一个适用于VMD的键长键角的统计与筛选的Tcl脚本

AoyuJiao

功能：从分子动力学轨迹中，根据几何判据筛选出形成特定氢键的帧，并输出独立的筛选后轨迹、首帧结构、以及每帧的键长键角数据。
适用：分析轨迹中某个关键氢键的形成情况，提取所有满足构象条件的帧做后续分析。但从原理上看，这个脚本不仅适用于氢键，所有可通过键长和键角进行判断的相互作用关系均可使用。
使用的氢键判据：键长 < 2.0 Å，键角> 130°同时满足。

使用方法
1. 在 VMD 中加载轨迹
2. 确认三个原子的 index
        打开 VMD 主窗口的Mouse菜单 →Mouse→Pick →Atom（或直接按键盘2）
        依次点击你关心的三个原子：供体→氢→受体
        每点一个原子，VMD终端会显示原子的Index信息，请记下来
3.运行脚本：在VMD的命令行中执行source /XXXXXX/hbond_filter.tcl（或者更简单的方法是在输入source和空格后，把tcl文件拖到终端中，会自动写路径
4. 在 GUI 窗口中填写并计算。“查验”功能可以获取该index的原子信息，如果你坚信自己不会记错，可以跳过查验步骤
5.获取结果：计算完成后，会在当前工作目录下生成hbond_frames文件夹，终端输出会显示筛选结果摘要

输出的文件

文件	说明
hbond_info.dat	数据表。包括帧号、氢键距离、键角
first_frame.pdb	首帧全原子 PDB 结构
filtered_trajectory.dcd	满足条件的帧构成的轨迹，帧号从 0 开始重新编号

注意：
三个原子的顺序必须为：供体重原子 → 氢 → 受体，因为脚本计算的是 donor-H···acceptor 角。
DCD 写入依赖 VMD 的animate write dcd命令。若写入失败，脚本会保留hbond_info.dat和first_frame.pdb，并输出手动生成轨迹的备用命令。
若某一帧因坐标异常导致计算失败，脚本会自动跳过该帧并继续，最多打印前 5 次警告。

参数调整
如需修改判据阈值，编辑第98行：

1. if {$d < 2.0 && $ang > 130.0} {

复制代码

xiaowu759

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