set b [atomselect top "index 217" frame $fr]

xiaochenxi123

set b [atomselect top "index 217" frame $fr]中的index 217指的是什么啊

liyuanhe211

217号原子

xiaochenxi123

liyuanhe211 发表于 2017-7-5 20:57
217号原子

那可以任意写吗

xiaochenxi123

set b [atomselect top "index 217" frame $fr]中的index 217指的是什么
如cal.tcl文件如下
set frms [molinfo top get numframes];
set fr 0;
set output [open "result.dat" w];
while {$fr <= $frms} {
#set a [atomselect top "index 0 to 23" frame $fr];
set b [atomselect top "index 217" frame $fr];
#set acom [measure center $a weight mass];
set bcom [measure center $b weight mass];
#set dist [vecdist $acom $bcom];
puts $output "$fr $bcom";
incr fr
}
close $output;
set b [atomselect top "index 217" frame $fr]中的index 217指的是什么？
就是不清楚index 217怎么来的，pdb文件那么多原子为什要选217号原子

ggdh

可能是观察某个关键原子（比如金属中心，或者活性中心的S,N,O)的移动情况。

sobereva

index 217就是217号原子，注意序号是从0开始算的
你先弄明白这个脚本是干嘛的，读懂这个脚本，自然就知道b变量是干嘛的。当前脚本只是随便给个例子才把b设成index 217，显然要根据实际情况改