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[建模与可视化] 分享一个自己写的分子轨道可视化工具 OrbitalViewer

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本帖最后由 Tinker 于 2026-5-31 21:16 编辑


缘起

使用 Multiwfn 已有十多年,这些年从 Sobereva 老师的文章、手册和帖子中收获颇多,一直想做点什么能帮到有类似需求的同行。这个工具最初是课题组里的一些小脚本,用于批量处理 fchk 文件生成轨道 cube 并渲染出图。前阵子借着 vibe coding 的热潮,利用AI编程工具顺手把这些脚本整合成了一个图形界面,取名 OrbitalViewer。

关于 GUI 的一点看法

关于 GUI 和命令行的取舍,Sobereva 老师在那篇"为什么我拒绝将 Multiwfn做成全图形界面"里已经讲得很透了,我完全赞同——Multiwfn 的文本界面设计精巧、灵活性强,这也是它十余年长盛不衰的原因。但个人认为,GUI 并非一无是处,尤其在 workflow 串联和批量处理场景下,一个顺手的小工具能省不少重复劳动。这个程序的定位并非替代命令行,而是做一个补充,让常用的分析流程更顺手一些。

功能介绍

- fchk → cube :自动调用 Multiwfn 生成 cube 文件
- VMD 实时预览 :多轨道同时显示,每轨道独立配色
- Tachyon 光线追踪渲染 :导出高清 BMP/PNG 图片
- 等值面 & 透明度滑块实时调节 :拖动滑块,VMD 中同步更新
- 内置多种渲染风格 :整合了钟成老师的 vcube2.0 中的渲染样式,一键切换
- 一键隐藏氢原子 :突出重原子骨架
- 虚键绘制 :标注氢键、π-π堆积等分子间相互作用
- 批量处理 :拖入文件夹,自动批处理整个目录
- 中英文界面
渲染样式说明

程序内置的渲染风格来自钟成老师编写的 vcube2.0,在此致谢。Multiwfn + VMD + Tachyon 这套组合本身就非常强大,这些渲染样式不过是把这套流程变得更便捷了一点。

视频演示请点击视频

代码仓库 : https://cnb.cool/chem311/OrbitalViewer

预编译 exe 版本(无需 Python),配置好 Multiwfn、VMD 路径后即可使用。欢迎测试,有问题可以跟帖讨论。

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zsu007 + 5 谢谢分享
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发表于 Post on 2026-5-31 19:53:21 | 只看该作者 Only view this author
为什么不放在 github 而是这个相对小众的托管平台?
把你产生的 exe 文件搁到 release 里,别搁在仓库里。仓库是存放代码的地方

readme 里 vcube 2.0 的链接是 AI 幻觉,请发布前仔细检查。包括你这篇帖子都全是 AI 写的,需要 double check
画虚线的代码并没有声明 credit,作者原帖 http://bbs.keinsci.com/thread-1681-1-1.html

核心引擎就是你自己写的这个“软件”。如果是 Multiwfn,那你把 VMD 放哪儿?Multiwfn 对于你这个软件只是个被调用的工具

总之,槽点太多,希望你多年之后回头看这套“代码”能明白其中的含金量
十八介姑娘一蕾花呀,白白介牙齿、红红介嘴唇,得人惜

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-5-31 20:40:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Tinker 于 2026-5-31 21:23 编辑
王二葛 发表于 2026-5-31 19:53
为什么不放在 github 而是这个相对小众的托管平台?
把你产生的 exe 文件搁到 release 里,别搁在仓库里。 ...
感谢您提出的意见,选这个平台共享代码是因为我们了解到很多同学无法登录github,我想腾讯应该是个稳定的平台。我们都是初学者,写的东西也许不像真正的软件,一开始的动机只是觉得好玩,发到网上后发现别人也需要,感觉能帮到别人,就开始学习如何共享代码,一切从头开始,很多东西不熟悉不规范,请见谅

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发表于 Post on 2026-5-31 21:09:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liuyuje714 于 2026-5-31 21:13 编辑
王二葛 发表于 2026-5-31 19:53
为什么不放在 github 而是这个相对小众的托管平台?
把你产生的 exe 文件搁到 release 里,别搁在仓库里。 ...

没毛病,现在我发现很多的GUI可视化软件都是AI写的,但是其实实际使用还是存在很多问题的,我个人也用AI,包括用别人的AI写的工具,确实还有比较多的原则上的问题不对劲。作为一名科研人员,应当主动声明依赖AI的成分。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-5-31 21:20:22 | 只看该作者 Only view this author
liuyuje714 发表于 2026-5-31 21:09
没毛病,现在我发现很多的GUI可视化软件都是AI写的,但是其实实际使用还是存在很多问题的,我个人也用AI ...

感谢您提出的意见,我们都是初学者,写的东西也许不像真正的软件,一开始的动机只是觉得好玩,发到网上后发现别人也需要,感觉能帮到别人,就开始学习如何共享代码,一切从头开始,很多东西不熟悉不规范,请见谅。

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发表于 Post on 2026-6-2 09:29:02 | 只看该作者 Only view this author
建议,打开软件后可以直接调用 cub 文件看图。而不是生成后才能看。

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发表于 Post on 2026-6-2 10:00:43 | 只看该作者 Only view this author
很不错,但是我这边修改HOMO,LUMO后,生成cub,但是都是一样的轨道,作者大大,我该怎么解决

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8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-2 16:47:24 | 只看该作者 Only view this author
Minnong-121 发表于 2026-6-2 09:29
建议,打开软件后可以直接调用 cub 文件看图。而不是生成后才能看。

https://cnb.cool/chem311/CubViewer,您好,我们代码仓库有一个直接可视化cub文件的小程序,您可以试用一下

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9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-2 16:48:23 | 只看该作者 Only view this author
wzy 发表于 2026-6-2 10:00
很不错,但是我这边修改HOMO,LUMO后,生成cub,但是都是一样的轨道,作者大大,我该怎么解决

如果生成两个轨道,它应该会弹出窗口让你选择cub文件是哪个

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发表于 Post on 2026-6-3 09:27:52 | 只看该作者 Only view this author
Tinker 发表于 2026-6-2 16:47
https://cnb.cool/chem311/CubViewer,您好,我们代码仓库有一个直接可视化cub文件的小程序,您可以试用 ...

用着还行。

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发表于 Post on 2026-6-3 09:45:26 | 只看该作者 Only view this author
不得不说,这是非常好的一个可视化工具,值得拥有。建议:1.设置Tachyon的设置路径;2.可以将CubViewer融入该程序,生成cub如果没有来得及渲染就关闭软件,就不能从cub来接着渲染出图了,因此,在预览运行中添加一个cub加载会更好。

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