关于分子动力学模拟自体积和孔洞绘制的疑问

downpuor

阅读了帖子中使用Multiwfn的自体积绘制有些疑问，文中是按照分子未占据空间/整个盒子计算得到的自由体积，这个和我根据gromacs计算得到的Free Volum相似(图1和图2)。 根据此绘图得到的效果，会发现自由区域除了在分子内部也分布在盒子角落，得到的应该是Free volume(41%)的效果。但我想绘制的是利用FFV=(Vm-1.3Vdw/)Vm,也就是分子摩尔表面体积考虑的自由体积分数，想显示类似于图3和图4中文献这样空隙孔洞出现在分子内部而不出现在盒子角落的的效果，要怎么修改才能实现呢？还是说这是使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元

pal

周期性的盒子，在整个盒子里都有分布，就算是盒子角落同样也是分子内部

sobereva

想显示类似于图3和图4中文献这样空隙孔洞出现在分子内部而不出现在盒子角落的的效果

本来图3、图4里空隙在盒子边缘、角落也有出现

downpuor

pal 发表于 2026-4-16 14:20
周期性的盒子，在整个盒子里都有分布，就算是盒子角落同样也是分子内部

老师我还想问下，那这个41%的Free volume和23.7%的FFV表现的物理意义有什么不同吗，前者得到的总的Free volume是5.663nm^3 后者得到的是0.237*2.73*5=3.24

downpuor

sobereva 发表于 2026-4-16 14:49
本来图3、图4里空隙在盒子边缘、角落也有出现

老师，补充了一下我的绘制效果（图5），几乎是集中在盒子的四角，我想改善这种效果，尽可能展现的是盒子内部的自由孔隙分布，是否要从盒子的大小以及分子的数量进行调整？以及计算得到的自由体积分数FFV所表达的意义和通过Multiwfn绘制得到的Free volume图例，能解释为是对应的效果吗？