gromacs教程3伞状取样--pull_start出错

十年磨练

在进行第五步运行牵引模拟时gmx grompp -f md_pull.mdp -c npt.gro -p topol.top -n index.ndx -t npt.cpt -o pull.tpr
出现file:///C:\Users\Administrator\AppData\Roaming\Tencent\Users\935412282\QQ\WinTemp\RichOle\44RV9`)}`MED(M38VM]6~JS.png    “WARNING 1 [file md_pull.mdp, line 69]:
             Unknown left-hand 'pull_start' in parameter file”
导致pull.tpr文件无法生成，不能进行下一步。

对该问题的初步解决尝试：
1.首先检查了拼写是否错误，反复对比没有错误。
2.将pull_start选项删除，在进行运行反而没有错误，可以直接运行。
3.有人说是版本问题，我使用的是gromacs 5.1.2版本，而教程说可以在5.1.x版本以上都可以运行，不知道问题是不是因为这个。

我现在对这些参数了解的还不是很透彻，希望各位老师能够指导一下，非常感谢

sobereva

照手册写，http://manual.gromacs.org/docume ... de/mdp-options.html，当前版本已经没有这个选项了

十年磨练

sobereva 发表于 2017-6-21 13:26
照手册写，http://manual.gromacs.org/documentation/2016.1/user-guide/mdp-options.html，当前版本已经没 ...

嗯嗯，谢谢sob老师，已经看到了。但是还是有一点不知道在哪个选项中进行设置牵引距离？

mhq

我想请问一下这一步的conf*.gro文件名是如何向下排序命名的   
First grompp (input conf*.gro file names may differ based on your individual SMD simulation outcome):

gmx grompp -f npt_umbrella.mdp -c conf6.gro -p topol.top -r conf6.gro -n index.ndx -o npt0.tpr
...
gmx grompp -f npt_umbrella.mdp -c conf449.gro -p topol.top -r conf449.gro -n index.ndx -o npt22.tpr

mhq

我想请问一下这一步的conf*.gro文件名是如何向下排序命名的   
First grompp (input conf*.gro file names may differ based on your individual SMD simulation outcome):

gmx grompp -f npt_umbrella.mdp -c conf6.gro -p topol.top -r conf6.gro -n index.ndx -o npt0.tpr
...
gmx grompp -f npt_umbrella.mdp -c conf449.gro -p topol.top -r conf449.gro -n index.ndx -o npt22.tpr

LY123

您好，请问您所说的教程是指什么教程，可以搜索到吗？