模拟过程显示酸和碱的表达疑问

downpuor

各位老师好，我得MD目的主要是研究有误添加图一这个分子(AHPF：9,9-bis(3-amino-4-hydroxyphenyl) fluorene)水溶液中其他分子的扩散影响。实验过程中水溶液呈强碱性，因此AHPF分子的羟基会去质子化变成酚氧负离子，掉下来的H被OH-中和生成水分子。模拟过程我该怎么考虑溶液的碱性呢？1.对于不添加AHPF的碱性水溶液，我需要通过添加NaOH表达溶液的碱性吗，然后对于添加AHPF的溶液则改变OH-的数目，增加H2O的数目来实现去质子化后的电荷平衡？2.还是说对于不添加AHPF的碱性水溶液，我不需要通过添加NaOH表达溶液的碱性，然后对于添加AHPF的溶液则直接添加Na+作为抗衡离子来实现去质子化后的电荷平衡？3.如果不添加抗衡离子使体系带电同时通过设大cutoff的值来研究酚氧负离子O-对其他分子的扩散影响合理吗？

sobereva

1 需要。是
3 cutoff指代不明。如今算溶液体系的静电作用普遍都用PME，无穷远距离的静电作用都考虑，此时cutoff只影响计算效率而不影响结果