势能面扫描图如何做的敞亮

Graphite

lijiayisjtu 发表于 2018-3-3 13:53
我的任务类型也是scan #p opt=modredundant 6-31+g(d) um062x,scan的是键长B 3 7 S 20 -0.100000，但早lo ...

你做的是放松的势能面扫描（“软扫”），前面楼层提到的都是（固定其他几何参数的）势能面扫描（“硬扫”）。硬扫是势能面扫描n个点，软扫本质上是用脚本生成了n个opt任务。
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根据你的关键字，会得到键长vs能量的关系。gview似乎可以直接查看（很久没用了，抱歉）。
如果手动操作，那么只要两列数据，第一列是键长从初始值开始每次改变-0.1，第二列是每次的能量，然后用任何绘图软件处理即可。
另，cclib（https://cclib.github.io/index.html）可以自动化解析输出文件，无需额外操作。

ginlpein

Graphite 发表于 2018-3-5 05:15
你做的是放松的势能面扫描（“软扫”），前面楼层提到的都是（固定其他几何参数的）势能面扫描（“硬扫” ...

按照推荐，我在仔细研究用户手册并实际尝试后，想就此纠正一下，截至1.7.1版本（2022年），cclib依旧不支持对柔性扫描结果的解析输出。
另外需要注意的是，强行采用cclib处理柔性扫描结果，并不会报错，但是会输出错误的数值。比如对49个点的柔性扫描解析，scanenergies命令同样会输出49个数值，但是这49个数值与真实各点能量毫无关系，反而会产生误导效果！