求助：为解决gromacs报错而修改NADP分子的itp文件是否科学正确

彭俊瑜 · 发表于 Post on 2026-2-1 17:01:09

最近在尝试做一个酶、NADP和底物的分子动力学模拟，模拟软件使用的是gromacs，用gromacs的pdb2gmx指令生成蛋白质top文件，用sobtop生成NADP和底物分子的top文件。模拟总是报错，遂单独模拟各个分子，发现NADP分子中靠近嘌呤环的磷酸根总是在250K左右的时候出现不合理的大距离移动（见下图），但分子中的另外两个磷酸却没有这样的问题。

补充的信息点：
1. NADP分子的初始构象由vina进行分子对接得到，对接得到的构象与类似酶体系晶体结构中的构象高度一致。
2. 对接后的分子使用gaussview进行加氢、修改成键、导出mol2文件
3. 先前已经进行过RESP2分子电荷的计算，而分子对接后导出的pdb文件中原子顺序与已有的chg文件有很大不同。为方便使用已经算得的RESP2电荷，在将pdb文件转成mol2文件后，让chatgpt给我写了个脚本调整mol2文件的原子顺序并使用gaussview仔细检查了原子顺序和成键，并恰当调整了一些没有成功调序的原子的原子电荷。
4. 使用的力场文件是gromacs官网中User contributiond的amber14sb_parmbsc1.ff.tar.gz
5. 能量最小化设置为emtol = 25.0并成功。

在尝试调整模拟的mdp文件无果后，参照卢天老师在sobtop网站FAQ8中的做法，将NADP分子的itp文件中这个磷酸根上的两个氢原子的1-4作用项目去掉，此后运行分子模拟一切正常。但我理论基础较为薄弱，不知这样随意修改itp文件是否不妥，也不知道是否就是这个问题导致了模拟崩溃。在此请教诸位高手大神，删除这几个1-4作用项是否科学正确？

（所上传的mdp文件是修改itp文件后能够成功运行分子模拟的mdp文件。运行报错的mdp文件与这个mdp文件几乎无异）

题外问：
1. 请问各位高手是否有什么办法能够科学高效地批量调整因为分子对接而被弄乱的原子顺序？

附件：

md2.mdp (773 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

NADP.itp (68.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

em.gro (226.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

NADP.top (568 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

student0618 · 发表于 Post on 2026-2-1 17:27:47

本帖最后由 student0618 于 2026-2-2 01:47 编辑

找相关文献引用，或者可能要再补键角/二面角参数。

Amber力场 NADP 几个form都有文献给现成参数，可找找看 http://amber.manchester.ac.uk/

sobereva · 发表于 Post on 2026-2-2 06:15:45

那几个1-4作用项不是重点，删了不会有明显问题

彭俊瑜 · 发表于 Post on 2026-2-2 09:28:27

student0618 发表于 2026-2-1 17:27
找相关文献引用，或者可能要再补键角/二面角参数。

Amber力场 NADP 几个form都有文献给现成参数，可找 ...

感谢补充，我去对照这些内容看看

彭俊瑜 · 发表于 Post on 2026-2-2 09:29:04

sobereva 发表于 2026-2-2 06:15
那几个1-4作用项不是重点，删了不会有明显问题

好的老师，我再去看看有没有现成的参数参照一下

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