请问用alphafold预测的肽结构，改成线性结构后做几何优化无法收敛如何解决？

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老师我预测得结构具有二级结构，修饰非标准氨基酸残基，做几何优化后直接跑MD容易崩溃，所以我应gaussview修饰了主链的N-CA-C-N二面角为180度，再用avogadro的MMFF94s预优化，再用orca做的opt，但是一直无法收敛，请问老师应该如何解决？
这是预测的结构


这是调整线性后的结构

student0618

目的是什么？补参数？

要做非标准残基参数，只把残基拿出来封端算就行，不用算整条链。

参考Gromacs非标准氨基酸残基的蛋白MD建模：sobtop产生rtp文件
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 57309&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)


还要注意，短肽用AF未必准确。

sobereva

“无法收敛” 指代不明。如果单纯是几何优化不收敛，常规该怎么解决怎么解决，本论坛上有无数讨论，论坛首页google框搜索，下文也说了基本解决思想
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

动力学崩溃的最大可能就是拓扑文件有bug，这是真正的重中之重，然而你怎么准备的拓扑文件却一丁点都没说（无数人在网上提问时都犯这个致命问题）。怎么排查和解决在http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里明确说了。这事和量子化学做几何优化没有丝毫直接联系，当前做这么大体系的量子化学优化纯粹白浪费时间。
虽然初始结构里有不合理接触也很容易导致刚一开始崩溃，但如果已经用MMFF94优化过了，这种因素导致问题的可能性微乎其微。

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sobereva 发表于 2026-6-3 04:06
“无法收敛” 指代不明。如果单纯是几何优化不收敛，常规该怎么解决怎么解决，本论坛上有无数讨论，论坛首 ...

1.想请教老师，我用alphafold sever预测的肽结构，直接用gausview修饰了非标准，并未将肽调整成线性结构（可以这样直接做吗？是否需要将肽调整成线性结构再去做几何优化？），直接做的几何优化以及非标准氨基酸的立场文件。但是跑NVT和NPT的时候开始出现了LINCS WARNING
2.肽段中MET-ORN，我做的ORN力场文件，可能是impropers有问题，所以MET上的的C原子总是报错。我换了之前用ambertools做的ORN.rtp去试了一下，做NVT和NPT都没事。下面是我做的两个rtp文件，能不能请老师帮我看下问题：我看他俩的impropers不太一样，所以我将但是我用相同的方法做的另外几个非标准氨基酸残基没问题，只有这个ORN有问题。
3.后面我删除了rtp1中impropers的 N-O-C-CA也能跑NVT和NPT，但是tau_p                   = 1.0就会崩溃，我第一次npt用的tau_p = 5，第二次npt用的是tau_p = 2，请问老师可以直接去跑MD吗？
rtp1(用orca做了几何优化和单点计算，用multiwfn拟合电荷，sobtop做的rtp文件）

rtp2（ 画完残基直接用ambertools做的）

nvt.mdp

非标准氨基酸残基结构
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student0618 发表于 2026-6-3 04:03
目的是什么？补参数？

要做非标准残基参数，只把残基拿出来封端算就行，不用算整条链。

老师，我的目的是修饰完非标准氨基酸残基后去做MD模拟，预测出来的肽有二级结构，我不知道是否需要先调整成线性结构再去跑MD模拟？

K1ro

没看懂啥叫调整成线性结构再去跑MD…非标残基的流程就是0618老师发的那个，或者李继存老师这份（https://jerkwin.github.io/2017/0 ... %E5%AE%9E%E4%BE%8B/）
你当单独把非标残基两侧封端后，对这个非标残基结合ORCA+Multiwfn计算约束下的RESP电荷。对整条肽链用pdb2gmx生成拓扑文件，应自行编写非标残基的.rtp文件和补氢文件；注意做好肽键的平面约束，在写rtp文件的时候注意。出现LINCS提醒一定是拓扑文件或mdp或电荷等存在问题，按sob老师发的排查。
我之前也做过ORCA几何优化不能收敛的非标残基，非常大的一坨都能做出来，不能收敛一定是有问题存在，根据sob老师三楼发的那个收敛手册来排查解决完全没问题，当时我就是根据网页中第六点人为调整对称性解决的。
基于alphafold生成的结构文件可以用，修饰后也可以作为gro文件使用。