求助：使用pdb2gmx处理包含NH2环肽的拓扑构建疑问

Leafia · 发表于 Post on 2026-6-11 18:48:38

各位老师好，

我目前正在尝试对一系列环肽进行MD模拟，在使用pdg2gmx处理拓扑构建时，我遇到了点问题，查阅了社区资料后依然感到困惑，特来向大家请教：

问题 1：虽然是首尾相连环肽，但首/尾端带有NH2修饰，在 pdb2gmx 中该如何正确处理？

这里举的例子是1PEN（PDB已附上）。它在三维空间上首尾相连，它的C端CYS连接了一个NH2残基。我参考了Sob老师博客的教程（http://sobereva.com/22 ），但还是会报dangling bond的致命错误。请问对于这种环肽的解决思路应该是什么？

问题 2：当环肽的成环位置非首尾残基相连时，同时首/尾端带有NH2修饰，配合-ignh应如何处理？

这个问题的例子是 1B6J（PDB已附上），和问题1不同的是，这种环肽的成环位置在中间的某个特定区域（例如图中的 selection 区域相连）。因为体系包含 ncaa，我必须使用-ignh，pdg2gmx时同样的也遇到了dangling bond的错误，请问这种类型的环肽怎么区别呢？

谢谢各位师的时间和指点ww!

1B6J_chainC_full.pdb (4.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

1pen(2).pdb (8.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

sobereva · 发表于 Post on 2026-6-15 19:42:05

要么定义非标准残基，要么写specbond.dat自动产生特殊键

Leafia · 发表于 Post on 2026-6-16 11:14:19

sobereva 发表于 2026-6-15 19:42
要么定义非标准残基，要么写specbond.dat自动产生特殊键

谢谢老师~明白了

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