在书上也看到了，一开始也是按照它来做的，但是我这个npt在常温下就容易发生分子扭曲，而且位置也变了，我一开始以为时间太短，增加到3ns也还是这样，我是不是应该弄多一点，

lixinn · 发表于 Post on 2026-1-31 10:16:55

pal 发表于 2026-1-31 09:14
不好意思说反了,应该是做npt，可以参考结冰的体系，使用packmol建立冰水两相，低温高压下进行NPT，冰却融 ...

而且压力波动很大

lixinn · 发表于 Post on 2026-1-31 11:03:31

pal 发表于 2026-1-31 09:14
不好意思说反了,应该是做npt，可以参考结冰的体系，使用packmol建立冰水两相，低温高压下进行NPT，冰却融 ...

我增加分子量之后，我在grace里面看基本上压力，密度，温度，总能量，最后的很平稳了，唯一的不对，就是我打开npt的gro文件，分子乱扭，没有像能量最小化那样排布

pal · 发表于 Post on 2026-2-2 09:02:12

lixinn 发表于 2026-1-31 11:03
我增加分子量之后，我在grace里面看基本上压力，密度，温度，总能量，最后的很平稳了，唯一的不对，就是 ...

你这里的分子乱扭，建议检查一下力场里面设定的对应键角和二面角是否与预期一致

lixinn · 发表于 Post on 5 day ago

pal 发表于 2026-2-2 09:02
你这里的分子乱扭，建议检查一下力场里面设定的对应键角和二面角是否与预期一致

谢谢老师，我准备用重新拟合一下二面角

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[GROMACS] 模拟晶体，添加原子电荷后进行npt分子不正常扭曲