AF3预测的多肽的活性变化不大甚至下降

夜航星

论坛的各位大佬好，我的研究是探索抗菌肽NZ2114的新靶点，我目前找到了其新靶点MraY，但是使用AF3针对这个靶点和已知靶点的定向突变得到的多肽的活性差别不大甚至有的相比于已经成熟的NZ2114有所下降该如何是好？这是否意味着我的那个新靶点并不靠谱？这条技术路线也走不通？

夜航星

现在就是关于新的抗菌肽的研究已经几乎停滞了，导师说产量和活性都没有很大的提升，已经基本宣告失败了，但是我导师设计的肽因为iptm下降比较多，在大量表达的情况下活性依然不好，同时我对这个肽的结构修改较大的那个去掉二硫键变异肽的MIC也变化不大，和iptm值相吻合，而不是像她们说的那样失去活性。就很纠结后面该怎么办，有没有对AF3的干湿实验比较了解的大佬解答一下我这种情况是否算是正常，实验是否依然有希望继续下去或者有哪些新的路线可以走？

student0618

iptm、pdockq等 和活性沒直接关係，它的是用来评估一个ppi的结构是否接近“正确”，而非强弱。“二者很可能有这种作用” 这事并不代表“这种作用一定直接影响活性。”

也要明白现有模型的限制：对于和PDB或其他training data较大差别的结构、或是有新颖非标准残基的分子，是否能正确描述？

要找出问题前要先理解目标有活性的机制，不同体系不同的。理清机制后，才可以合理开始计划如何使用一个结合的模型、如何作后续模拟分析、模拟的话目的是考察什么等。
搜搜相关设计蛋白的文献，看看现在是用什么方法。有不少的protocol用AF3等预测结构只是流程的其中一步。

后续这种个人认为应当看看现有时间资源、导师意向；如果是学生要满足毕业要求的是否有余裕。有余裕有资源的，是否有兴趣继续，还是有限的时间开始plan B更稳妥？还是综合各方考虑后这项目是值得再花多年时间去寻找的答案？