利用gmx_MMPBSA计算蛋白-蛋白复合物的结合自由能时发现ΔEEL为正值

keeper14335

使用gmx_MMPBSA计算蛋白-蛋白复合物时发现静电作用能ΔEEL为正值是什么原因呢？我自己的蛋白-蛋白复合物计算结果如下，去使用文献中蛋白的分子模拟然后用gmx_MMPBSA计算结合自由能发现ΔEEL也为正值（而文献中的结合自由能为负值），但是文献中是利用gmxmmpbsa.bsh脚本计算的，是否与这个有关？关于我自己蛋白，我进行了200ns的模拟，选取最后1ns计算结合自由能，计算了rmsd发现也跑平衡了，主要是目前读的文献中蛋白-蛋白基本ΔEEL基本全为负值，而我自己做的蛋白-蛋白复合物的ΔEEL却为正值，所以才有此一问，请问这应该是对接参数设置还是gmx_MMPBSA计算参数设置的问题呢？下边附上我所使用的mmpbsa.in文件（起始及结束帧设置为1-999999是因为我在处理轨迹时直接将最后1ns轨迹提取出来做的计算）

student0618

1. MMPBSA 至少需要 100 帧，采样间隔不宜过短，尝试使用更长的平衡轨迹。
2. 看轨迹，观察相互作用，e.g.，观察界面处是否有相同电荷的残基作用。

tptp

mmpbsa.in文件里面的inp设置为1（这个参数我认为是影响最大的，设置为2有时候会出问题，具体含义看MMPBSA官网，可能需要翻），indi设置为4，istrng设置为0.15的比较多，然后你再试试，先跑个20帧看看，理论上来说就没什么问题了