小分子处理出错

lsbaa1937

各位老师，我在处理小分子时遇到以下错误，请问该怎么解决。
Warning: the assigned bond types may be wrong, please :
(1) double check the structure (the connectivity) and/or
(2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or
(3) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.c
    Be cautious, use a large value of PSCUTOFF (>100) will significantly increase the computation time
Total number of electrons: 200; net charge: 0
Running: /home/gentai/amber14/bin/sqm -O -i sqm.in -o sqm.out
Error: cannot run "/home/gentai/amber14/bin/sqm -O -i sqm.in -o sqm.out" of bcc() in charge.c properly, exit

HETATM    1  N   LIG A   1     172.963 161.512 184.233  1.00  0.00           N
HETATM    2  N   LIG A   1     173.709 158.964 183.706  1.00  0.00           N
HETATM    3  C   LIG A   1     170.045 155.133 181.404  1.00  0.00           C
HETATM    4  C   LIG A   1     170.090 156.342 182.120  1.00  0.00           C
HETATM    5  C   LIG A   1     171.325 156.961 182.456  1.00  0.00           C
HETATM    6  C   LIG A   1     171.291 158.218 183.278  1.00  0.00           C
HETATM    7  C   LIG A   1     172.395 159.354 183.184  1.00  0.00           C
HETATM    8  C   LIG A   1     174.458 161.874 182.306  1.00  0.00           C
HETATM    9  C   LIG A   1     175.778 162.483 182.334  1.00  0.00           C
HETATM   10  C   LIG A   1     176.547 163.021 181.285  1.00  0.00           C
HETATM   11  C   LIG A   1     177.819 163.551 181.577  1.00  0.00           C
HETATM   12  C   LIG A   1     178.303 163.548 182.902  1.00  0.00           C
HETATM   13  C   LIG A   1     177.504 163.046 183.950  1.00  0.00           C
HETATM   14  C   LIG A   1     176.228 162.534 183.651  1.00  0.00           C
HETATM   15  C   LIG A   1     174.339 161.315 183.769  1.00  0.00           C
HETATM   16  C   LIG A   1     172.662 162.670 185.051  1.00  0.00           C
HETATM   17  C   LIG A   1     172.022 160.588 183.929  1.00  0.00           C
HETATM   18  C   LIG A   1     174.669 159.877 183.913  1.00  0.00           C
HETATM   19  C   LIG A   1     172.515 156.326 182.025  1.00  0.00           C
HETATM   20  C   LIG A   1     172.475 155.095 181.341  1.00  0.00           C
HETATM   21  C   LIG A   1     171.241 154.497 181.031  1.00  0.00           C
HETATM   22  O   LIG A   1     177.979 163.041 185.217  1.00  0.00           O
HETATM   23  O   LIG A   1     175.314 162.072 184.543  1.00  0.00           O
HETATM   24  O   LIG A   1     170.887 160.711 184.372  1.00  0.00           O
HETATM   25  O   LIG A   1     175.759 159.531 184.351  1.00  0.00           O
HETATM   26  O   LIG A   1     173.919 157.756 184.187  1.00  0.00           O
HETATM   27  S   LIG A   1     172.426 159.814 181.415  1.00  0.00           S
HETATM   28  S   LIG A   1     174.285 160.630 181.008  1.00  0.00           S
END


管理员2019-May-15补充：要求不让antechamber产生原子电荷可避免此问题。目前算RESP电荷的最理想做法是用Multiwfn程序，非常方便，不会遇到antechamber这么多破麻烦，见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

tomwong4253

我试了一下ABT17版也有这个错误，估计是你的小分子构型antechamber不认识，认为键接方式不对所以报错。

用g09搭配resp电荷应该没问题，如果你有gaussian的话，附上操作过程
（把氢记得先补上，你的原文件里边应该少两个氢，我用pymol的add polar hydrogen补好了）
antechamber -i lig.pdb -fi pdb -o lig.com -fo gcrt
g09 lig.com > lig.log
antechamber -i lig.log -fi gout -o lig.prepi -fo prepi -c resp -s 2
parmchk2 -i lig.prepi -f prepi -o lig.frcmod
之后在leap里边
loadamberparms lig.frcmod
loadamberprep lig.prepi
应该就OK了

附上一些文件，你可以参考下

lsbaa1937

tomwong4253 发表于 2017-6-7 11:17
我试了一下ABT17版也有这个错误，估计是你的小分子构型antechamber不认识，认为键接方式不对所以报错。

...

好的 非常感谢