gromacs如何提取数据做距离随时间变化的函数图？

浅原问问 · 发表于 Post on 2017-7-15 10:35:39

各位老师好，gromacs顺利结束离子液体动力学之后。我想做指定的一对离子液体之间的距离随时间变化的函数图，例如第1号阳离子与第1号阴离子之间的距离随时间变化的图，请问该怎么做呢？谢谢老师！

ruanyang · 发表于 Post on 2017-7-15 12:03:34

http://manual.gromacs.org/current/programs/gmx-distance.html

定义好group之后，使用gmx-distance计算即可

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-15 12:26:36

在VMD用这个脚本定义的comdist命令也可以实现，可得到每一帧sel1 sel2两个选区的质心距离，输出到comdist.txt里
proc comdist {sel1 sel2} {
set result [open comdist.txt w]
set endfps [molinfo top get numframes]
set range1 [atomselect top $sel1]
set range2 [atomselect top $sel2]
for {set i 0} {$i<$endfps} {incr i 1} {
$range1 frame $i; $range1 update
$range2 frame $i; $range2 update
set com1 [measure center $range1 weight mass]
set com2 [measure center $range2 weight mass]
set disx [expr [lindex $com1 0]-[lindex $com2 0]]
set disy [expr [lindex $com1 1]-[lindex $com2 1]]
set disz [expr [lindex $com1 2]-[lindex $com2 2]]
set dist [expr sqrt($disx**2+$disy**2+$disz**2)]
puts $result "$i $dist"
}
close $result
}

ruanyang · 发表于 Post on 2017-7-15 12:44:28

sobereva 发表于 2017-7-15 12:26
在VMD用这个脚本定义的comdist命令也可以实现，可得到每一帧sel1 sel2两个选区的质心距离，输出到comdist.t ...

Sob老师这个厉害了，但是对于轨迹比较大的体系应该怎样处理，才能保证VMD能处理呢？（像我的体系一个case，到到时20G的数据），谢谢！

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-7-15 14:20:11

ruanyang 发表于 2017-7-15 12:44
Sob老师这个厉害了，但是对于轨迹比较大的体系应该怎样处理，才能保证VMD能处理呢？（像我的体系一个case ...

用bigdcd.tcl，vmd会一帧一帧的处理轨迹

浅原问问 · 发表于 Post on 2017-7-17 21:04:01

ruanyang 发表于 2017-7-15 12:03
http://manual.gromacs.org/current/programs/gmx-distance.html

定义好group之后，使用gmx-distance计 ...

非常感谢您！我按照这个做的时候发现，当阴离子是BF4的时候，总是有错误提示。但阴离子为OTf（三氟甲磺酸酯）时，就可以正确得到distave.xvg文件。请问这是怎么回事呢？辛苦您帮我看一下吧，非常感谢！

ruanyang · 发表于 Post on 2017-7-17 21:06:41

简单点的做法，将你需要计算的BF4的原子序号手动找到，然后再index文件中定义成一个group。

浅原问问 · 发表于 Post on 2017-7-17 21:25:05

ruanyang 发表于 2017-7-17 21:06
简单点的做法，将你需要计算的BF4的原子序号手动找到，然后再index文件中定义成一个group。

谢谢老师，可我就是这样做的。首先生成了index.ndx文件，里面是我想要的原子序号的group，也就是这张图里面的group 4（第15号BF4），和group 5（第666号阳离子）。我想做group4和group5的距离关系。。。

GuoBa2011 · 发表于 Post on 2021-5-20 19:05:09

sobereva 发表于 2017-7-15 12:26
在VMD用这个脚本定义的comdist命令也可以实现，可得到每一帧sel1 sel2两个选区的质心距离，输出到comdist.t ...

老师好，我用这个脚本提示我atomselect: cannot parse selection text，请问该怎么办呢

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-20 20:26:34

GuoBa2011 发表于 2021-5-20 19:05
老师好，我用这个脚本提示我atomselect: cannot parse selection text，请问该怎么办呢

选择语句没写对

GuoBa2011 · 发表于 Post on 2021-5-21 09:34:09

sobereva 发表于 2021-5-20 20:26
选择语句没写对

老师您好，我用的选择语句是index1，在Representation中显示有对应的数字啊，请问应该用怎样的语句呢？谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-22 16:55:42

GuoBa2011 发表于 2021-5-21 09:34
老师您好，我用的选择语句是index1，在Representation中显示有对应的数字啊，请问应该用怎样的语句呢？谢 ...

1前头加空格啊
仔细看
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

clay123 · 发表于 Post on 2025-9-21 16:49:08

请问一下用lammps计算的话如何计算两个图案侧颗粒的直径距离变化呢

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[GROMACS] gromacs如何提取数据做距离随时间变化的函数图？

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