公社群聊Q&A整理：2016.10.29 19 - 2016.11.03 02 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-5-15 21:03:18

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2016.10.29 18:18:47
Q:
Sobereva 老师，有两个问题实在困惑，1：我想计算自由能，输入文件这样写，[图片]，不知道有问题吗？ 2：想用freqchk工具矫正ZPE,熵,焓；打开freqchk工具如图：[图片]输入chk路径，[图片]，按回车键，什么也没有了,怎么弄都没有找到正确步骤？
A:
你这分明是formchk不是freqchk
----------------------------------------------------
2016.10.29 18:24:43
Q:
请问sob老师，背景电荷怎么去理解，表达
谢谢师兄
A:
在指定位置有个指定电量的点电荷
----------------------------------------------------
2016.10.29 18:38:26
Q:
[图片]@Sobereva,用freqchk工具，出现结果一样
按回车键什么也没有了
A:
确认路径输入正确，chk文件本身也无误
chk必须是本机生成的
----------------------------------------------------
2016.10.29 18:39:08
Q:
sob老师，我想看看每个轨道上的电子数，用Mulliken charge 可以吗？谢谢。
A:
你那个是看原子电荷的
轨道上电子数有什么可看的，量化算完了立马知道哪些轨道占据多少电子
----------------------------------------------------
2016.10.29 19:18:34
Q:
对于 LC-wPBE泛函确定了w的数值如何修改w
A:
用iop，里头写了
优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw
http://sobereva.com/346
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2016.10.29 19:28:04
Q:
[图片]请问老师，我才用VMD做电子密度差图，但是没有显示，什么原因？
A:
isovalue再设小点再试
还不行就是产生格点数据过程有问题
----------------------------------------------------
2016.10.29 19:38:23
A:
没看见过有负本征值的，没准对角化或者重叠积分算得有问题
如果很微小直接当成0
Q:
理论上 S 矩阵本征值是没有负的。可能是获得 S 矩阵有问题，比如你获得的 S 矩阵的数值精度问题。
OA:
你的负值有多负啊？
Q:
很负。。。可以到负几千
神奇的是，当我把其中一个原子移动位置（不再优化结构），得到的S就没有负本征值了
与分子结构不会有关系
OA:
你好好检查一下算的过程，负几千是不可能的，即使有线性相关性。
A:
先跟高斯之类主流程序对对重叠矩阵到底算没算错
----------------------------------------------------
2016.10.29 19:41:16
Q:
我挺讨厌有些资料说这句话的
哦，因为不是文献中的，都是些网络问答之类的，资料都算不上吧
A:
无论是文献还是网络问答，可靠度关键其实都看作者、回答者
烂书的可靠程度还没认真负责的高手随便聊天时候说的话可靠度高
Q:
关键还是看人，是吧
A:
y
----------------------------------------------------
2016.10.29 21:38:09
Q:
老师：您好！这个是我的审稿意见，第一说让我提供证据说我的电子结构的计算是成键电子而不是里德堡电子？请问这个该怎样证明呢？第二条是我的结论说Au-Au之间存在亲金的弱相互作用，审稿人说由于微分检测节点和节点的轨道会产生色散相互作用，因此审稿人让我矫正色散作用，请问我改怎么做了，我用的方法和基组是pbe1pbe/def2tzvp.恳请老师指导，谢谢····[表情][图片]
老师：我体系中原子有Au和Bi，谢谢~~~[表情]，原子个数是9个
针对第二个意见，看了您写的帖子：大体系弱相互作用计算的解决之道。根据您的第三节的内容，我把我的方法和基组改为pbe1pbe/def2-qzvpp(-g,-f).您觉得怎样？或者您的建议是？谢谢····
A:
加色散校正啊，改基组干嘛
Q:
看了老师推荐的帖子，我改为#p pbe1pbe /def2tzvp EmpiricalDispersion=GD3BJ opt freq 您看怎样？
@Sobereva
用的版本是g09 D.01
A:
不要用BJ阻尼优化和做振动分析
零阻尼没问题
Q:
大博士怎么不推荐BJ阻尼了？
A:
D01用BJ阻尼时的Hessian不准
----------------------------------------------------
2016.10.29 21:38:09
Q:
我看有些资料说如果基组线性相关性比较大，那S矩阵本征值求解会很有问题，很可能是数值原因导致出现负数
A:
def2-TZVP一般不至于有线性依赖问题
用了弥散才容易出现
Q:
def2系列不是都自带弥散和极化吗。。。
A:
给ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法
http://sobereva.com/340
def2-TZVP不至于
高斯计算时候，你看什么时候输出的nbsuse和基函数数目不同了，才说明线性依赖问题确实显著，高斯自动适当砍掉基函数。这种情况都是中、大体系，弥散函数多的情况。
----------------------------------------------------
2016.10.29 21:38:09
Q:
[图片]请问sob老师，博文中，红色部分的符号代表什么意思？@Sobereva
A:
下一句解释了啊
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2016.10.29 23:09:55
Q:
高斯计算中输入如下是什么意思？不是很理解，希望各位老师帮忙解释解释[表情]
[图片]
[图片]
第一张图片是开头
第二章是结尾部分
A:
B2PLYP-D3双杂化泛函结合aug-cc-pVTZ优化体系
优化时冻结那四个D后头的二面角
Q:
这种没写OPT的也是优化吗？我一直以为优化要写opt的？
[图片]
[图片]
这种的是固定原子，并扫描那四个原子的二面角，是吗？
A:
明明写了opt！
Q:
[图片]
这个没有OPT
A:
这就是单点
Q:
噢噢！谢谢Sobereva老师！
新手，还不是很懂，多谢了[表情]
这个我也不清楚,正在学习
因为算的是单点所以只需要结构就可以是吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.10.29 23:21:15
Q:
[表情]geom=modredundant在这儿有啥用
A:
毛用也没有
----------------------------------------------------
2016.10.29 23:53:13
Q:
[图片]
几何优化时，L103，初始化参数表下面，蓝色框内内容代表什么意思？
谢谢！
三者在第一步优化中允许变化的值？
A:
甭管后两个
只有开发者才知道输出的所有乱七八糟变量的含义
使用者只需要知道和自己计算有关的就够了
Q:
导师问呢，我也不清楚。Trust Radius，就是每步优化步长？
A:
不是步长，而是步长上限
让导师给客服发邮件问
----------------------------------------------------
2016.10.30 01:00:03
Q:
计算电位的时候，在水相中怎样考虑PH进去啊？文章说了PH会影响电位的，我的PH值是14，怎么设置这个环境啊，跪求老师指导。
[图片]
那您指导怎么设置吗？我现在一点头绪没有呢，不知道sob老师有这方面的博文没，我查了没查到。
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.10.30 02:03:57
Q:
请教反应速率常数问题：
1. 类似如下两个通道，他们是单分子反应还是双分子反应（目前看来反应前均可形成稳定络合物）
[图片]
如果不能形成稳定络合物时，请问这个反应物（或产物）的配分函数是两个片段的和还是积？
2. 据sob老师说，高温下VTST较之TST稍准确些，那么此时隧道效应透射系数κ的影响是怎样的呢？（我之前嫌提取虚频麻烦，直接用1代替了。。）
A:
1 双分子
2 高温隧道效应不显著，不考虑无妨
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2016.10.30 05:05:44
Q:
请问使用qc，得到的结果能量会不会高估@Sobereva
A:
看具体情况。如果没收敛到参数空间最小点就高估了。可通过stable做测试
Q:
好的，谢谢老师
A:
只能说收敛到非基态波函数的风险比默认情况要高
----------------------------------------------------
2016.10.30 05:08:18
Q:
单点能就是频率计算输出文件中的HF后边的能量吗？
[表情]
A:
单点能是任务类型，不是具体对某种能量的称呼
HF=对应什么能量看具体关键词
Q:
谢谢社长解答，我想具体了解一下单点能，社长有这方面的说明吗？
A:
就是算某个特定结构下体系的电子能量，没什么可说的
Q:
社长，那我直接优化完体系给出的能量是嘛？
A:
[图片]
Q:
如果b3lyp考虑色散呢？
A:
要说严谨“B3LYP考虑色散校正后呢？”
Q:
社长，如果仅仅是在形成氢键时计算体系的能量再减去手动将氢键破坏算得的体系能量看氢键键能是不是很扯淡？
A:
不扯淡
----------------------------------------------------
2016.10.30 05:19:13
Q:
[图片]老师，你之前说分子内存在氢键的话，用B3LYP计算能量不准，我看了一下有关的计算，[图片]提倡用G3的方法计算，跟老师咨询一下可行性
A:
[图片]
那篇文章根本没说在点子上。根本不是弱相互作用强弱的问题，大面积的pi-pi堆积强度很强，但B3LYP完全歇菜。关键是看色散占的成份
Q:
老师，我不太明白，我是构造氢键算过渡态，用B3LYP，6-31G（d,p）做的优化，现在想算一下能量，之前老师说B3LYP算含氢键的能量不准，所以想问问老师
A:
能量当然不能用B3LYP算
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
10年前用B3LYP算氢键能量不至于被批，现在肯定被疯狂吐槽
Q:
好的，老师，我先看看你发的连接
A:
要说严谨“B3LYP考虑色散校正后呢？”
Q:
之前有个别的老师说，B3LYP算完后做IRC，这样的话可以用Ｂ３ＬＹＰ计算吗
好的，谢谢，我再查查，懂得实在是少得可怜
A:
描述不够清楚
Q:
老师，是不是过渡态照完后用ＩＲＣ验证后，就可以用Ｂ３ＬＹＰ计算能量？还是无论如何都不能用这种方法
A:
看具体体系啊
B3LYP适合的就能用，不适合的就不能用
Q:
老师，是不是含弱相互作用的Ｂ３ＬＹＰ算能量不适用
[图片]
A:
看具体那种
色散主导的：彻底没法用
静电占大部分的：定性正确，定量不准
静电占绝对主导的：可以用
Q:
好的，老师，谢谢
[图片]老师，对于静电吸引主导少量色散的，比如说氢键，优化时是不是可以不加弥散，但计算能量必须加弥散，比如说我用，PW6B95-D3， 6-311+G**，就必须加
A:
是
6-311+G**给M062X、wB97XD还成，给双杂化泛函用太low
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2016.10.30 05:28:57
Q:
老师，能简要地说说怎样计算一个键里离子成分共价成分色散成分的比重吗？
A:
弱相互作用做能量分解
成键作用用NRT分析可以给出离子比例，或者看NBO成键轨道中俩原子的NHO的系数换算成离子性比例
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2016.10.30 05:37:40
Q:
请问，有了解熔铸炸药的吗？可不可以用分析动力学来模拟分子间的作用？
ms也可以的吧
我觉得可以借鉴复合物或低共熔物的研究方法来模拟熔铸炸药，可以给些建议吗，这样的方法可靠吗
A:
Hello！可以通过复合物模型来静态地研究。
----------------------------------------------------
2016.10.30 05:58:59
Q:
[图片]
这种书现在很少了
[图片]
OA:
吴国是的
Q:
那本书代码没法读
太晦涩了
OA:
可以读
不是很难读
Q:
你是高手
OA:
额
不过里面的算法有些过时
[图片]
[图片]
Q:
这么复杂的积分怎么读
[图片]
OA:
我都不看过程。。。
双电子积分我没用它的算法
[图片]
Q:
这么多参数
到底谁是谁
晕倒
OA:
common蛋疼
A:
Gaussian、GAMESS里都这样
很恶心
Q:
[图片]
恩
这么多goto
我头已经晕了
那个年代的都那样
A:
很多搞计算机的人对Fortran的偏见来自于F77风格的代码。殊不知F90多么好
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2016.10.30 07:04:31
Q:
各位老师，我在文献上看到分子内部的核核，核电以及ee之间的相互作用，请问是通过什么计算的，我没有找到相关的帖子，麻烦哪位老师有时间指点我一下
A:
高斯输出文件末尾就有这些
N-N= 8.165474617808D+01 E-N=-5.252575317635D+02 KE= 1.536338239890D+02
总能量减去这三项就是电子间互斥能
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2016.10.30 16:08:03
Q:
群里的各位老师：再次打扰了,我的审稿意见如下[图片]请问有什么方法可以证明我的-3价阴离子体系的电子结构是属于价电子而不是被激发到远处的里德伯态电子，这个是我在网上查找的关于里德伯电子的相关资料，[图片][图片]
[图片]。从这个资料上看，可以用轨道来解释，可是我感觉还是有些丈二和尚摸不着头脑的感觉，所以恳请群里的老师指点指点···，谢谢！[表情]
请问是说我也要画这种图来进行说明吗？
A:
把等值面数值调得很小，若依然看不出束缚的电子的分布有原子轨道特征，大抵可以说明不属于里德堡电子
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2016.10.30 17:26:21
Q:
恩好的，谢谢老师，请恕我愚钝，您说的等值面，指的是什么等值面呢？我一时半会儿还反应不过来，可以麻烦您再说说吗？我的整个体系是-3价，元素是Au和Bi等一些重金属，@Sobereva
A:
看怎么体现那个电子
如果是对应一个轨道，就是相应轨道的等值面
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2016.10.30 17:29:23
Q:
老师，昨天的色散矫正，我已经算好了，按照您说的用的零阻尼，做了结构优化和频率分析，今天我准备用这个重新优化的结构进行WBI，NBO，CDA分析，以及重组能分析，请问我在计算上述时候，是否还需要加色散矫正的关键词呢（EmpiricalDispersion=GD3）？谢谢···
A:
不影响波函数，加不加一样
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2016.10.30 17:29:23
Q:
老师，有个问题想请教一下。除了使用gaussian进行密度泛函计算，还有研究者使用MS中的dmol3模块进行密度泛函计算，但我发现这些问题用gaussian也能算，为什么他们不用gaussian算。
在计算时是使用gaissian还是应用MS的dmol3，还是有的问题用gaissian，有的用MS的dmol3。
A:
看具体体系。也有些人纯粹是因为嗜好或者偏见才用dmol3。
在我来看，除了周期性体系外，根本没必要考虑Dmol3。高斯更好用，功能强大得多，操作也不麻烦。嫌高斯慢就在ORCA里用纯泛函开RI，速度秒杀dmol3。
Dmol3局限性太大。
Q:
最近调研了很多的B团簇的文章，大部分的人还是用Dmol
少部分人用了NWchem和Molpro
A:
多半是跟风
除非用多参考，否则DFT拿这两个算纯粹是有病，要么就是因为作者跟高斯有矛盾，或者是土豪，用nwchem大规模并行
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2016.10.30 17:35:44
Q:
[图片]
老师，这个自由基反应找过度态应该写什么命令用什么基组啊？
A:
就是断个键，调整好初猜结构opt(ts,calcfc,noeigen)
B3LYP/def2SVP足够
Q:
老师，用opt(ts,calcfc,qst2) B3LPY/6-311++G**行不行呀？
A:
甭用QST2
弥散纯属多余
Q:
老师，我用6-311G**行不行？还有就是初猜结构我怕猜错了怎么办呀？用QST2结果不准确么？
A:
行
不行就再猜呗
QST2用着麻烦，往往更折腾
----------------------------------------------------
2016.10.30 17:40:03
Q:
[图片]有篇文章这个体系吸附CO2，用dmol3算，不明白为什么这么小的非周期性体系不用高斯算。
A:
不要学他
根本没认清dmol3和gaussian的巨大差距
dmol3弄完了波函数分析都没得做
稍微高级一点的方法dmol3都不支持
Q:
[表情]估计只是会用高斯跑单点，波函数分析用高斯跑单点做吧
谢谢老师指导。近期看到我所在的工程热物理领域忽然有许多人用MS中的dmol3做计算，感到有些疑惑。
A:
对于非周期情况，我个人挺看不起dmol3的
主要是MS商业化程度高，给那些一点计算经验和知识基础都没有的小白容易推广。稍微懂点量化就不要用它
我是指dmol3，非周期的情况
像上面那体系，如果审稿人稍微要求高点，让他拿双杂化结合大基组算个能量，dmol3立马跪了
----------------------------------------------------
2016.10.30 17:47:22
Q:
老师，动力学班上能讲一讲如何利用动力学计算某个构型在某温度下的稳定性吗？
A:
构象稳定性可以用一般经典力场的动力学讨论，但如果说光稳定性、热导致解离的稳定性之类的，那就beyond scope了
Q:
看了一个计算硼团簇的热力学和动力学稳定性，计算出300K比1000K的更稳定
我发现了，如果量化结合动力学一起研究发文章，更容易发的高
A:
那可不，花样多呗
Q:
现阶段设计分子与材料，大部分都是从热力学上研究，动力学还是太少
其实动力学作为一个辅助，很有意义
A:
要理解增加一个时间维度的代价
Q:
[表情]就是计算时间拉长了呗，我感觉得增大一个数量级
A:
是N个数量级
----------------------------------------------------
2016.10.30 17:52:12
Q:
老师，培训班，现在可以开始报名了么？详情链接在哪里呀？
A:
www.keinsci.com
具体通知出来后会在群里每日发通知的
----------------------------------------------------
2016.10.30 18:01:12
Q:
老师：您好，请问优化好后，对称性是D3h,可是在做NBO和WBI后，发现其对称性变成了C3h.请问这种情况正常吗？，感觉很奇怪，请问这样的原因可能是？谢谢[表情]@Sobereva
A:
保存文件过程中几何坐标精度略有损失。无所谓
----------------------------------------------------
2016.10.30 18:07:07
Q:
Sob老师好，预测加热后分子的化学键从哪个位置断开，请问可以用什么方法？谢谢
A:
从头算分子动力学
或者计算各个位置断键的势垒
后者代价低得多
如果是同类键，可以计算拉普拉斯键级横向比较，这和键强度关系密切。
字号不要超过12
----------------------------------------------------
2016.10.30 18:18:33
Q:
老师，请问计算图中不同X基团的这类反应哪个更容易发生，除了找过度态还需要计算什么东西呀？
A:
这种简单问题直接算算势垒就够了
如果多加点料，可以考察连不同基团时候断的那个键的键级
----------------------------------------------------
2016.10.30 18:21:17
Q:
请问一下，如何绘制这个[图片]spin density distribution图？我已经通过高斯计算了输出log和fchk，怎么画呢？谢谢指点。
# b3lyp/6-31g* opt freq nosymm
Title Card Required
-1 2
咨询一下老师，我通过multiwfn绘制的自旋密度图[图片]
通过高斯view得到的是[图片]，这两个怎么不太一样感觉？谢谢老师
A:
等值面数值不同
Q:
恩，谢谢老师，那像这个高斯view，这个颜色代表了什么？[图片][图片]。我看multiwfn只有一个颜色，这个应该就是密度的分布了？
A:
正负值
----------------------------------------------------
2016.10.30 18:28:39
Q:
[图片] 这2个值，不是一个是正，一个是负么？
A:
LUMO可以是负的
----------------------------------------------------
2016.10.30 18:45:26
Q:
恩，好的谢谢老师，那请问您觉得我上面描述的思路有依据吗？比较中性体系的分子轨道和-3价阴离子轨道，找到电子所在轨道位置，然后按照老师您说的看等值面，这个是审稿人的意见，请问老师根据您的知识看，您觉得这个问题可以解决吗合理吗？如果不合理，我们可以怎样回复好些呢？我现在的知识太过于狭隘和浅薄，所以也不知道是否合适，@Sobereva
老师：您好!请问福井函数的单位是e,是吗？
A:
不用写单位。或者写a.u.就完了
----------------------------------------------------
2016.10.30 18:56:37
Q:
[图片]请问在此处做氢吸附为什么不是吸附能越负越好呀
A:
字号不要超过12
----------------------------------------------------
2016.10.30 19:37:44
Q:
大家好，我想问一下有没有什么可以对电荷转移量有一个定性或定量的描述？
A:
对于分子内转移，最简单做法：计算原子电荷，加和成片段电荷，考察在两个态间的变化。如果是分子间的，看片段的电荷相对于孤立状态的变化
----------------------------------------------------
2016.10.30 19:55:22
Q:
这次培训班1000元可以开发票吗？因为是学生要报销啊
A:
当然能开
----------------------------------------------------
2016.10.30 20:20:50
Q:
[图片]各位老师，请问在NVT下怎么才能收缩体积啊，NVT下体积不是不会变的吗？
A:
模拟一会儿，自行调节一下盒子再模拟。
即不是NPT那种根据压力控制盒子，而是自己定义盒子变化方式
Q:
这样呀，好的，谢谢老师，去试下
老师，还有个问题，做优化的时候，密度也是可以改变，增大到理论值的，那这两种方法有区别嘛？
A:
优化容易陷入局部极小点，密度会比文中那样得到的高
说错了，是低
----------------------------------------------------
2016.10.30 21:06:37
Q:
用oniom计算时，低层用Dreiding方法时，所有的输入文件是不是跟低层用UFF方法时的一样？低层用Dreiding方法得指定原子电荷，是不是也是用QEq电荷？谢谢！
A:
想用什么电荷随你，可以自己指定也可以用QEq自动产生。
字号不要超过12
Q:
老师那就是Dreiding和UFF力场一样的性质只不过UFF力场比Dreiding稍微精确点？
A:
UFF可靠度和普适性都比dreiding好
没事甭用dreiding
----------------------------------------------------
2016.10.30 21:26:06
Q:
[图片]这种怎么用sci-hub下载？？
A:
看群共享里群规
Q:
找不到pdf下载页面
A:
Sobereva(190258442) 13:26:37
看群共享里群规
把网址输对了再说
Q:
就是找不到网址
A:
这不是网址是什么？[图片]
Q:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022113900814700找不到pdf下载的网址
A:
以你的理解能力看不懂这段话么
[图片]
Q:
很low
[表情]
A:
看心情。
忍无可忍就踢了
Q:
唉，现实中也碰到这样的了
这是研究生吧
OA:
你们这群落井下石的人。。。。。
Q:
不是老师吧，跟sob老师说话还是要尊敬点，世界上不是就你老板是老师的，教过你的都是老师
看你是小孩子，不想说什么
A:
有感于如今许多超懒的科研工作者
http://sobereva.com/342
Q:
不要说研究生了，就连某些教授都相互之间争斗的厉害
----------------------------------------------------
2016.10.30 21:58:04
Q:
请问老师webMO是什么呀？
A:
一个在线构建输入文件、观看结果的工具
没必要用它
----------------------------------------------------
2016.10.30 22:45:22
Q:
老师，Multiwfn能把.cube文件中所有格点以正方体形式显示出来吗？
A:
不能。这也毫无意义
----------------------------------------------------
2016.10.30 23:11:05
Q:
这个图片E(RHF)是什么意思啊[图片]
A:
甭管它，直接看输出文件里的能量。
光这么一个截图说不清楚。
Q:
Pm撤回了一条消息
A:
群内发言字号严禁超过12
----------------------------------------------------
2016.10.30 23:25:22
Q:
大家好，请问算HOMO和LUMO时是在合成的溶剂环境还是测试的，谢谢
A:
up to you
不同溶剂下HOMO,LUMO值都不同
----------------------------------------------------
2016.10.30 23:25:54
Q:
老师，那如果我想知道配体原子所在位置的静电势值，是需要写程序才能得到这些值吗？@Sobereva
A:
“原子所在位置的静电势值”指代不明
原子附近某个特定的点，还是原子核的静电势等等得说清楚
反正用Multiwfn都能考察
----------------------------------------------------
2016.10.30 23:26:12
A:
不清楚你的目的。如果目的是获得BSSE校正能，在优化的复合物结构下直接用counterpoise关键词就得到了。
Q:
您好！Sobereva。请问关与BSSE计算的时候，AB复合物在一起的时候进行了优化，再计算了BSSE能量。分开的两个部分A和B需要各自进行优化吗？还是只分开计算A和B的单点能就好了？
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2016.10.31 00:02:01
Q:
突然有一种前途渺茫的感觉
[图片]
老师，还是不行啊
A:
A02不支持APFD
Q:
码农……
A:
初学者看第二版比第三版好得多
第三版各种误人子弟
Q:
A02是什么呀？第二版的内容好简略啊，只有66页，具体操作没有啊
A:
你看的那是山寨翻译版！
Q:
不当码农
A:
完整版哪可能才66页
Q:
宁愿做点小买卖
A:
g09修订版
Q:
原来是这样啊！谢谢老师！
老师，第二版在哪里可以找到啊？
A:
群共享里公社专用邮箱
网上也多的是
计算化学公社就有
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2016.10.31 00:18:59
Q:
老师，B3lyp+DFT-D3矫正可以算弱作用吧？@Sobereva
A:
可
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2016.10.31 00:21:00
Q:
[图片]老师，这个irc的形状感觉怪怪的，上面怎么这么尖，这说明什么问题？（步长设为5算的）
A:
IRC轨迹看着正常就行
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2016.10.31 00:26:38
Q:
老师，我看网上说，过渡态的计算，先算优化，SCF能量，再做频率和零点能，然后算IRC，[图片]我查了一下SCF和零点能的关系[图片]没大明白，老师能不能讲一下，或者发个标准的讲解连接给我，谢谢
A:
热力学数据计算的基本常识看
两篇热力学数据计算的入门介绍文章
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
更详细清晰的式子看此文的文档
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
Q:
谢谢，老师
A:
你贴的那个中文叙述根本不对，误人子弟。
那哪是焓啊，分明是内能。焓是下一行
Q:
恩，我知道了老师，谢谢。
A:
还有，第一句话就根本不应该去提0K
电子能量求解时根本和温度无关
Q:
老师，我不太懂，我先看看你发的连接内容。我们每次都是优化频率一起算，算完后提取后三个热力学能，焓，和吉布斯自由能，其它数据都没用过。
A:
[图片]
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2016.10.31 00:40:30
Q:
老师：您好！我计算激发态然后进行NTO分析时，出现错误：
[图片]
但是的的TDDFT那一步并没有出现错误，这是怎么回事呢？
这是我的TDDFT关键词：[图片]
NTO关键词[图片]
A:
甭从.chk里读数据就完了
Q:
那坐标用opt的结果还是TDDFT的结果？关键词写什么？
A:
你分析哪个结构下的电子激发就用哪个
跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介
http://sobereva.com/91
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2016.10.31 01:01:00
Q:
oniom 计算输入文件的关键词一定要写 geom=connectivity 吗？不写有影响吗？
A:
至少用力场的时候必须得写
很多问题自己对比算算试试+思考立马就明白了
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2016.10.31 01:03:59
Q:
老师，我没有找到您说的这本书，请问您能不能给发个链接呀？Exploring Chemistry with Electronic Structure Methos,Second Edition
A:
传群共享了
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2016.10.31 01:17:56
Q:
[图片]老师log文件的输出怎么cycle是从大往小，不是应该圈数越后才越精确吗？但是1 cycle却在最后面
A:
哪写着1 cycle
Q:
log文件记录的cycles是不是按能量乱序排的，老师，我看我的输出文件刚开始是13 cycles，最后的一个SCF Done 后的事after 1 cycle
A:
才不会排序
第一次就是cycle 1
scf done后面若还在做迭代必然是你的任务需要不止做一次SCF
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2016.10.31 02:24:43
Q:
[图片]老师，gaussian09在算单点时，出现这个错误是不是因为构型不合理呢
A:
是
Q:
恩，那有办法来算频率吗，除了调整构型
A:
你这结构都严重不合理了，拿这结构算频率毫无意义
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2016.10.31 03:07:27
Q:
老师，我研究过度金属和配体络合，用什么隐式溶剂模型比较好呢
A:
SMD
Q:
我想算溶剂下化学反应自由能变，1.在气相下分别做反应物和产物的opt，freq，得到气相自由能变 2.将各物种用smd在溶剂中做单点，各物种溶剂中单点减去气相单点得到各物种溶解自由能
3.用产物溶解自由能减去反应物自由能，这个数再加上气相反应自由能变。
方案可行否
A:
按此文计算反应物和产物的溶剂下的自由能，求差就完了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
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2016.10.31 03:35:05
Q:
老师，请问这是什么错误啊？[图片]
A:
若几何优化看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
老师，这是无法收敛吗？
sob老师，我还是想用QST2找一下书上介绍的那个硅烷的过渡态，我用个什么方法和基组合适呢？
A:
B3LYP/6-31G*
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2016.10.31 03:50:49
Q:
各位老师，我优化好两个有弱相互作用的分子结构，然后用B3LYP/6-311++g（**）计算NBO，最后输出这样的文件，不很理解，请老师解答
[图片]
A:
NBO分析资料汇总
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
Q:
这个构型的成键轨道与其他构型差别很大，有些离得比较远的原子似乎也有相互作用了，我想问问这是为什么？
A:
毫无意义
NBO分析弱相互作用属于半伪科学
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2016.10.31 04:12:38
Q:
请问老师为什么我做IRC的时候forward得到了反应物结构，而reverse得到了产物结构啊[表情][表情]这种情况可能发生么？[表情][表情]
A:
[图片]
Q:
恩恩，谢谢老师，那我已经分别得到了反应物和产物结构，是不是可以说明这就是我要的过渡态了
A:
y
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2016.10.31 04:23:42
Q:
[图片] sob老师，用QST2是不是必须让反应物和产物的结构数据除了2个变量之外其余的都一样才行啊?怎么才能做到这样啊？
A:
用gview构建，在edit-connection界面里确保原子对应关系正确
最好的办法就是甭用QST2
Q:
别的办法找的过渡态会不会不如QST2准确呀？
A:
完全没这回事！
QST2就是哄菜鸟的
Q:
老师，请问找过渡态比较好的是什么呀？
A:
opt=TS
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2016.10.31 05:10:25
Q:
老师:请问为什么同样使用PM6-D3方法，用G09和MOPAC2016程序进行优化，结果差别如此巨大？高斯和初始结构相差大，而MOPAC和初始结构相比变动较小：
G09关键词：opt PM6D3 symm=(loose,follow)
MOPAC2016关键词：PM6-D3 SINGLET SYMMETRY
原子个数500+
A:
symm=(loose,follow)
SINGLET SYMMETRY
都甭写
MOPAC里写precise再对比，否则可能优化不够彻底
本身俩程序用的算法不同，大体系势能面极小点也多，陷入到不同势阱可能性大。而且PM6D3在MOPAC里和G09中的实现也不同
Q:
好的，多谢老师！老师还想问一句，MOPAC的输入文件mop，我是先用GaussView画好gjf文件，然后Chemoffice的ChemBio3D Ultra 14.0套件转化成mop文件，不会有什么错误吧？
A:
不会
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2016.10.31 05:27:30
Q:
[图片]
老师，您好。我问一下高斯远程提交，一直出现exit+1.是什么原因啦
A:
你先直接用g09 < ltwd.gjf |tee ltwd.out测试下任务是否能正常跑，确保不是输入文件格式有问题
如果能正常跑，这样提交
[图片]
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2016.10.31 05:36:12
Q:
sob前辈您好！能不能请教一下：找过渡态时，使用gdiis算法，能不能和缩小步长iop(1/8=)同时连用？
A:
可
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2016.10.31 05:37:04
Q:
原来大博士的电脑是东芝的[表情]
A:
然
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2016.10.31 05:42:04
Q:
sob老师，我用alter命令交换两个alpha轨道，程序读的时候也确实是再交换这两个轨道，到计算最后这交个轨道又算回去了，这怎么办啊
A:
尝试用scf=qc，如果还那样，说明这种交换没意义，并没法“撑住”
此时Q-Chem或GAMESS-US的MOM没准儿有用
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2016.10.31 05:52:00
Q:
[图片] sob老师，这个总是出错怎么回事呀？ [图片]
A:
一般这么用opt(ts,calcfc,noeigen)
Q:
[表情]
出现了test
A:
垃圾关键词
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2016.10.31 05:57:07
Q:
大博士，DLPNO-CCSD(T)和LPNO-CCSD有什么异同？
LPNO-CCSD（T）
少写了一个T
A:
前者是后者的进一步发展，对大体系计算代价更低
Q:
那这个D代表什么呢？
A:
Domain
Q:
[表情]感谢大博士
感觉看大博士的文章，比起读陈黎的俳句要好玩的多，尤其是这么一句
[图片]
A:
你看了这个就知道这句话的真谛了
http://www.bilibili.com/video/av6542453/
Q:
[图片]
所信者视也，而视犹不可信
A:
这只是引子，重点在之后
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2016.10.31 06:18:01
Q:
sob老师，请问平时在结构优化和频率分析的时候，关键词由# opt freq b3lyp/6-311G test 变成# opt freq b3lyp/6-311G会不会报错呀？
A:
又不加极化
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2016.10.31 18:28:11
Q:
[表情]只是通读了一遍，里面的公式还没有好好推倒
推导
赖文的公式讲的比徐光宪的好推吗？
我感觉赖文的讲的很精髓
至少调理很顺
A:
徐的书专门用来让萌新对量化产生憎恶感
Q:
徐光宪的书确实很难看懂，很多东西跳跃性很强
OA:
恩我看着就头疼啊
Q:
反正我手上一本中文量化书都没有，有也不看，看也记不住，不为了学分死也不看
OA:
厉害啊赖文的我有上册的英文打印版
Q:
你要是买正版很贵的
我刚找到.txt文件了。整理了这么多资料! 太感谢了啊！
A:
6ed影印的才100块钱左右，很便宜了
Q:
你那本是量化还是量力？
OA:
量化啊
Q:
没错，北京西单图书大厦，影印版115
一个很厉害的老师当年的书，被我捡到了
OA:
100块挺贵啦哈哈
[表情]
Q:
完了，内心的话说出来了，其实和正版比好便宜呀
A:
少下顿馆子、少氪一次11连就出来了
知识无价
Q:
少氪一次11连这个是？
超级便宜
A:
[图片]
Q:
可以去美国的大学的图书馆看完他，估计国内肯定没有
A:
国外书良心价的只有Dover的
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2016.10.31 18:58:07
Q:
老师啊，上次问了一下nn ne ee的计算，不是不这样的
[图片]
A:
y
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2016.10.31 19:00:36
Q:
[图片]老师，请问这个收敛不了应该怎么版？
A:
如果是昨天发过的那个图，初猜结构太烂
Q:
老师，是昨天发的那个图，请问这样该怎么处理一下呀？
A:
把初猜结构摆得有点过渡态的基本模样
直接拿反应物或产物结构没戏
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2016.10.31 19:06:01
Q:
问大家一个问题哈
在Sob老师的培训里有一个1-3丁二烯两类C-C键强比较的例子
我的问题是这样的
1、把H原子全换成F原子，如果背景是高温分解，我可不可以通过分析C-C键强来判断哪个C-C键先断开的概率大一些（看了几篇Sob老师的帖子，感觉Mayer的键级算的不准呀）
2、如果考虑F原子的话，算所有的键能然后来判断随温度升高哪些键会先断开是否合理呢？
A:
1 可以。用拉普拉斯键级，对这类问题可靠度比mayer键级肯定高
2 更严格的还是算势垒，虽然键能和这问题也有一定关系
Q:
谢谢Sob老师哈
算势垒是不是直接算整体单点能减去拆开后的片段的单点能，就是算键能的算法呢？
A:
过渡态能量减平衡结构的能量
Q:
这个的过渡态，因为我不知道会是哪个地方断裂，我是不是可以排着队每个键扫描找过渡态呀
[表情]谢谢Sob老师
A:
可
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2016.10.31 19:09:11
Q:
老板要我在一周内把分子组装成晶体的过程画成3d动画，要怎么制作啊⋯⋯
一周内如何学会制作3d动画，有什么速成的办法吗？或者有什么简单的画分子运动动画的软件吗？
A:
网上看看cinema4D的教程吧
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2016.10.31 22:17:13
Q:
[图片]
我做的能量最小化，可是，优化过程中，能量居然是升高的，居然还是正常结束。
大惑不解！！
A:
估计优化到鞍点去了
Q:
没有加ＴＳ呀
A:
也一样有可能优化到鞍点去
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2016.10.31 22:18:13
Q:
sob老师，请问金属离子溶解自由能如何算呢
A:
隐式溶剂模型下，E(水合离子)-E(金属离子)-E(水簇)
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2016.10.31 22:24:26
Q:
[图片]老师这个网盘里的D01是64位还是32位？
A:
64
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2016.10.31 23:25:08
Q:
老师
MoS2 WS2 如果用高斯软件计算的话应该选用什么基组
A:
过渡金属Lanl2TZ(f)或SDD
S：lanl08(d)
----------------------------------------------------
2016.10.31 23:33:20
Q:
老师：您好！做NICS出现如下错误；谢谢[图片]
[图片]
A:
甭用色散校正，又不影响结果，写了碍事
=giao纯属多余
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2016.10.31 23:37:22
Q:
老师，用SDD的基组计算稀土Yb的红外，要乘以什么样的矫正系数。还有就是用赝势基组计算频率是不是会有一定的误差，不像全电子基组那么准确？谢谢老师
A:
用不着乘。担心是多余的
Q:
好的，谢谢老师，那如果算出来的和测出来的不是完全能对上，怎么办呢？要换更精确的基组吗？
A:
理论方法的影响更大
Q:
理论方法是指什么？现在用的是B3LYP/gen
C H O N F S
6-31G(d,p)
****
Yb 0
SDD
****
老师，这个是不是太小了，还是说换其他的算？谢谢老师
A:
要定义赝势，否则结果没法用
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
什么叫理论方法里面说了
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
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2016.11.01 00:30:09
Q:
[图片]请问一下老师，为什么用gaussview显示轨道会出现这种错误，上午还没问题，突然一下不能用了，已经试过卸载重装了，还是不行
A:
重新生成chk/fch文件再试
----------------------------------------------------
2016.11.01 00:35:17
Q:
谁那里有关于mp2/6-311+g(d,p)和m062x/6-311+g(d,p)ZPE、ΔH和熵的矫正因子？
始终找不到mp2/6-311+g(d,p)和m062x/6-311+g(d,p)ΔH和熵的矫正因子？
A:
查这个
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3805
查不到就找相近的借用，比如只差个弥散函数，或者极化只差一丁点的
或者直接当成1
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2016.11.01 00:37:51
Q:
我想问一下老师 pauli排斥可以通过NBO直接算出来吗[图片]
A:
一般都是靠能量分解来得到的
NBO框架下一般也就靠NEDA来做，不过没啥意思
Q:
好的
A:
NBO有个steric分析倒是可以考察位阻作用
----------------------------------------------------
2016.11.01 00:39:51
Q:
求教老师，高斯计算吸收谱时，影响峰形的因素有哪些
老师，实验测得吸收谱时有两个峰250nm，285nm，但计算出来只有一个，该如何解决[图片]
A:
如果实验和那两条竖线位置相仿佛，把HWHM设小点，峰就变成俩了
峰宽问题这里说了
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
----------------------------------------------------
2016.11.01 00:41:28
Q:
老师，effective charge 怎么算？
A:
先说清楚是什么含义
----------------------------------------------------
2016.11.01 00:41:28
Q:
老师，effective charge 怎么算？
A:
尝试别的限制方式，或者内坐标下搞搞试试，尝试不同内坐标写法
----------------------------------------------------
2016.11.01 00:47:08
Q:
[图片]我要用glass bubble 显示等势面，请问应该加什么命令？
A:
representation里material调材质
----------------------------------------------------
2016.11.01 01:06:28
Q:
[图片]
一个很简单的极性小分子，现在想算它在水中的频率，使用这个水模型可以吗？
A:
可
语病
----------------------------------------------------
2016.11.01 01:07:50
Q:
[图片]老师我计算过渡态时，构造的分子内氢键总是容易跑到反应上去，[图片]有没有什么方法可以解决这种问题
A:
如果要算氢转移过渡态，初猜结构不合理所致
----------------------------------------------------
2016.11.01 01:11:07
Q:
好的，弄好了[图片]
但是有一个新问题，实验中285nm处的峰吸收更强，然而计算的250nm处的更强？
A:
强度不容易算准
可尝试其他计算级别。构型、溶剂效应、振动耦合等等也都会产生影响
----------------------------------------------------
2016.11.01 01:22:57
Q:
opt freq=(roa,vcd) b3lyp/6-311g(3d,2p) scrf=(iefpcm,solvent=water)
这个级别的方法基组算频率能算准吗？
A:
B3LYP/6-31G*再考虑频率校正因子实际上就已经够了
用更大基组并不会更好
----------------------------------------------------
2016.11.01 01:37:30
Q:
[图片]老师，这种情况是不是可以说明分子间有弱作用？谢谢老师
A:
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.01 01:39:11
Q:
# TPSSTPSS/gen pseudo=read opt=(ts,noeigen,calcfc,cartesian) freq gfinput scfcyc=300 ，请教大家一个问题，用TPSSTPSS泛函算金属Co，过渡态的输入文件这样写可以吗？
A:
# TPSSTPSS/genecp opt(ts,noeigen,calcfc) freq
----------------------------------------------------
2016.11.01 03:51:57
Q:
[图片][图片]老师，请问在用GaussView作静电势等值面图的时候出现这种情况是什么原因呢？
A:
可能等值面数值不合理
Q:
恩恩，老师，请问这该怎么解决呢
A:
调成合适的值
----------------------------------------------------
2016.11.01 04:04:20
Q:
老师：您好！加色散矫正后，看其能量，也是用高斯viewz中result显示的能量，是吗？谢谢！
A:
直接看输出文件，甭看那个
Q:
老师：您是说看这个吗？[图片]，谢谢
老师：加了色散矫正后，看能量，您说是看输出文件，您是说看这个吗？[图片]，输出文件最后总结的那，谢谢
@Sobereva
A:
y
----------------------------------------------------
2016.11.01 04:09:24
Q:
有关溶剂化的几个小问题：
1.溶剂为1:1的混合溶剂，可以取其介电常数平均值吗？
2.介电常数平均值为7.15，我可以取介电常数为7.17进行计算吗
3.CPCM与COSMO的关系
4.CPCM与SMD这两种模型会产生不同的影响吗？影响大吗
A:
4 不大。SMD结果一定比CPCM好
3 COSMO在高斯里的实现=CPCM
1,2 可
----------------------------------------------------
2016.11.01 04:11:58
Q:
http://www.zhihu.com/question/28683874
风飞撤回了一条消息
[图片]
强烈同意
哈哈，看到很多人吐槽fortran
A:
每当有这种讨论，一定会有一堆脑残喷Fortran
Q:
fortran90很好用的
OA:
也很好看
不过计算金融学貌似真的fortran 不多
Q:
好看是啥意思？
OA:
科学计算代码主要是继承
fortran还有个好处是简单
很简单
C++很蛋疼的
A:
Fortran90很优美
Q:
是的
很漂亮
mathematica的代码我觉得也很好看
不过CIS有可能...[表情]
A:
C++看见一堆星号就头疼
----------------------------------------------------
2016.11.01 04:31:50
Q:
老师好，我算过渡态中，一直出现l9999报错，而且算过程中能量图出现不规律变化[图片][图片]
这样子情况应该怎么解决呢？
震荡了啊
opt=maxstep=2
A:
先看轨迹，是否往合理的地方走
Q:
过渡态啊，看错了我说的是错的
A:
如果趋势不合理，调整初猜结构再试
Q:
轨迹不合理
----------------------------------------------------
2016.11.01 04:53:16
Q:
老师一般多大的势垒质子能够弛豫过去呢?
A:
取决于温度
隧道效应也对穿越势垒有很大影响
----------------------------------------------------
2016.11.01 04:57:03
Q:
sob老师，之前听您讲课，计算A的溶解自由能，是用气相优化的结构加隐式溶剂模型计算，然后与气相相减即可。
但为什么裸露的金属离子溶解自由能不能这么算，必须气相优化水合离子，然后隐式溶剂下用气相结构：水合离子但电能-裸露离子单点能-水簇单点能？@Sobereva
A:
因为电荷/体积比太大。
质子溶解自由能也是一样，你这么算一下，会发现和实验值差老远
Q:
那老师，按您说的计算裸露金属离子水合自由能，有相关的参考文献么？
[图片]
我看到一篇PCCP里面算法是在隐式溶剂模型下做优化+频率，但我在容积下优化失败了。您的方法参考文献在哪里呢？
A:
你那文献里也是用我的做法算的
文献一搜就有
----------------------------------------------------
2016.11.01 05:13:30
Q:
请问老师，我计算bsse校正，用B3LYP/6-311++g**计算的结果在可信范围内么？
请问怎么计算三重态激子分布[表情]
A:
加D3校正
----------------------------------------------------
2016.11.01 05:15:43
Q:
[图片]咱们公社的公共阿里云邮箱进的时候还要手机验证码啊？
A:
你问aliyun的人
又不是我设的
Q:
[表情] 好吧
A:
Sobereva(190258442) 10:21:56
如果是阿里云的邮箱，最好用阿里云邮件客户端，否则会被要求手机验证，肯定通不过
Q:
谢谢
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.01 05:23:10
Q:
spin density distributions of T1 states 这个怎么计算
麻烦老师您
A:
用0 3算完，fch文件载入Multiwfn，用主功能5绘制自旋密度图
Q:
噢谢谢您
A:
[图片]
Q:
是用0 3再算个TD吗？
A:
用不着TD
Q:
噢算个0 3的DFT就可以？
A:
y
0 3 opt和0 1 td=triplet opt不完全一样
Q:
[图片]
老师我在这里面选哪个
A:
按ppt里的步骤操作啊
Q:
噢谢谢
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.01 05:31:03
Q:
[图片]
老师，这样写对吗？我给氢加上极化会不会影响物质的空间结构呢？
A:
对
当然可能影响
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2016.11.01 05:35:47
Q:
sob老师，请问在td opt的基础上再计算一个freq对于计算集群有什么要求呢？因为我之前尝试过很多次，我们的集群均不能正常结束。也没有显示错误信息。我使用的是b3lyp/6-31g*,集群用的是8核 16G的
A:
TDDFT做freq没有解析二阶导数，耗时高得很
Q:
那如何才能解决这个问题呢老师？
A:
没法解决
想解决就等G16出来
Q:
老师，G16何时出啊
A:
今年内9成几率会出
内部已经跳票几次了
----------------------------------------------------
2016.11.01 05:38:09
Q:
老师，我的过渡态涉及氢转移，而计算基组水平要一致，所以我的优化与频率只能选择加上极化，是吗？
A:
跟谁一致？
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2016.11.01 05:39:07
Q:
[图片]
我怎么得到别人这种图
A:
先弄清楚图是什么含义
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2016.11.01 17:03:40
Q:
之前不长短且用了G09默认的IRC计算方法，报错，用了老师推荐的LQA并增加了步长，就是现在这个结果
谢谢
A:
想要光滑就更短步长，或者加calcall/recalc=x
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2016.11.01 17:12:07
Q:
[图片]
A:
没什么新鲜的
Q:
小的gap大？
A:
最小的即是苯，当然大
越大越接近石墨烯
拿一丁点大小的石墨烯片段的gap去对比周期性计算的石墨烯的gap显然毫无意义
Q:
谢谢老师指导
A:
[图片]
看看人家多大才有刚刚有收敛趋势
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2016.11.01 17:20:39
Q:
Erroneous write. Write -1 instead of 1520.
fd = 4
orig len = 1520 left = 1520
g_write
这是不是磁盘空间不足啊，应该怎样办啊？请各位老师指教一下。
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.11.01 17:21:49
Q:
老师：早上好！我刚刚上传的这篇文章（Free Cyclooctatetraene Dianion: Planarity, Aromaticity, and
Theoretical Challenges），，是审稿人推荐的文章，里面提出了审稿人提出的那个问题（里德堡电子）[图片]，不知可否麻烦您在百忙之中抽时间，帮忙看看，我也在看这篇文献，有不明之处还想向您请教，谢谢老师
A:
木有时间
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2016.11.01 17:23:17
Q:
[图片]老师，跑IRC，为什么两端都跑到了产物方向？没有对应的反应物的点？
A:
[图片]
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2016.11.01 17:32:14
Q:
老师，高斯09可以用aug-cc-pV(T+D)Z基组吗
A:
可
Q:
直接这么输入吗
A:
EMSL拷定义啊
能不能直接输入手册里都写着
Q:
好的，谢谢，有一个您写的基组转换的网站是多少，忘记了
A:
在线基组和赝势数据库一览
http://sobereva.com/309
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2016.11.01 17:56:58
Q:
请问，共振结构的HOMO和LUMO是不是一样的
共振结构式感觉是YY出来的一个概念[表情]
A:
各个共振式也可以当成透热态基函数，通过线性组合来描述实际电子结构
[图片]
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2016.11.01 18:05:26
Q:
老师，请问跑irc出现L9999应该怎么解决
A:
看具体报错提示，不要问lxxx出错
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2016.11.01 18:23:46
Q:
这个破Macbook简直是反人类，没有home end键，方向键小的像牙签
A:
+1
apple吃枣药丸
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2016.11.01 18:35:46
Q:
请问一下各位老师，做垂直电子亲和能，是不是把优化好的中性结构改变电荷和自选多重度进行优化得到阴离子的能量，然后用中性分子的能量减阴离子的能量，所求得的差就是垂直电子亲和能。请问这样做对吗？有没有错误。谢谢。
A:
你这算的是绝热电子亲和能
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2016.11.01 18:45:51
Q:
各位老师，想要加快几何优化收敛，添加opt=gdiis或calcfc可行么？
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
没有前提的话，加那两个没有必然性使得收敛步数更少
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2016.11.01 19:12:04
Q:
还有就是我用了混合基组，矫正因子该怎么选择呢？
A:
用占原子数最多的基组的
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2016.11.01 23:34:53
Q:
老师对于一个18个原子的体系，其中含有Li,Na,K,Si,V，对于这样一个体系优化用什么样的全电子基组比较合适
A:
6-31G*
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2016.11.02 00:19:47
Q:
老师 gaussian中有什么关键词可以保持体系的对称性吗，就是在优化过程中对称性不要改变
我初始猜测用的D4d,想在优化的过程中一直保持这个D4d
我的初始猜测为D4d,结果跑了几圈之后就变为了C2v
初始猜测[图片]，跑了几个SCF之后就变了[图片]
师兄如果说想保持这个对称性的话加关键词symm=follow可行吗
A:
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
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2016.11.02 00:59:07
Q:
[图片]multiwfn的图标是什么图？电子密度差图？Hirshfeld surface？
A:
Li6的ELF图
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2016.11.02 02:42:58
Q:
老师：请问怎样在VMD把分子上移，[图片]而且显示的键，粗细不一样，是显示的原因还是设置的原因？谢谢
A:
representation设置问题
按t键拖动体系就能平移
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2016.11.02 03:14:04
Q:
请问已知峰位置和强度用什么软件拟合谱图比较好
A:
multiwfn
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2016.11.02 03:16:39
Q:
话说是MS画图方便些，还是gauss方便些？
A:
先弄清楚这俩程序是干什么的...
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2016.11.02 03:35:46
Q:
老师，过渡态速率常数计算时ELECTRONIC DEGENERACY是指的什么量呢？
A:
自旋多重度
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2016.11.02 03:37:25
A:
按照手册2.1.2节配置LD_LIBRARY_PATH
Q:
我记得我曾经把multiwfn打包成过deb包。。
应该是使用的时候提示缺库
ubuntu安装multiwfn就缺个东西
A:
如果是最新版本应该不会提示这个的
multiwfn 3.3.9开始已经把intel openMP库静态链接了
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2016.11.02 03:51:56
Q:
我用MS做一个全氟代苯的动力学模拟，请问在选择力场的时候应该选择哪个呢？[图片]
A:
就用COMPASS
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2016.11.02 04:01:06
Q:
请教一下，计算Pd、Pt、Ag、Au的团簇体系，SDD、LanL2DZ、Def2-TZVP这几个基组哪个更好一些？谢谢
A:
Def2-TZVP > SDD > Lanl2DZ
耗时和精度都是这个顺序
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2016.11.02 04:16:35
Q:
请问用qe算的phonon的振动位置需要乘以校正因子吗
sob讲义里拉曼光谱是基于拉曼活性展开的吧
A:
活性和强度都讲了
Q:
活性是公式里的S吗
A:
y
Q:
基于两种不同展开方式相对峰高不影响吧
A:
大
----------------------------------------------------
2016.11.02 05:20:19
Q:
因为之前气相下用的这个空间
找了4个 pai 轨道，一个 n 轨道，4个 pai 反键
是 mcscf 错误
恩，我先问问社长
A:
尝试用不同初猜
尝试选择不同轨道
尝试用不同活性空间设定
尝试不同基组
尝试增大迭代次数（有收敛趋势时）
换MCSCF做得更好的程序
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2016.11.02 05:52:09
Q:
请问，ADNDP中可以搜索1个中心1个电子吗？怎么做可以搜索呀？
[表情][表情]
A:
如果是对总密度来搜索，这一般无意义。
如果对开壳层情况alpha，beta单独搜索，默认阈值下搜1c时候就足矣搜出这种
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2016.11.02 07:19:02
Q:
[图片]有讲这几项意义的文章或文档吗
有更详细的说明吗
A:
热力学数据计算的基本常识看
两篇热力学数据计算的入门介绍文章
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
更详细清晰的式子看此文的文档
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
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2016.11.02 09:08:37
Q:
[图片]
JACS，这一串都写的什么乱七八糟的[表情]
A:
轨道波函数单位还不对
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2016.11.02 10:12:31
Q:
最近看到有篇angew文章，在计算双自由基的时候用的是UKS BP86，想请问一下这个方法相比M06L如何（在计算多参考态方面）？
[图片]
具体的计算描述是这样的：
[图片]
因为这个结构即使在计算单线态的时候也要考虑双自由基，所以一般用多参考的方法.
A:
用UKS算双自由基问题跟多参考是两码事
高HF成份泛函众所周知不适合算多参考，但UKS算双自由基照样妥妥的
如果是过渡金属，BP86是老当益壮，M06L未必一定比之好，但也值得一试
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2016.11.02 15:12:00
Q:
请教大家，我用antechamber生成小分子的gaff力场参数，请问力场参数最后去哪里了？像LJ中的ε, r。键力常数，键角常数。在.mol2，.prepi, .frcmod文件中都没看到这些参数啊，只有resp参数和坐标。
是运行tleap后，保存在.lib 或者 .prmtop文件里么？
力场参数想移植到nwchem中用
A:
直接在gaff里有的参数就不在frcmod里出现。frcmod里体现的是antechamber搞出来的对gaff参数的补充
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2016.11.02 15:30:43
Q:
觉得antechamber说的小分子，意思其实是相对小的分子，像H2O，ch4这些分子，是不是直接查文献比较好，通过实验专门拟合过的。有些chonp的分子比较大，文献都没报道，就用antechamber生成一个用着。
A:
库文件里记录结构、电荷等信息
文献里直接能查到参数就不用antechamber。小分子一些参数是刚性的，几何固定住或者力常数设较大都没关系
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2016.11.02 16:32:21
Q:
在Gauss的out文件中，要复制一列，用的那个软件叫什么？我忘记了。请哪位明示。谢谢。
老师，请您给个Ultraedit，好吗？
【潜水】VOID
A:
群共享就有ultraedit。字号不要超过12
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2016.11.02 17:16:07
Q:
[图片]跃迁系数为什么会有正负之分呢，求解答
A:
正如同LCAO也有正负系数
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2016.11.02 17:16:49
Q:
[图片]请教各位老师，[图片]在做这个Ni与石墨炔优化的时候报错这个。不知道为什么，初始结构中Ni没有成键。写好输入文件后保存之后就成键了
A:
输入文件格式不对，特别是赝势定义部分
----------------------------------------------------
2016.11.02 17:53:08
Q:
老师请问高斯可以计算某一个环状结构的张力大小吗？可以的话，输入文件应该是怎样的关键词？
A:
没有直接的关键词。
要计算开环前后能量差
Q:
那您说的开环能量该怎么计算呢？谢谢老师
A:
具体问题具体分析，想办法设计最合理最能说明问题的开环方式
这类计算一搜绝对有
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2016.11.02 17:53:32
Q:
借问一下，计算过渡金属M11L比BP86如何？
A:
M11系列都不咋地
宁用BP86也信不过M11L
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2016.11.02 18:18:08
Q:
问下大家
我在Linux上装gaissian[图片]
这一步就好了吗？
但是我没有找到 .bashrc
A:
[图片]
显示隐藏文件
学linux常识知识
Q:
哦，谢谢sob老师
我正按着PPT装，找不到那个文件正诧异呢
Sob 老师，我改好 .bashrc
不懂什么是重新进入shell 看另一份说就运行了source ~/.bashrc
之后查 which g09
就上图了
A:
关了shell再开
还这样说明.bashrc没改对
----------------------------------------------------
2016.11.02 18:24:44
Q:
Sob老师，请问用BOMD模拟化学反应的轨迹，调了很多种收敛标准仍然达不到反应产物，有什么好的解决办法？这一反应体系涉及5个过渡态，分子体系包括7个原子，对于BOMD模拟轨迹来说，应该不算多吧？
A:
如果是SCF不收敛，除了我博文提到的以外，并无别的解决方法
Q:
SCF收敛，SCF跑完后达不到相应产物
A:
初始条件问题
----------------------------------------------------
2016.11.02 18:42:26
Q:
请问高斯能不能直接统计出结构的总分子量？
A:
把.fch载入进Multiwfn，一开始就会提示分子量
----------------------------------------------------
2016.11.02 18:52:34
Q:
老师们，effective charge 应该怎么确定？
A:
[图片]
Q:
分子的有效电荷
文献是这么写的
比如本来带一个电荷的化合物它的有效电荷是0.95
但是不知道高斯到底怎么算
A:
根本没说清楚
不说清楚怎么定义的还有何用？怎么算？
----------------------------------------------------
2016.11.02 18:58:53
Q:
Sob 老师我在/home/wchulin 下which g09 成功了，然后我在桌面运行 g09<test.gjf>test.out 结果又找不到文件或命令了
[图片]
A:
你这是root，你又没配置root的.bashrc，当然不成
----------------------------------------------------
2016.11.02 22:48:42
Q:
请问，B3LYP中LYP用的VWN是VWN3还是VWN5？
QChem中的定义
[图片]
NWChem中的定义
[图片]
其中，vwn_1_rpa指的是VWN3还是VWN5？
A:
放一起再优化啊
----------------------------------------------------
2016.11.02 22:57:51
Q:
老师，对于电化学的过程，如何寻找过渡态？
A:
纯粹的电子得失没有一般意义的过渡态
----------------------------------------------------
2016.11.02 23:00:27
Q:
老师，做MP2出现Excessive mixing of frozen core and valence orbitals，我应该用iop8/11=1还是用rw？
A:
MP2(full)
----------------------------------------------------
2016.11.02 23:00:57
Q:
sob前辈您好！能不能请教一下：用gaussview能不能看优化每一步的力？
A:
能
能看RMS受力，具体值到输出文件里看
Q:
[图片]这个是力吗？
谢谢前辈
A:
y
Q:
sob前辈！ RMS Force 0.011109 0.000300 NO和gaussview图中数值（0.0060）为什么不一样？
A:
不是同一个点
----------------------------------------------------
2016.11.02 23:06:41
Q:
老师，硬盘空间不够，又不想降低计算水平，还有啥招么？
A:
没招
----------------------------------------------------
2016.11.02 23:06:43
Q:
请问公社的阿里云邮箱登录时，要验证手机号码末尾为1340，请问是谁的手机呀验证码我已发送请告诉我下，多谢！
A:
Sobereva(190258442) 21:16:19
Sobereva(190258442) 10:21:56
如果是阿里云的邮箱，最好用阿里云邮件客户端，否则会被要求手机验证，肯定通不过
这两天回复好多遍了
Q:
客户端在哪里下载啊？
A:
搜
----------------------------------------------------
2016.11.02 23:10:57
Q:
老师，扫激发态势能面从计算量来看可行吗？
A:
可
----------------------------------------------------
2016.11.02 23:13:09
Q:
[图片]请问各位老师我画的静电势怎么是这个样子的
A:
设置不对
coloring method没设成beta
----------------------------------------------------
2016.11.02 23:23:44
Q:
sob前辈您好！又一次的打扰给您造成不便。能问一下：Cartesian Forces: Max 0.032827185 RMS 0.005939678和总结输出的 Item Value Threshold Converged?
Maximum Force 0.089140 0.000450 NO
RMS Force 0.011109 0.000300 NO
Maximum Displacement 0.405459 0.001800 NO
RMS Displacement 0.081259 0.001200 NO
中的力有什么不同？
A:
可能后者是内坐标的
无关紧要，没必要纠结这个
----------------------------------------------------
2016.11.02 23:30:30
Q:
下载不到PC客户端啊，只有手机的阿里云客户端。。
A:
自行解决
----------------------------------------------------
2016.11.02 23:34:29
Q:
[图片]
老师，我的结构异构体比较多，我加关键词收敛了一下，
[图片]
之前看的博文里面写的说最大位移<0.00180就会收敛。
老师能不能讲解一下
[图片]
A:
那是默认收敛限
你肯定用了tight
Q:
[图片]
老师，这是我的方法，是不是有什么问题？
之前看博文里写的不收敛问题的解决用opt=tight ,DFT方法结合使用int=ultrafine,难道是我弄错了？哪儿有问题吗？能不能说一下。
# opt freq b3lyp/6-31g(d,p) int=ultrafine
是不是应该这样写
A:
这根本就不是解决不收敛，而是解决虚频或者优化完了freq时还出现NO
用tight显然只会让达到收敛限更困难
Q:
老师，是我说错了，我是计算频率后出现一个No值，
[图片]
算完还是NO，不过值从0.00405降到了0.00018，
A:
[图片]
Q:
谢谢，老师，我明白了
[图片]
老师，我刚看到有人说int=ultrafine对优化结构的能量影响大，如果比较能量的话都要加上int=ultrafine,是这样吗老师？我的另一个结构算完是4个Yes，我没用opt=tight int=ultrafine计算。
A:
是
Q:
只加int=ultrafine，是吗老师，opt=tight 加了好还是不加好？
A:
什么叫好不好，该加时候加，不该加时候不加
----------------------------------------------------
2016.11.03 00:17:17
Q:
老师，问一个比较低级的问题[表情]，我需要用QCISD优化分子，计算分子的能量。命令行输入# OPT freq QCISD/6-311++g(3df,3pd)就可以了吗？
A:
非常糟糕的级别，各种意义上
优化用B3LYP/6-311G**足矣。能量算得动就用CCSD(T)/cc-pVTZ，算不动就降到双杂化
QCISD早就失宠了，早就向双杂化或者耦合簇倒戈了
单点不用(T)亏大了
QCISD没二阶解析导数，算频率吐血
如果是要得到小分子热力学量，直接上热力学组合方法，诸如CBS-QB3，或更好的G4
以及，pople基组给高级别后HF计算用也是很糟糕的
----------------------------------------------------
2016.11.03 00:24:14
Q:
好的，谢谢老师。[图片]我是模仿文献做计算，看文献上用的这几种方法[表情]。
[表情]
MP2，QCISD和CCSD(T)，作者都归属到了Ab initio 方法中，也有些疑惑
A:
显然是ab initio
----------------------------------------------------
2016.11.03 00:26:52
Q:
[图片]
Sob老师，还得骚扰您一下
咋看计算的进度呀
A:
看输出文件，凭经验估计算到什么地步了
----------------------------------------------------
2016.11.03 00:38:46
Q:
老师，基础班培训的邀请函能不能提前给发一下呀，因为我们学校电子转账报名费的报账需要提前向财务处借款呀，需要有这个邀请函才可以向财务申请借款呀
A:
基础班明年春季才会办下一次。12月是初级班，通知预计一周内发。
Q:
[表情]
初级班和基础班具体有哪些区别呀？
A:
初级班是给零基础开的
Q:
sob老师，初级班都讲哪些内容呀？
A:
[图片]
Q:
确实比基础班内容少啊
啥时候会有高级班啊社长
A:
相同的主题，深度也降低很多
后年吧，待定
Q:
18年咯，好远
A:
好事多磨
东拼西凑就弄个培训的事我不干
Q:
老师，我们这些到不了现场的人就无缘了吗？
A:
y
Q:
老师，可以推荐一本高斯书么？有讲计算讲来龙去脉。我目前下载的是高斯使用说明手册。看的云里雾里
去老师的培训班培训一个星期就ＯＫ了。
比你看书快
老师能不能初级班的教学过程录成视频，这样我们就可以买得到[表情] 或者在网上观看啊
A:
只看书的话能看的只有群共享里“Exploring Chemistry 2ed+勘误+例子&练习”
绝对没有视频
Q:
对啊，在网上售卖视频可以吗？买一次只能看一次
[图片]
请问这个如何解决
A:
“买一次只能看一次”
真能这样就卖了，但现实是不可能
在电影院播放的还有枪版流出
Q:
对啊，不是每个人都有条件去听课，可是我们都想听，买视频，或者在线都行
其实你只要去过就知道了，老板好一点的有报销，但是还是有很多人是自费培训，你只要听过就知道社长的课花这点钱绝对超值，国内的其他培训比这贵多了还学不到东西@懵懂的奋青
条件要自己创造，不要等时机成熟，那时候一切都晚了
培训费只有1000块钱，我们去北京硬座的路费来回是700，时间是70小时，住宿在北京估计得1000，唉，
时间是70小时[表情]
再加上吃饭3000不够啊
想去无能为力，导师不会同意的
OA:
老师，初级班是今年什么时候啊？
Q:
坐飞机呀
A:
12月3日，见www.keinsci.com的通知
Q:
飞机票太贵了
第一届北京科音分子动力学与Gromacs培训班预计于2017年元旦举办（具体时间待定）这个确定吗
什么地方？　没有打折机票吗？
A:
住宿可以合租
Q:
五千块够了吧
A:
99%确定
Q:
恩，有时间就去学习
感觉五千块，双十一手剁一剁就出来了
老师，那个17年出版的书估计什么时候出版呀
你有多少只手啊？
A:
下半年吧，不好说
Q:
实用量子化学书
老师，初级班上发的学习课件是初级班专用的还是和基础班一样的？
打折机票不能报账，费用太高老板可能就不同意了
A:
不一样。
在基础班基础上做了大刀阔斧的删减，以及修改和补充。
有很多东西甚至不能让0基础的人知道（诸如静态相关），否则弄得一知半解就会把一堆概念搞乱起来，还不如不提。
根据多次培训经验，对此深有感受。所以特别弄一个初级班。
Q:
对啊～主要是距离的问题～再说～导师这一关都过不了！！我们学校一个月刷三次脸签到！！缺勤扣生活费～我也是醉了！！
A:
本身对MS没兴趣，而且是创腾代理的，开培训没准会被找麻烦
Q:
创腾呵呵
Gromacs软件购买要多少钱啊？比起MS
A:
XX的培训费是科音的N倍，奶酪肯定不想让别人动
Q:
老师初级量子化学培训班培训的主要内容是什么？
A:
前面发过日程了
过些天发的通知里也会写明
Q:
老师～要不你来西北培训一次吧！！[表情][表情]让我们西北的孩子沾沾光！！
A:
我的机动力很低
Q:
西北风沙大，老师体格轻~~~
OA:
西北哪里
Q:
唉，导师让用MS做计算，学了一段时间了还是不清楚，在想要不要换高斯呢……
OA:
西安吧？你在西北哪里?
Q:
没有～还好啦～风沙我们给你挡着[表情][表情][表情]
sob老师，我们去上了初级班之后，在现场能不能再买您一份初级班的讲义资料啊？
OA:
我也在西北啊兄弟,西北啥都有～老师随性！！
Q:
西北羊肉多，老师不吃荤~~~
不能说～不然我这智商会拉低我故乡的智商
OA:
老师，我们去上了初级班之后，在现场能不能再买您一份基础班的讲义资料啊？
A:
多少人付款就印多少份。除非有临时因故不来的，否则不会单独卖
Q:
社长资料独一份，你想多了
不单独卖的话，基础班的培训我们又得来回坐70小时的火车跑一趟北京呀老师[表情]，只要给开发票，我们去上初级班的时候再买一份高级班的不行么？
资料和直接听的区别还是很大的，70小时算啥，求学求学
OA:
我们学校也是～不给报机票～缺心眼～机票打折跟卧铺差不多～人家就是不管！！！
Q:
@兰州大学_共振拉曼大哥，你能不能不要这样？
A:
这个等培训期间再议
Q:
我们只要有导师签字头等舱都给报的啊
OA:
请假可难了～我们出市都得写请假条～
Q:
什么学校啊
OA:
70小时不算啥，路费食宿经费都不算啥你可以直接去美国嘛！！你不为导师考虑，导师难道会专门为你考虑是吧？
Q:
你个傻蛋～学校是有规定的～学生住宿不能超过三百～不报机票～除非老师给你单报[表情]～@兰州大学_共振拉曼
OA:
就看你对培训看的重不重了，之所以导师说不算啥是因为她知道是社长的培训，如果是XX公司的，照样也不让去，第二，虽然我导师明确说了飞机票给报，但是我还是买的硬卧，你想多了。
如果你连70小时的时间都花不起还想学知识，我觉得这一份知识太轻了
Q:
别争了～大家有条件有时间～又想学就去～没有条件就苦逼地自学～多看看老师的博文～多请教请教！！
A:
+1
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2016.11.03 00:47:00
Q:
[图片]
老师，关键词对结构优化没有影响，所以按老师的说法，我将优化好的结构统一加上关键词做频率计算就可以对比能量了是吗？
A:
ultrafine关键是影响单点能
凡是牵扯到单点能的量相互对比，算单点的时候必须格点设定一致，否则误差没法很好滴小
振动分析算热力学校正量、几何优化，fine、ultrafine的结果差异可以忽略
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2016.11.03 00:53:38
Q:
[图片]
A:
输入文件末尾多加几行空格
输入文件末尾多加几行空行
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2016.11.03 01:04:26
Q:
社长，我要引用你的multiwfn的文章，文献插在multiwfn这个词右上角合理不
A:
合理
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2016.11.03 01:09:08
Q:
对Gromacs不了解，是否能够模拟蛋白与碳管或者金属纳米粒子的相互作用？
A:
可以
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2016.11.03 01:19:54
Q:
sob老师，请问在溶剂场中几何优化不收敛怎么办
气相中收敛
A:
和真空下措施一样
如果是SMD，可尝试用默认的IEFPCM再试
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2016.11.03 01:40:35
Q:
请教个问题各位老师，如果一个大分子要吸附一个小分子距离多远时才会产生相互左右
A:
多远都有作用
若说开始显著的时候，在范德华半径和附近
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