小白分享一个在超算上提交sobEDA任务的脚本

NGC626

用gpt基于社长的教程改了一下sobEDA的提交脚本，可以根据自己超算里的软件安装路径改一改，log文件是用685博文里的sobEDA_tutorial\C18_O2例子测试的结果，使用方法是在目录下sbatch sobEDA.sh

wal

当前的做法比较粗糙，只适合个人自用，而不适合用于传播。大概有这些问题
1. sbatch队列名、sbatch头风格等全写死了，换集群之后这些东西基本全部推倒重来
2. 在原sobEDA脚本里塞了大篇幅私有环境变量设置，却没有明确表示哪些是做什么的，下一位用户该怎么修改
3. 把高斯用的资源也写死在脚本里，而且与slurm头不共用一个变量，想改配置得改多个地方，而且还偷偷awk改template.gjf写的配置

推荐使用btrun来管理这类任务。对于不同的HPC集群，btrun提供了btrun init来探知资源情况，对于集群上有成熟的slurm系统的情况，用户通常只需要运行btrun init然后一路按回车即可做好资源配置。关于环境变量，用户无需在sobEDA.sh内增加各种私有环境变量，只要在~/.bane/task/envs中加入sobeda.conf，并配置以下内容：

1. [main]
   
2. DESCRIPTION=sobEDA/sobEDAw
   
3. # 默认资源可以自行自定义
   
4. CONF_CORES=32
   
5. # 单位：MB
   
6. CONF_MEMORY=96000
   
7. CONF_SPAN_NODES=false
   
8. RAW_MODE=true
   
9. 
   
10. [ENV_SETUP]
    
11. # 这里写好g16和Multiwfn的环境变量
    
12. # 平时怎么交g16/Multiwfn任务这里就怎么写
    
13. 
    
14. [RUN_CMD_TEMPLATE]
    
15. # ${BANETASK_SCRIPTS_PATH} 会被btrun译为~/.bane/task/scripts
    
16. # 如果提前将sobEDA.sh复制到这里，并且确认其中的参数是你需要的，可以不必手动将sobEDA.sh复制到工作目录
    
17. if [[ ! -f sobEDA.sh ]]; then
    
18.     cp "${BANETASK_SCRIPTS_PATH}/sobEDA.sh" ./sobEDA.sh
    
19. fi
    
20. bash ./sobEDA.sh

复制代码

随后，用户即可在任意准备好sobEDA所需所有输入的目录内运行短命令btrun task -t sobeda以立即完成sobEDA任务的提交:

1. [gaus@login02 sobeda]$ btrun task -t sobeda
   
2. [ok] slurm/default job=97557 script=/home/gaus/slurm_exports/sobeda/_raw.slurm :: Submitted batch job 97557; target=native-slurm queue=whhcnormal reason=mode=local_first; native scheduler queue matched; queue=whhcnormal
   
3. [gaus@login02 sobeda]$

复制代码

若用户想要临时指定内存分配/指定核数/指定提交队列时，还可以使用-m -n -q等命令行参数进行手动覆盖，例如btrun task -q 9654 -t sobeda -n 24 -m 96000。