Orca里面的EGCP运行怎么那么慢？

lao7 · 发表于 Post on 2015-1-7 09:53:05

做个Orca的opt+Freq，优化结束了，停在EGCP那一步，很慢？有无在设置上加速的方法？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-7 12:13:28

老版本在gcp上有bug，并行计算时，优化的时候会卡在gcp那步上。用最新版本可解决

lao7 · 发表于 Post on 2015-1-7 14:37:23

orca3.0.2版本，新版本，一个钟头左右移动一个坐标。150个原子左右，估计要移动150个呵呵感觉好像EGCP一个原子一个原子在那移动。

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-7 16:19:59

gcp是对能量校正，进而改变优化的结构，和移动原子过程本身没有关系。
显然不是一次移动一个坐标。有解析梯度的方法，一次就把所有原子受力都算出来了。优化的每一步是对所有原子根据优化算法进行移动

lao7 · 发表于 Post on 2015-1-7 18:18:26

解析梯度方法是不是更快呢？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-7 18:52:11

lao7 发表于 2015-1-7 18:18
解析梯度方法是不是更快呢？谢谢

某个方法，如果有解析梯度，那么优化的时候每一步耗时也就是计算单点能耗时的几倍。如果没有解析梯度，则只能靠有限差分获得数值梯度，这样优化一步的耗时就相当于6N次单点计算的耗时，N是坐标变量数。因此，对于稍大点的体系，没解析梯度的方法几乎没法用来优化。100多个原子则完全没法处理。

lao7 · 发表于 Post on 2015-1-7 20:34:01

本帖最后由 lao7 于 2015-1-7 20:45 编辑

我现在Orca用的是：BLYP D3 GCP(DFT/SVP) def2-SVP def2-SVP/J cosmo(water) Opt NUMFreq 体系是2个碱基对（4个碱基），加一个三苯环的蒽，总共一百多个原子，如果解析梯度方法，应该如何添加关键词呢？谢谢
我现在用的i5 4G台式机算的，是不是机器太低了。但优化很快，一天优化完，但到EGCP算了两天了。

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-7 20:48:41

有解析梯度的方法默认就用解析梯度。
gcp的耗时是完全可以忽略的，如果算了两天，那么明显说明运行有问题。尝试最新版本(3.0.3)
要算频率就直接写freq而不要写numfreq，DFT的freq直接就用解析频率了，numfreq说明强制用数值频率，此体系根本算不动。而且就算算出来了精度也低于解析的。

lao7 · 发表于 Post on 2015-1-7 20:51:40

写freq提示错误按照说明书改成numfreu就算起来的，明天我升级之后，改成freq接着算试试谢谢

Shannon · 发表于 Post on 2015-1-7 21:45:55

感谢sob姐回答，前几天同样碰到过gcp问题，当时以为是orca的并行模块有bug，于是把后来所有的输入文件全部改成了单线程,看来是冤枉并行模块了。
另外，numerical frequency计算时间是相当于 O(N)*解析梯度计算时间吗？

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-7 22:51:48

Shannon 发表于 2015-1-7 21:45
感谢sob姐回答，前几天同样碰到过gcp问题，当时以为是orca的并行模块有bug，于是把后来所有的输入文件全部 ...

基于解析梯度进行一次有限差分得到数值频率的话，耗时关系是这样。

lao7 · 发表于 Post on 2015-1-8 10:36:57

sobereva 发表于 2015-1-7 20:48
有解析梯度的方法默认就用解析梯度。
gcp的耗时是完全可以忽略的，如果算了两天，那么明显说明运行有问题 ...

Sob，当numfreq换成freu时，一开始就报错，出现cosmo（water） is not implemented for the analytical Hessian. 说明用溶剂水的时候和freq冲突？有什么改进措施吗？

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-8 11:22:48

lao7 发表于 2015-1-8 10:36
Sob，当numfreq换成freu时，一开始就报错，出现cosmo（water） is not implemented for the analytical H ...

气相计算DFT是有解析Hessian的，能直接写freq做频率计算，你的提示说明同时结合了COSMO之后就没解析Hessian了。
我不清楚你做振动分析的目的，如果只是获得热力学校正量，那么没必要也不建议在溶剂下做振动分析。在气相下优化并做振动分析就行了。

lao7 · 发表于 Post on 2015-1-8 11:56:27

sobereva 发表于 2015-1-8 11:22
气相计算DFT是有解析Hessian的，能直接写freq做频率计算，你的提示说明同时结合了COSMO之后就没解析Hessi ...

想获得反应前后吉布斯自由能。在做DNA碱基和多环芳烃之间的物理结合，想把吉布斯自由能变化算出来。我觉得在水相中，应该有疏水作用把多环芳烃推到DNA里面的。
我想获得吉布斯只有能变化，同时根据频率获取红外光谱和荧光光谱图像。
你说的气相条件下，是不是指不加溶剂，把溶剂去掉？
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-8 12:52:59

气象条件就是去掉cosmo
你先在气相下和溶剂下分别优化结构，看看结构差多少。如果结构差异不太明显，你获得红外光谱、计算热力学校正量全都在气相下就行了。算电子能量差的时候再在溶剂下做，然后将结果和气相下的热力学校正量相加就得到了溶剂下的自由能差。

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