MD RMSD分析是否合理

HarrisLin

因為實驗室今年才剛開始用GROMACS
實驗室也沒有經驗豐富的博班前輩可以請教
老闆又是那種要靠學生update最新資訊的教授
所以只好又上來請教了希望前輩幫我看看這樣的結果算是正常嗎?

目前我們實驗室的認知停留在
complex(protein+ligand) backbone(看整體穩定)
protrin-ligand(ligand和complex) backbone(看兩者距離變化)
兩者的RMSD應該要先大起大落然後慢慢趨於穩定以及距離變化應該小於生成鍵結長度
ligand backbone RMSD應該小於上述兩者且更加穩定

不過我目前實驗做出來結果如下圖
總覺得我的結果似乎穩定到有點誇張(?

上半是一篇刊登在©The Royal Society of Chemistry 2016期刊上的RMSD分析
下面是我做出來的RMSD分析
一樣都是做藥物虛擬篩選使用同樣的CCR5蛋白結構(PDB:4MBS)
該篇文章使用AMBER 14.0
我是使用GROMACS 2016.3. (GPU加速)

RMSD分析方法是根據上次上來請問Sob老師
根據md.gro先以gmx ndx建立ligand backbone(24)
然後將預設的protein backbone(4)和ligand backbone(24)綁在一起成為complex bacbone(25)
RMSD分析時
protein-ligand:先25後24
complex:25重複兩次
ligand:24重複兩次

另外問個額外的問題
先前版上有在討論MD是否該多做幾次證明可靠
想請問如果要做複數次是只要重新跑md的部分
還是要從更前面的最小化/NVT/NPT平衡都要重跑呢

謝謝各位

sobereva

当前不是挺好的么
你也可以统计一下所有原子，而不仅仅是backbone原子，由于侧链容易波动，所以RMSD比只统计backbone往往会更大

kunkun

动力学有混沌效应，就算直接MD也都会不一样，当然重新来一套也花不了多少时间..（膜平衡另论）