Gromacs中GPU加速与CPU分配，同时跑两个模拟的时候速度直线下降

Pipi_

在一台搭载双RTX 5090（驱动580.159.03，CUDA 12.8，PCIe拓扑为PHB/共享Host Bridge）和16核/32线程CPU的工作站上，分别在两张GPU上独立运行两个GROMACS 2026.2 mdrun任务（各自-ntmpi 1，CPU线程数分配互不重叠），单独运行时每个任务GPU利用率约55%、速度正常（约400-580 ns/day）。
但当第二个mdrun启动时，第一个任务的GPU利用率会瞬间从约55%骤降至0-6%，且两张GPU的利用率呈现交替抖动（GPU0出现非零时GPU1为0，反之亦然），计算速度从约77 M-cycles/step暴跌至11000+ M-cycles/step（约150倍退化）。停止第二个任务后，第一个任务的GPU利用率立即恢复正常。
两个任务命令如下：
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0
gmx mdrun -deffnm step7_production_run1 -v -ntmpi 1 -ntomp 14 -pin on -pinoffset 0

export CUDA_VISIBLE_DEVICES=1
gmx mdrun -deffnm step7_production_run1 -v -ntmpi 1 -ntomp 14 -pin on -pinoffset 18

CPU的占用似乎也没有按照设置的1-14,18-31这样来。此外，CPU的占用率正常应该是1400%，但提交了第二个任务后，CPU占用也一定程度下降，两个任务似乎在争抢CPU资源。

sobereva

第一个和第二个任务分别绑定在前8个和后8个物理核心上。并且mdrun直接用 -gpu_id 指定用哪个GPU再试

Pipi_

sobereva 发表于 2026-6-15 18:24
第一个和第二个任务分别绑定在前8个和后8个物理核心上。并且mdrun直接用 -gpu_id 指定用哪个GPU再试

sob老师，我之前尝试过将第一个和第二个任务分别绑定在前8个和后8个物理核心上，还是失败了
不过目前问题已经解决了！！！！！代码如下：

export CUDA_VISIBLE_DEVICES=1

gmx mdrun -deffnm step7_production_run1 -v -ntmpi 1 -ntomp 14 -pin off &
LPA_PID=$!
sleep 3
for tid in $(ls /proc/$LPA_PID/task); do
    taskset -cp 16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29 $tid 2>/dev/null
done
wait $LPA_PID
这里把线程绑定关了，使用taskset来指定线程，第一张卡指定taskset -cp 0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13 $tid 2>/dev/null，现在能正常使用两张卡啦！