公社群聊Q&A整理：2017.06.30 23 ~ 2017.07.10 17 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-7-18 10:46:44

本帖由 @元江1994 整理

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2017.06.30 23:52:38
Q:
卢老师，您好。
请问我在基态时使用的是m062x/6-311G(d,p)优化的结果，有机小分子，计算吸收光谱时采用什么基组与泛函比较合适啊？
A:
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
Q:
老师，这个体系特征怎么看啊？
A:
看博文，说了
Q:
这篇文章我看了，但是最后有点不太懂，对于几十个原子的处理，预判计算的态，sTDA，采用高斯能做吗？
A:
几十个用什么sTDA，多此一举
Q:
大概有七八十个原子
A:
算>200个才有必要用到sTDA
Q:
那我算多少个态合适呢？确实第一次接触算激发态，有点懵
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
写了
Q:
您在文中提到这句话，有点难以理解，所以才来请教计算多少个态合适。
然而态数越多TDDFT的耗时也越长，所以也不能一次算得过多。算多少态需要经验，和原子数关系密切。原子数很少时，可能算10个态时最高激发能就已经够高了，但是原子数多时，比如50个原子的有机分子，可能得算近100个态才够充分覆盖吸收光谱感兴趣的区域。
A:
取决于你要算什么、体系特征、波长范围等等，没有足够信息我哪知道
博文已经尽量列举了可能的情况
试着算算电脑又不会爆炸
就算算少了之后还可以再加
在Gaussian中对不同能量区间分批计算激发态
http://sobereva.com/348
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2017.07.01 01:55:26
Q:
[图片]请问老师做AIM分析的时候bond critical point连接了两个原子中间，那分析的时候，是怎么分析呢，71号，是F27...H13还是F27...C5呢，谢谢老师
A:
哪个都不算，没必要过度讨论
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2017.07.01 06:40:53
Q:
过渡态理论的活化能，我看书上写的是势能，是对应的哪个热力学数据？
A:
“势能”根本就是意义不明，什么也没说清楚
热力学形式的TST用自由能垒，配分函数形式的TST用电子能垒或者U(0)能垒，看配分函数是Q_bot还是Q_v=0
我给的计算TST的excel表格里的注释当中已经说明了该用哪种
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2017.07.01 07:17:44
Q:
老师您好我已经找到了气相下的反应路径，现在想考察隐性溶剂的影响。采用SCRF=SMD做了单点能进行比较，但担心添加隐性溶剂会对过渡态结构有影响，是不是需要在SCRF=SMD条件下对反应物过渡态进行重新优化，然后再比较呢？
A:
你要想严格一些就这样做
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2017.07.01 07:54:00
A:
Q-Chem引用好惨啊
[图片]
Q:
不给盗版怎么推广/偷笑
A:
[图片]
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2017.07.01 08:55:40
Q:
[图片]找过渡态提示收敛失败，但是我看log里面一共只跑了11个点。大家知道这是啥原因吗？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2017.07.01 08:56:38
Q:
老师，calcall也用了几何优化也收敛了，但是频率分析时还是有两个No,最后有两个虚频。您的文章我看了，我是直接写的opt freq 所以计算级别都一样也不存在gview保存的问题。我这种情况您有什么建议吗
[图片]
差这么多的样子
A:
上传用了calcall的输出文件
Q:
ok 马上
A:
文中还强调了，注意是否对称性过高导致的虚频
Q:
没有我不确定最后什么样所以对称直接c1
老师穿好了麻烦您啦
A:
就是甲基旋转的虚频，可以忽略。要么按照虚频模式微调结构继续优化
Q:
哦原来可以忽略的呀！那如果微调继续优化应该也得加calcall对吗老师？我这个挺难收敛的
A:
能算得动就加
ultrafine已经够了
那个帖子说wb97xd用superfine才没那个虚频，但实际上我测试时ultrafine已经没了
Q:
老师我这个分子好像没有对称性吧
A:
而且当前问题和那个情况没直接关系
不是对称型的事
Q:
老师是因为那个虚频对应的势能面升高的曲率很缓很缓所以可以忽略是嘛？
A:
甲基本来就不是你关注的，有虚频没事
Q:
谢谢sob老师了谢谢川师兄
A:
虚频和计算级别没直接关系，有虚频恰当解决
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2017.07.01 09:07:38
Q:
[图片]请问老师，主页上关于轨道的DOS图是什么地方的（手册上并没有讲解关于轨道类PDOS）
A:
multiwfn原文里的
手册4.10节一堆DOS的例子
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2017.07.01 09:11:41
Q:
前辈们，请问A,B,C三个单质形成复合体的能量一定比三个单质的能量之和低吗？
有没有高的情况？
A:
在某个级别下，只要能自发结合（诸如摆远了然后优化能跑到一起），就一定会更低
能量不降低显然不会自发跑到一起
这里说的是电子能量，热力学量另谈
Q:
热力学另谈指的是？
A:
自由能之类
Q:
自由能意思可高可低吗？高的原因可能会是什么？
A:
[图片]
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2017.07.01 09:16:58
Q:
老师，http://sobereva.com/223 振动吸收谱计算中第一个cis，第二步用的hf，这个hf 如果用dft是不是不好？我这里换成了dft，没成功，2个虚频
A:
用DFT搞基态就得TDDFT算激发态频率，耗时得很
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2017.07.01 09:52:59
Q:
[图片]
为什么下拉菜单中new cube是灰色的呢
看不了自旋密度
OA:
用Multiwfn看多好
Q:
没找到cubegen
[图片]
现在没有那个软件啊
但这个是什么问题呢
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
OA:
你没产生cube文件当然没法看
Q:
怎么生成cube文件啊
A:
看个博文就那么难
Q:
是不是做电荷分析也是用Multiwfn？
A:
是
Q:
提供一个软件的安装地址啊
A:
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
Q:
多谢sob老师
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2017.07.01 09:52:59
A:
我很难理解求免费软件下载地址的问题
ORCA这种google一搜蹦出来的第一条不是主页地址的也就罢了
Q:
我一直以为加入公社群的研友们应该都用过，或者听说过Multiwfn
真没用过
那种需要邮件申请的略蛋疼。。。。
只是听说过
不用Google，百毒都能搜出来
安装都不用，比用qq都简单。
qq你知道去下，multiwfn怎么就不知道呢？
“我了从没听过有人在qq群里面求qq安装包”，2333
求qq安装包
如果能发文章，肯定引用
谢谢sob老师的软件
你就别跟着起哄了
A:
Multiwfn每年引用次数差不多也是Q-Chem的三倍了
Q:
qchem太封闭了
要是放出盗版，应该会好点。
再求个引用的文章的，写文章用
软件界面就有
A:
tips文章里、刚启动的时候、手册里、程序主页download界面里全都非常清楚地写着该怎么引用
Q:
好
DFT基本被Gaussian和VASP霸权
两个行业的第一
好的，多谢
[图片]
他们引用的统计方法
A:
[图片]
gmx也准霸权了
Q:
VMD也能做动力学？
LAMMPS升的很快啊
gmx不支持reaxff[表情]
A:
做不了
Q:
NOMAD，欧洲的一个计算材料项目
https://www.nomad-coe.eu/index.php?page=codes
@Sousuke
vmd不是用来显示的吗？怎么也放到里面去了？
gmx确实好用
ADF也支持reaxff，就是价格不菲
A:
reaxff原作者那里也能申请免费的reaxff程序
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2017.07.01 10:22:42
Q:
老师好，计算ord旋光光谱的介绍在哪有
A:
输出文件里不都写这么
Q:
[图片]老师好，这里面的频率具体是什么？
A:
[图片]
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2017.07.01 10:39:27
Q:
思想家公社目前有微信公众号吗？
社长不喜欢微信
A:
对于公众号，我永远是拒绝的
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5957
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2017.07.01 10:48:59
Q:
老师，7月29的量化班真的没办法再补报名了吗？之前太忙错过了报名....
A:
不能
Q:
我也想报
OA:
通知出来没多长时间就爆满了
A:
不到一天半就报了100人
Q:
嗯，希望跟这次一样都是满满干货~接近中级班，我有点不太确定自己应该是去初级班还是中级班...对了，社长大人的书出了吗？我已经从读博等到毕业了....
A:
基础版就是中级班，不是“接近”
判断水平在通知一开始提到了，做自测题
关于书的事这里说了
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
自测题在群文件里有冰释之川做的ppt版
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2017.07.01 10:55:39
Q:
如果让从头算程序提供能量和能量剃度，把他传到经典分子力学程序里，利用该程序根据能量和剃度来判断轨迹走向，也是一种合理的从头算动力学方案吧
A:
没必要这样，只要能算受力，加个MD代码是小儿科的事。所以几乎所有最主流量化程序都支持BOMD
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2017.07.01 10:56:26
Q:
请问在高斯中采用ONIOM方法，高层使用DSD-PBEP86-D3(BJ)，底层使用am1，然后我用这样的关键词oniom(B2PLYP/6-31g(d,p) empiricaldispersion=GD3BJ:am1) geom=connectivity IOp(3/125=0220005200,3/76=1000006900,3/77=0310003100,3/78=0440004400,3/74=1004)去运行没有报错，是不是设置无误
A:
不报错不代表合理。最好找个人用G16对照测试一下（记得用int=fine，因为16默认ultrafine），单点一样的话就能放心用
单纯算单点，g09这么靠IOp用和g16写DSDPBEP86 int=fine结果精确一样
Q:
g16对这个泛函已经内置了吗
A:
内置了
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2017.07.01 11:02:19
Q:
卢老师，我使用Multiwfn3.4.1导入.wfn，TDDFT计算的wfn文件，选择11，在选择3，出现闪退，请问是怎么回事啊？
A:
wfn怎么能用来绘制光谱
该用什么文件这里写了
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
Multiwfn的各个功能该用什么文件这里也说了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
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2017.07.01 11:02:19
Q:
看了社长关于过渡态理论的博客，请问作分子动力学模拟时NEB为什么不能应用于有外应力以及有限温度条件，谢谢？
A:
本来NEB就是得到PES上的能量极小路径的，MEP根本不受温度影响
自由能面或PMF才依赖于温度，但NEB也没法用来找这上面的MEP
除非真是通过恰当的采样和插值方法，构建了平滑的自由能面，之后才能用NEB在上面找能量极小路径
Q:
哦，那如果有外加应力，对NEB方法有影响吗？还有NEB是不是在搜索亚稳态结构不稳定？谢谢老师
A:
方法是固定的，何谓对方法有无影响
外加势会影响势能面，会影响NEB的结果
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2017.07.01 11:10:49
Q:
老师，我算了几个分子发现：如果分子紫外吸收有x方向的偏振，那么x方向的t的负值就会很大，t在手册中说是空穴和电子分布的距离，请问和跃迁偶极矩有什么关系？谢谢老师
A:
某方向电荷质心转移的距离和相应方向跃迁偶极矩分量的大小没必然关系。
通过跃迁偶极矩密度图形，或者对比两个NTO轨道图形来考察
结合具体问题分析，空说没法说
Q:
老师，如果电子的激发类型是局域激发，t的负值大会不会造成相应地方向跃迁偶极矩大呢？谢谢老师
A:
没必然关系，注意跃迁偶极矩的定义
不能
Q:
老师，最后一个问题，跃迁偶极矩密度的图形我一直不知道怎么分析，有没有更多的示例和文献呢？除了手册里的。谢谢老师。可不可以将两态的波函数导出，求出它们的相位差，然后用相位差的大小来讨论不同跃迁的跃迁偶极距大小的差异？
A:
什么叫相位差，用也是用乘积
跃迁偶极矩表达式里明显是在做乘积
Q:
自旋允许轨道允许的跃迁，分解成主要的轨道对它们的重叠积分也不小，但跃迁偶极距极小，您说是因为相位差，请问我怎样量化表示它？
A:
我根本没用过“相位差”这个词
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2017.07.01 11:12:56
Q:
[图片]
[图片]
抓住一个全程用ChemDraw画能量图的教授
不但用ChemDraw，而且标尺乱的一塌糊涂
本来使用什么画合适？
A:
在Origin中绘制能量折线图的方法
http://sobereva.com/320
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2017.07.01 11:27:49
Q:
卢老师，请问我使用PEB1PBE/TZVP计算的吸收光谱，比实验值蓝移50 nm左右，有没有其他更好的方法推荐啊？谢谢
A:
用什么泛函看体系啊，博文里都说了
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2017.07.01 13:37:47
Q:
[图片]
sob老师，做NPA分析，发现Am配合物中Am的6d，7s，7p居然还有电子，是不是不合理？还是可以理解成配体向Am的6d，7s，7p转移的电子？
A:
[图片]
Q:
上面的结果，可以理解成配合物中Am的7s有0.35个，5f有6.24个，6d有1.35个电子嘛？
A:
可以
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2017.07.01 14:06:40
Q:
同问对于过渡金属配合物来说是用chemdraw3D MM2优化结构不易出错还是Gview直接画好？
A:
MM2显然不能用于过渡金属
Q:
[图片]那在3D里画完如何初步优化那？
A:
没办法
最次也得拿半经验预优化
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2017.07.01 14:35:12
Q:
我想问问大家用b3lyp/6-31g*方法找到的过渡态在换了cam-b3lyp方法后怎么也找不到过渡态的原因是什么呢？
A:
操作问题或后者势能面下本来就没有
Q:
分子构型总是偏离能说明就是势能面下本来就没有吗？
A:
你先确保能排除前一种可能性
Q:
操作确实没发现有什么不对
之前还换过b2plyd-d 是没问题的
A:
除非是激发态，否则甭用CAM-B3LYP算过渡态之类，根本不适合干这个
Q:
啊？
A:
双杂化都算了，还用CAM-B3LYP干嘛，完全多余
Q:
双杂化只算过单点
A:
完全意义不明（之前还换过b2plyd-d 是没问题的）
Q:
这是回复您说的操作问题
A:
而且根本就没叫做b2plyd-d的泛函
我说的就是找过渡态
你却说算单点
既然你没有用B2PLYPD找过过渡态刚才就不应该提
Q:
b2plyd-d/aug-cc-pvt2
A:
好好打字
Q:
不好意思是我没说清楚
A:
你输这个高斯不报错才怪
反正你就甭用CAM-B3LYP就完了
仔细读
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
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2017.07.01 15:21:46
Q:
有没有人记得sob写过一个关于如何做电子云密度分布图的详细步骤的博文呢？找了半天也没找到
A:
手册4.4节
一堆平面图的例子
4.5节一堆绘制等值面图的例子
要搞清楚绘制这个到底要干嘛，大多数情况根本没意义
Q:
看哪里“电子云密度高”
A:
幻灯片：Multiwfn与波函数分析简介
http://sobereva.com/239
这里讲原理一开始就批直接绘制总电子密度图基本无意义
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2017.07.01 15:31:05
Q:
老师Multiwfn现在可以计算电荷转移积分了吗?
A:
不能。以后会单独写个程序实现
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2017.07.01 15:42:31
Q:
求教：[图片]文献中针对过渡金属的Ru Ir是用的Stuttgart–Dresden pseudo-potential基组和常用[图片]赝势区别是不是很大我用[图片]算出的HOMO LUMO和文献中差得很多
A:
你就用SDD就完了，lanl2DZ太渣，看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
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2017.07.01 17:02:55
Q:
[图片]高斯CC这两个能量有什么区别呢..
A:
后面输出的是带了(T)贡献的
----------------------------------------------------
2017.07.01 17:39:39
Q:
[图片]
某企业管理公司又发垃圾邮件了。用图片发通知都不能发个分辨率足够的，还用bmp。
A:
那种培训也敢去的可以用制杖来形容，但无奈现在制杖太多
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2017.07.01 20:32:28
Q:
g03中scrf=pcm和scrf=iefpcm表示同一种设置？谢谢！
A:
你一测试不就知道了
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2017.07.01 21:04:51
Q:
老师好，想请教一下寻找过渡态冻结片段是什么关键词，可以opt（ts,noeigen,modredundant）
就是我的过渡态总是有一个甲基旋转的虚频，想固定住优化下试试看
B3LYP/lanl2dz,6-31g** 过渡金属Cu配合物催化反应
A:
冻结有什么用，冻结就没虚频了？越冻结才越有虚频！
Q:
不过sob，按照他那个做法，冻结消虚频……电子能的势能面没变吧？
A:
这些设定不会改变势能面，只是搜索时加了额外约束
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2017.07.01 21:34:05
Q:
请问下9月份的班是中文授课吗
A:
又没外国人来，显然不可能讲英语
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2017.07.01 22:38:23
Q:
AlAXAO: NMat= 180 NPMax= 12 NPMax1= 0 MaxMat= 0 Max3X=F.
262131608 words are not enough for AlAXAO.
老师这个是不是说的是按照内存不够或者核心数去修改
A:
没报错就不用管，报错停止的话增加%mem
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2017.07.01 23:16:53
Q:
[图片]用KiSThelP计算k时，计算表中的G能垒是7.41，我用out文件输出的热力学量直接计算的能垒为6.75，请问一下为什么会有这样的差异
A:
哪里弄错了所致，比如是否输入了频率校正因子，数值是否取对，温度设定是否一样等
----------------------------------------------------
2017.07.02 00:48:48
Q:
好的多谢群主
[表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情]/下雨/彩球/风车/青蛙/多云/灯泡/打伞/灯泡/灯泡/灯泡/灯泡/灯泡/灯泡/青蛙/打伞/下雨/闹钟/熊猫[表情]/闹钟/闹钟/灯泡/闹钟/灯泡/闹钟/灯泡/闹钟/灯泡/多云[表情]/纸巾/闹钟/熊猫/熊猫/熊猫[表情][表情][表情][表情][表情][表情]/闹钟/熊猫
/青蛙/打伞/下雨/闹钟/熊猫/药/闹钟/闹钟/灯泡/闹钟/灯泡/闹钟/灯泡/闹钟/灯泡/多云/手枪/纸巾/闹钟/熊猫/熊猫/熊猫/手枪/手枪/手枪/手枪/手枪/手枪/闹钟/熊猫
/害羞/流泪/调皮/发怒/发怒/发怒/发怒/发怒/调皮/调皮/抓狂/流泪/抓狂/发怒/难过/发怒/酷/调皮/睡/发怒/发怒/大哭/大哭/拳头/OK/跳跳/跳跳/OK/跳跳/OK/跳跳/OK/下雨/彩球/风车/青蛙/多云/灯泡/打伞/灯泡/灯泡/灯泡/灯泡/灯泡/灯泡
[表情]
不好意思，孩子乱按的，
[图片]
A:
传统封建迷信的东西蒙不了现在人了，就开始滥用量子论了
以后一些坑人的保健品什么的没准都打上量子化学、分子动力学方法研制的标语了
Q:
反正量子这玩意挺玄乎。用来蒙人挺好
哈哈哈/赞
A:
别人给的
[图片]
Q:
就跟纳米一样，听着高大上，不管什么都要往上靠
那个女的还研究弦论的呢[表情]
A:
玄论
----------------------------------------------------
2017.07.02 08:16:55
Q:
分子的范德华半径是怎么定义的呢？这个可以计算出来吗？谢谢老师，请指教。
A:
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
----------------------------------------------------
2017.07.02 08:59:41
Q:
问下老师，Multiwfn和gaussview中显示的紫外图差别好大？都是相同的半峰宽呀[图片]
A:
gview设的是HWHM，Multiwfn设的是FWHM
----------------------------------------------------
2017.07.02 09:08:19
Q:
请问大家一下，我想把chk文件转换为fchk，但是在服务器上显示formchk: command not found。是怎么回事呢？还有什么办法来转换呢？版本是G09
A:
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
看里面相关内容
3.3节
----------------------------------------------------
2017.07.02 10:19:56
Q:
请问大神，ωB97X在关键词里怎么写啊？没有使用过啊
A:
RTFM
OA:
就是你写的wB97X。
Q:
直接写w还是ω啊？另外那个ω=0.3怎么设置啊？
A:
RTFM
http://sobereva.com/g09/k_dft.htm
Q:
怎么设置w值，查看《Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法》http://sobereva.com/344
A:
wB97X默认就是
Q:
谢谢你们的解答
----------------------------------------------------
2017.07.02 10:19:56
Q:
老师，有个问题下请教一下。
我使用m062x计算了td单重激发态的吸收光谱，最大吸收在270 nm左右;
PBE1PBE， 288 nm;
b3lyp， 300 nm；
都是使用6-311G（d，p)基组计算的，原子68个。
实验值在350 nm左右。
有什么更好的方法和基组搭配推荐吗？
OA:
光谱一般PBE0和B3LYP可以了。。你总不见得为了要和实验对得上，用“纯泛函”吧。。
A:
基组就这样了
用HF成份更低的泛函，看
不同DFT泛函的HF成份一览
http://sobereva.com/282
非要和实验去凑一点意思也没有
----------------------------------------------------
2017.07.02 10:33:25
Q:
请问一个分子的紫外可见吸收峰如何判断是哪个基团产生的呢？只能根据经验判断吗？
做NTO,电子空穴分析啥的
做EDD不行对吗？
A:
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析
http://sobereva.com/377
Multiwfn手册4.18节的一堆例子
密度差当然也可以
此方法也有用
绘制跃迁密度矩阵平面图分析电子跃迁
http://sobereva.com/136
Q:
TDM也很棒
我已经做了密度差，手册有分析的例子吗？
A:
4.18节
Q:
我已经做了密度差，但不知道怎么归属到哪个基团[图片][图片]的跃迁
这种还是得NTO吧
A:
对
----------------------------------------------------
2017.07.02 10:35:55
Q:
老师，用高斯优化过渡态，试过六种常用泛函，就tpssh优化后，做irc分析，怎么输出文件就把input orientation这部分丢失了，放到gaussview里就显示incomplete structures were deleted may be a restarted or incomplete job。那我怎么通过out文件里的距离矩阵判断我找到的过渡态是不链接反应物和产物。或者说通过距离矩阵怎么转化为坐标？
A:
距离矩阵没法通过简单方式转化为坐标。虽然也有某些程序能做，诸如根据NMR解三维结构的程序就是那么干的，详情可以看leach的书，自己写个程序或者网上找相应程序
与其这么折腾还不如重算一遍
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2017.07.02 10:36:46
Q:
请教一下大家我计算k时主要想考虑Eckart隧道校正因子，这个是基于什么计算的，比如Wigner方法是基于过渡态虚频就可以得到
A:
基于IRC上的势能信息
Q:
如果是TST是不是就是过渡态这个结构的势能信息
A:
eckart和wigner是并列的，和TST不是一类东西
----------------------------------------------------
2017.07.02 10:44:28
Q:
好的，老师。距离矩阵和坐标转化起来是比较麻烦，不过优化了20个过渡态分别用六种泛函优化，得到的都是tpssh泛函丢失坐标，但最后正常结束的。这是怎么回事
A:
没听说过有这种情况
重算，还不行换版本，还不行问高斯客服
----------------------------------------------------
2017.07.02 10:57:27
Q:
老师是不是大体系优化时候经常会碰到甲基旋转的虚频…
A:
是
Q:
请问老师这种解决的办法一般就是按照虚频模式微调吧？
A:
tight、ultrafine先用了再说
----------------------------------------------------
2017.07.02 13:25:23
Q:
opt=tight已经收敛了，计算的频率为什么还有四个虚频，该怎么办？
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2017.07.02 14:22:42
Q:
求私发一份高斯16和gv的下载地址，前段时间没下载，现在网上找不到地址了
A:
这是违法的
----------------------------------------------------
2017.07.02 14:28:10
Q:
SARC-ZORA-TZVPP
这个系列的基组出处是哪儿呢.. 请教一下..
A:
SARC-ZORA-TZVPP这种写法含义不清
既可能指SARC-ZORA，也可能指def2-TZVPP对ZORA计算的重收缩版，也可能指ZORA版的SARC和def2-TZVPP混合使用
Q:
全电子基组，社长.. 出处也是和def2-tzvp一个网站吗
A:
不是
SARC以及重收缩版的def2是Neese那伙人搞的
----------------------------------------------------
2017.07.02 14:40:33
Q:
请问，群里有人近期投过JCC期刊吗？有问题请教。谢谢
请问JCC投稿一定要按照给的模板吗?还是说只要格式符号要求就行啊？谢谢啦
A:
根本不用模板
Q:
我现在的问题是，我投JPCA编辑没有送审，说不适合，就想着改投JCC。现在就想着把参考文献的格式改一下
A:
不用改
Q:
没必要用他们建议使用的模板吗
格式也不用改吗
A:
根本不用模板
Q:
格式要改改吧？
A:
不用改
----------------------------------------------------
2017.07.02 15:15:55
Q:
想请教个问题，就是加显性溶剂，比如说分子，想看看是否会有氢键产生，怎么放水分子的位置呢，还是只要靠近可以形成氢键的位置就可以了
比如加一个水分子
老板只是想让加一个甲醇分子，先试试
A:
怎么摆要从具体研究的问题出发去考虑，没前提没法说
要考虑溶剂到底能产生什么样的影响
Q:
[图片]
越优化甲醇分子跑的越远
A:
两个氧都带负电，显然越跑越远
甲醛改个朝向就完了
Q:
怎么改朝向呢
A:
gv里旋转啊
Q:
这样吗
[图片]
A:
y
摆远点
----------------------------------------------------
2017.07.02 15:25:13
Q:
老师，请教下算完激发态后，直接在（1） Xsell上读取（2）把log文件下载后用写字板打开（3）用Uedit，3种方法打开，波长、能量、振子强度会有出入，这影响大不？[图片][图片][图片]
A:
那是你在对照时根本没定位到相同位置
----------------------------------------------------
2017.07.02 15:49:23
Q:
想请教一下：由于晶体结构中分子紧密堆积，分子构型几乎不会改变。在做激发态计算的时候还要做激发态构型优化嘛？能不能用垂直激发直接近似？如果不行的话，是不是可以通过固定分子中的某些原子后再做激发态的优化？
A:
看你具体算什么
算吸收显然不用优化
Q:
算荧光
A:
优化
----------------------------------------------------
2017.07.02 15:58:11
Q:
大家好，请教大家一个问题。下面这个咔唑分子，其中的N是什么类型的杂化呢？能否通过量子计算的方法计算某个原子是什么类型的杂化呢？
A:
优化，看是不是平面的，是的话就sp2，H往平面外翘的话就sp3，此时可以再作个ELF图来进一步展现孤对电子位置
----------------------------------------------------
2017.07.02 16:40:30
Q:
听说可以升级五千人大群了，群主是否考虑两个群合二为一
A:
不考虑
----------------------------------------------------
2017.07.02 16:48:38
Q:
老师请教一下，单键跟双键在键长方面有什么条件么，对于下面这个分子，存在两个单键和一个孤电子对，这样理解没问题吧
[图片]
A:
成几重键算Mayer键级
孤对电子在哪绘制ELF图考察
都用multiwfn来做
Q:
高斯优化出来是单键，并不一定准确对么
A:
[图片]
Q:
[图片]
[图片]
已经按照老师的做了ELF图
A:
作等值面图
----------------------------------------------------
2017.07.02 17:50:17
Q:
sob老师您刚才说的做个ELF图看孤对电子，其中的ELF是指“ELF拓扑分析”图吧，不是这个彩色的吧
[图片]
A:
看等值面图就够了。平面图不好展现三维分布，除非体系就是平面的
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2017.07.02 18:07:03
Q:
请教大家一个问题，如果SCF收敛了，但是TD不收敛应该如何解决呢？
A:
尝试换基组，如果能收敛，之后TD里写read读取之前的组态系数；或者随便改下nstates再试
----------------------------------------------------
2017.07.02 21:31:01
Q:
[图片]到[图片]这是一个什么类型的跃迁呢，请大家帮忙解答一下，谢谢
如果我想判断是n,Pi或者Pi*轨道，如何判断？或者去哪看什么文件能学会，请大家赐教，谢谢
A:
sigma->pi*
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
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2017.07.02 22:38:22
Q:
请问20核56G内存装win7,做计算有什么问题吗？
[图片]这样装起来做计算会怎么样？
不会Linux系统
A:
群内发言字号不得超过12，看群文件里群规
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2017.07.03 07:31:36
A:
公告：本群已对15个月内未发言，且加入时间已满15个月的群成员进行了清理
因长期不发言而被踢者，想再次加入的可以重新申请
公告：已对本群内长期未发言者进行了集中清理，踢掉了230余人。
因长期未发言而被踢者，可以重新申请加入
Q:
赶紧冒个泡
发个言看看级别
A:
还清理了一大批擅自同时加了两个群的
Q:
大博士明察秋毫
遣返了一批
A:
[图片]
Q:
偷渡者
A:
疏而不漏
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2017.07.03 08:22:38
Q:
sob老师好像是觉很少的人啊
sob时间线和我们不一样
难道是美国时间…
赴美访问了。
sob时间好不好，什么美国时间
it is sob time
sober time
哭的时间？
错了。。。。sober是冷静的意思
我怀疑你会把 cook 和 cooker 搞混
A:
原意是清醒
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2017.07.03 10:06:01
Q:
# opt freq b3lyp/6-311+g(d,p) geom=connectivity nosymm empiricaldispersion=gd3
nosymm这样写起没起作用呢？
A:
起
Q:
不可能关键词写了不起作用吧？
总认为geom=connectivity没用
那么geom = connectivity到底对量化计算起什么作用啊
A:
毫无用处
仅对分子力学有用
Q:
用了nosymm可以一定程度上改变有虚频的情况吗？
A:
没用
Q:
那得到的结果就对了，仍然还有虚频
直接拿一个晶胞作为输入用高斯计算，优化后的机构会发生很大的变化，这对后面的频率分析以及分子间作用力分析有没有影响呢？
是把一个晶胞内的分子保存为mol2文件，然后拿高斯计算
A:
你要分析晶体状态下的相互作用就只优化氢原子甭优化重原子
Q:
有没有帖子可以参考一下
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.03 10:38:18
Q:
咨询一下，投稿CPB，要求输入这个[图片]是什么意思？打开连接[图片]。谢谢指点
A:
[图片]
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2017.07.03 11:28:03
Q:
有人说价键理论本身解释分子轨道就是错误的
我们能不能就不归属这个跃迁是什么价键，我们就把分子轨道贴出来，说从这个轨道到这个轨道跃迁产生的行吗？
外国人都这样，说简单幼稚词汇更被接受？
A:
通常讨论电子激发问题根本牵扯不到价键理论
Q:
不能叫幼稚。。用词不当。。应叫做【通俗】
考研的时候老师灌输的思想……
A:
来个文章《XXX泛函就是好》
Q:
[表情]这标题一看就是AD
[图片]这不就用到价键的概念了吗？我们不这样说，就把分子轨道贴出来，说从这个轨道到这个轨道跃迁产生的行吗？
然后就没人看了
A:
《为什么XXX泛函是最好的？》
Q:
看着跟大-字-报似的
A:
你根本没搞懂价键理论是什么
这哪来的价键
Q:
[图片]
我还真对化学懂得很少，不是学化学的，半路老板让算量化，开始接触
A:
MO难以指认对应于哪两个原子间的成键，这里说了
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380
但不代表没法指认sigma和pi。稍微有点结构化学常识的，对于平面/准平面/局部平面的体系，一看轨道图形就能大致判断
你发的那个截图表述根本不确切
仔细看此文，别看别的
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
Q:
看了，您都是小分子，大的分子还是不好判断啊
A:
怎么不好判断
看懂了文中N-苯基吡咯，难道就不会判断卟啉了？
Q:
[图片]到[图片]这是一个什么类型的跃迁呢
A:
明显是pi
看不清楚就把等值面数值调大点，突出主体区域
非严格平面的结构，没有严格的pi和严格的sigma
必须看主体分布部分在分子局部平面上有没有节面
Q:
所以说，您那博文里最好增加点大分子的例子
A:
没必要
稍微举一反三就完了
----------------------------------------------------
2017.07.03 11:59:10
Q:
各位老师好！能不能请教一个问题：有的反应过程找不到过渡态，如何定量估算这个step的反应位垒？有没有参考文献？
A:
若连自由能垒也没有，那本来就是没有了
----------------------------------------------------
2017.07.03 12:01:03
Q:
请问脂溶性条件用SMD计算溶解自由能，选什么溶剂较好？环己烷？正辛醇？谢谢
A:
后者吧
----------------------------------------------------
2017.07.03 16:04:14
Q:
[图片]老师，我搜索完过渡态后走IRC后出现这一现象。过渡态的虚频是自己想要的，两侧的产物也基本是预期的。请问，我这是过渡态找错了吗？
输出文件是
A:
过渡态没定位精确，或者走IRC和过渡态没用严格相同的级别，否则不可能TS位置那么尖
Q:
老师，我使用M062X泛函搜索过渡态，我的格点积分精度是int=ultrafine，过渡态和IRC用的是相同的级别。我过渡态的输出文件是：
我的irc输出文件是：
A:
你的IRC的初始结构根本不是TS任务最后的结构
Q:
老师，我看了一下，IRC初始结构感觉是TS最后结构，但IRC的初始结构并不是IRC中尖点对应的结构。我不太清楚出了什么问题
A:
stepsize=18,lqa去掉
----------------------------------------------------
2017.07.03 16:04:14
Q:
老师，Gaussian在计算热力学量时是将分子当成理想气体。那么，请问我使用Gaussian等计算ZIF、石墨烯等对气体的吸附得到的吉布斯自由能等数据可靠吗？
A:
可靠
----------------------------------------------------
2017.07.03 16:29:49
Q:
老师动力学可以计算两类分子之间的电荷转移吗
A:
不能
Q:
老师如果想计算液体环境中两类有机分子（约400个分子，不含离子，只有物理作用）之间的电荷转移情况，用什么方法比较好
A:
400个你只能用半经验
Q:
老师可以说的详细点吗？或者有什么帖子资料吗？
A:
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
用MOPAC做半经验计算，然后看输出的原子电荷
高斯做半经验也可以，但几千个原子的话会超级吃力
Q:
老师，我所研究的体系是液体环境三类有机分子之间的相互作用，那么我可以用Dmol3通过DFT方法计算三个分子（每一类分子选一个）之间的电荷转移吗？我这种情况适合计算哪类电荷？bader或者密立根电荷？
A:
没有密立根电荷
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
甭用AIM（bader）电荷，看群文件里《原子电荷计算方法的对比》
甭用Dmol3，用高斯，这样才能通过Multiwfn做各种方式的波函数分析，诸如绘制密度差图、计算原子电荷等
推荐用ADCH电荷
Q:
不好意思老师因为忘记了Mulliken电荷怎么拼写，所以就用中文代替了
老师，我用“三个分子”的计算结果来说明真实体系的相互作用情况，这样是可以的吧？
现在知道了，谢谢你
A:
可以
Q:
老师我现在用MD计算该体系的相互作用。对于我这种体系老师建议用什么方法计算最好
A:
看你研究什么啊
Q:
我主要是想计算溶质A分子、B分子与溶剂C分子之间的相互作用
A:
精确相互作用分析用多聚体模型算
MD只用来考察动态环境、凝聚相、有限温度的情况
量化与MD相结合
相互作用分析看
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
Q:
多聚体模型？老师是指在gaussian中计算5个A分子、5个B分子与5个C分子（假定为5个）之间的相互作用情况，计算结果就可以代表真是体系得作用情况？
A:
看具体分子结构而定，没法一概而论
不考虑协同作用时，二聚体也可以
Q:
老师，我可以用MD计算相互作用和RDF，然后用gaussian计算电荷转移，这样可以吗
A:
可
还必须得用Gaussian计算相互作用能
Q:
老师是指结合能？
A:
我博文里各种分析方式都考虑去用，以更全面考察相互作用
特别是分子表面静电势分析很有用
Q:
表面静电势我计算过，但是不会分析
A:
此文必须从头到尾，包括引用的博文仔细阅读
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
仔细看
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
幻灯片：Multiwfn与波函数分析简介
http://sobereva.com/239
RDG分析必须做
静电势与平均局部离子化能综述合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=219
光靠高斯算算作用能，不借助Multiwfn没法在分析上深入、上档次
Multiwfn对于分析动力学中相互作用也很有用
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186
----------------------------------------------------
2017.07.03 18:04:21
Q:
请问各位 HOMO+1轨道是什么意思呢
对是LUMO+1 这是什么轨道呢[表情]
OA:
homo下一轨道
Q:
是什么意思啊
哦哦懂啦相当于第二个最低的未被占据的轨道是吗
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.03 21:13:01
Q:
老师好，优化完之后可以同时计算旋光和激发态吗？
OA:
20个激发态是不是有点儿多？你明显优化第一激发态，5个就足够了
Q:
[图片]老师这是我算旋光和激发态的关键词，可以吗
我想将旋光度和激发态放一起算
C15H24N2O
OA:
弥散可以去了，用6-311G*更合适
Q:
[图片]算旋光不是要加弥散吗
OA:
不应当去除弥散
Q:
为什么不能放一起算
这样呀
OA:
说不定你这么算得到的是激发态的旋光呢[图片]
先分开搞清楚了、再掺和；并且验证掺合在一起确实没问题再说
Q:
哦哦好的
OA:
不能搞清楚的一概不要搀和在一起
Q:
[图片]好的，老师我算旋光的关键词可以吗？
PA:
你优化的是激发态？
Q:
不是
基态
OA:
基组够烂
至少6-311+G*
Q:
好的
OA:
没事不用*
算不动就减，aug-cc-pVTZ -d -f
Q:
好的老师
-d-f是？
OA:
高角动量的极化函数砍掉
去掉d和f角动量的弥散
Q:
这样呀
如果不想这么麻烦用def2-TZVPD
Q:
好的老师，我记得有个关于基组的帖子可以发下吗
OA:
左边是基组，右边是元素周期表那个
https://bse.pnl.gov/bse/portal
谢谢老师
Q:
[图片]老师，刚才算了下出现了错误是什么原因，需要引定义吗
OA:
这个基组不是内置的
自己去拷贝
Q:
好的
老师拷了定义还是有错误[图片]
这是输入文件
[图片]
[图片]
OA:
最后一行****去掉
Q:
去了还是这问题
我用6-311+g(d)试了下是好的
估计是基组问题
A:
把入射光频率写到基组定义前头再试
去sobereva.com博文列表上搜“基组”
----------------------------------------------------
2017.07.03 22:38:39
Q:
老师可以帮我看一下吗
为什么老是不能正常结束
求解
关键词
是因为之前没加这么多关键词试了好几遍都没能正常结束
我觉得构建结构有问题，但是不知道怎么修改
谢谢帮助
A:
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
----------------------------------------------------
2017.07.03 23:47:34
Q:
老师非常感谢你如此详细的讲解
老师用gaussian也可以计算ADCH电荷吧？
A:
不能
必须用multiwfn
Multiwfn使用超简单，仔细看
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
----------------------------------------------------
2017.07.04 05:32:19
Q:
麻烦问下， formchk生成的fchk文件下载到电脑上打开出现
[图片]，请问如何解决。谢谢！
A:
如果遇到什么alpha轨道能错误而无法打开chk/fch文件，先将chk转换为fch文件，然后用文本编辑器打开fch文件，看看里面的Number of basis functions和Number of independent functions是否一致。如果不同，将independent改成independant
Q:
谢谢sob老师，我试试。
A:
或者用Multiwfn载入fch，然后再导出fch
----------------------------------------------------
2017.07.04 07:00:07
Q:
[图片]老师，从ELF填色图中，是不是可以看出C-Al之间有较弱的共价相互作用谢谢老师
A:
是
建议也算一下Mayer键级进一步证明
----------------------------------------------------
2017.07.04 07:38:21
Q:
[图片][图片][图片]老师，我看了关于优化这种失败的处理方法，加大2-3圈数，但还是没有正常结束，求老师指教
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2017.07.04 08:10:51
Q:
老师一个实验知道反应物和产物和催化剂。现在确定有几种可能的反应方式，在这几个方式中都是反应物和催化剂先作用。您建议我应该先摆几个构型优化出几种反应物和催化剂的复合物最小点结构，然后根据这些结构找相应的过渡态；还是应该直接优化找出几种反应物和催化剂的过渡态，再用IRC找复合物？我们导师让我先找复合物最小点我想知道先做哪个有什么好处
A:
有的体系复合物结构好找，有的体系过渡态好找，不一定。哪个容易先弄哪个，其中一个确定了，参考其结构，就容易再进一步找另外一个
----------------------------------------------------
2017.07.04 08:43:58
Q:
[图片][图片]老师您好！这是我优化过渡态时用的方法和基组，我碰到的问题是无论我怎么改结构，优化结果要么是前一个中间体结构，要么是后一个中间体结构，始终找不到想要的这两个中间体之间的过渡态。请问老师，碰到这个问题我应该怎么处理？
实验室里其他师姐用的，我拷贝过来的
A:
[图片]
诗轩调整过渡态初猜结构，反复尝试。IOp全删掉。opt里加上noeigen
----------------------------------------------------
2017.07.04 08:51:32
Q:
请教各位老师，在进行AIM分析时，gaussian的输入文件中添加aim=all，是不是不能与opt同时进行？
只生成wfn就可以分析了吗
除了在输入文件中输入out=wfn之外，需不需再添加额外的关键词？
分析键的临界点什么的
OA:
那就优化完直接写out=wfn 然后在坐标末位空一行写上wfn文件名（win版包含完整路径）即可
再用生成的wfn载入multiwfn即可http://sobereva.com/207这里是具体过程
A:
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
高斯自带的AIM分析是早年cioslowski写的，功能形同鸡肋，年久失修，一堆bug，根本没人用，手册里都不提了
Q:
怪不得我在手册里没找到
A:
Multiwfn做AIM拓扑分析看手册4.2节的例子和
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
做AIM盆分析看手册4.17.1节的例子和
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
得在很老版本手册里才能找到
----------------------------------------------------
2017.07.04 09:06:20
Q:
[图片]请问我提交QST2任务的时候怎么总是出现2070错误？
A:
这种ONIOM组合毫无意义，B3LYP和HF弄成同一个级别，否则不仅精度低还多花时间
把(PDBName...这些全都删掉。
检查输入文件是否符合QST2的规矩
----------------------------------------------------
2017.07.04 09:49:06
Q:
gromacs 如何统计某一方向速度场的分布呢，请指教一下，或者有相关的程序
A:
.gro文件里就有速度信息
.trr里如果选择记录了速度的话，可以用gmx traj分析提取
Q:
谢谢老师，如果计算某一区域的平均速度是否可以采用简单平均一下
A:
可以
----------------------------------------------------
2017.07.04 09:49:28
Q:
之前是搞不对称催化的，但是接下来到的课题组希望我第一年做计算，大概主要是针对磷配体或者一些催化剂晶形的模拟，但是之前完全没有接触计算化学，利用这个暑假想先自学一下，跪求大神推荐一下书籍或者文献材料。
A:
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
----------------------------------------------------
2017.07.04 09:51:28
Q:
老师，想问下 irc连接的反应物，过渡态，产物的多重度要求一样的吗？
假设两个分子放在一起，是两个分子的多重度相加吗？
A:
要求
不是
----------------------------------------------------
2017.07.04 10:01:50
Q:
请问NO轨道和MO轨道有什么相同和不同呢？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.04 10:41:51
Q:
第181期双清论坛“理论化学家视角中的仪器创制”在大连召开http://www.nsfc.gov.cn/publish/portal0/tab445/info68850.htm该论坛的主旨一是发展新的理论化学方法，为原创科学仪器的创制提供理论基础和思想；二是研讨建设理论与计算化学程序软件平台，开发具有自主知识产权的化学软件程序，使之成为加速理论化学发展和提高国际影响力的“重大仪器”。
A:
[图片]
Q:
群主去申请点经费把Multiwfn做成gaussian第二/微笑
下一步把gaussian干掉
A:
坚持不从国家那里拿钱
干掉高湿的使命留给ORCA
Q:
为啥不从国家拿钱呢？群主
A:
我能做的顶多做个ORCA GUI
Q:
拿了国家的钱就得给国家交差了
您这个比很多所谓的国家大奖的成果强多了
那这个就推波助澜了，一波带走高湿了
A:
吃人家嘴软,拿人家手短
我历来不爱求人
Q:
话说这才是科研的本来面目，
凭兴趣做
贵族的精神需求
[图片]然后你把orca干掉
A:
干掉ORCA我没那本事
Q:
Multiwfn已经干掉一大批同类软件了其实
A:
搞Gau/ORCA这样的量化程序等于盖摩天大楼
Q:
aim2000应该没人买了
梦想总要有的，万一实现了呢
[图片]
A:
不带一大帮子人，不可能做过他们
Q:
还有人问AIM2000呢刚才
带一大帮子人的话，又要牵扯经费，管理等问题，麻烦的。
自己做这种东西，需要几百年。
以后有机会要傍着Sob一起合作虽然我不会写代码/偷笑/偷笑/偷笑/偷笑
大师赶紧毕业了打入Neese内部
你发文章的时候给sob老师一作
你自己通讯。
A:
不能
一作必须是真正干活的
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2017.07.04 10:50:52
Q:
各位老师，有没有AIM2000的压缩包，网上的都是小样，对于载入的体系有限制
A:
谁还用AIM2000
早过时了
[图片]
[图片]
Q:
那如何在Multiwfn分析键临界点出图时可显示不同原子，我输出的图原子都是紫色的
A:
界面上不是有显示分子结构的复选框么
点了就完了啊
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2017.07.04 10:54:43
Q:
[图片][图片] 老师这种pi氢键对应的spilke会是这个么？假如是，为什么小尾巴无法到达底部（RDG=0）
A:
甭太关注散点图
不戳到底部，但是只要离底部很近，RDG图上也能显示出来，这是相对于AIM分析的优势
但是不距离底部很近时，RDG图上也不会有，这种spike则没什么意义
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2017.07.04 11:13:16
Q:
老师，我有16个核的节点，60GB的内存，怎么设置合理，计算一个任务可以效率高？，计算大概16个只含C，N,H,O的用aug ccsd pvtz 的基组算能量
算了一个任务，给了60GB的内存，算了两天还没出结果，感觉有点问题
A:
%mem=60GB
%nproc=16
不可能有60GB的机子，内存怎么插出来的
问问题时要把基组、理论方法写明确、拼对，免得造成歧义，耽误时间
Q:
我用了70GB
60GB。。。。
我只听说过64GB内存。。60GB内存大概是4G内存被狗吃了
A:
[图片]
Q:
请问，这个内存和核数怎么设置才是合理的？
A:
[图片]
物理核心有多少给多少
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2017.07.04 11:17:38
Q:
[图片]老师，请问这种图Multiwfn可以做么？
A:
等值面、平面图都可以作，但时同时三个方向投影不行
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2017.07.04 11:31:26
Q:
社长，512GB内存的留多少呢
A:
总核数显然不能超过物理核心
分500GB
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2017.07.04 11:33:53
Q:
老师，单电子转移反应可以算Eckart隧道效应校正因子吗
A:
根本完全不一码事
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2017.07.04 11:43:47
Q:
[图片]老师，高斯输出的是这种格式的文件，我可以直接在元素后面（坐标前面）把想固定的原子加-1固定，后面的X 1 F（通过edit，redundant coordinate，freeze 设定的）就可以删了吧
A:
对
(PDBname...这些也都删掉
modredundant也去了
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2017.07.04 12:06:37
Q:
高斯job cpu time : 0 days 1 hours 31 minutes 34 seconds ,这个不是整个运算过程的时间吧，感觉后者明显要高于前者很多。望大家指教！
A:
win版是wall clock time
linux版是CPU time
Q:
谢谢，、我去看下out 文件。
没有找到wall clock time，但是可以看到开始和结束的时间，相减就知道运行的时间了
A:
windows版显示的CPU time就是wall clock time
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2017.07.04 12:31:09
Q:
大家好，我的专业是纳米材料的分子动力学模拟，请多多关照。
请教一下各位老师，高斯计算ESR，可以得到体系的超精细结构参数，但是怎样得到g因子呢
A:
做NMR的时候就会输出
Q:
nmr的g因子就是esr的g因子么？
A:
没有NMR的g因子一说
只不过做NMR的时候程序顺便算出来g因子
这个g因子就是ESR研究涉及的那个
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2017.07.04 14:30:53
Q:
老师，麻烦问一下扫描柔性势能面出现断点，这样的结果是不是没有意义？[图片][图片]
A:
本来柔性扫描出现突跃就完全正常，毕竟其它变量都是被优化的
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2017.07.04 14:44:26
Q:
老师，怎么用multiwfn做旋光光谱图？
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2017.07.04 14:47:35
Q:
请问有没有Multiwfn做能量分解分析EDA的帖子？谢谢
A:
[图片]
手册有例子啊，看4.100.8节
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2017.07.04 15:17:49
Q:
请教一下cc-pVnZ-PP基组对 Y元素的收缩方式是什么
记得以前有个看机组的网站能不能推荐一下
A:
在线基组和赝势数据库一览
http://sobereva.com/309
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2017.07.04 15:59:51
Q:
[图片] 老师，我用fchk文件拖进multiwfen做RDG图，一直卡在这，不往下运行了，其他的fchk文件没有问题
A:
先换成最新版本，还不行的话把你的fchk发给我
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2017.07.04 16:55:24
Q:
如果用的是m062x方法, 在g09里面生成wfx文件的时候, 需要density=current吗? 如果用了的话, 有坏处吗?
我看介绍说mp2方法的话, 需要加. 我用的m062x, 如果加了有坏处吗? 或者说加了是不是错的? @冰释之川
A:
仔细看
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
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2017.07.04 18:23:53
Q:
老师，请问Multiwfn做拓扑分析时有没有什么方法可以看清图片里的临界点编号呢？[图片]
太多了，放大之后很多重合在一起看不清
A:
界面上可以选择标签的字号。
或者在VMD里绘制
Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图
http://sobereva.com/207
绘制之后在VMD里按0进入查询模式直接点击相应的CP即可查询编号
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2017.07.04 19:13:59
Q:
各位，有什么量化软件计算时可以加入背景的静电势？
OA:
对，将分子放在一个静电势中，计算分子会发生什么变化
在Gaussian中只能在某处加入点电荷
Q:
是的，但加的不是均匀的点场
OA:
好像没有啊，自有在ONIOM模型中有类似的东西
Q:
难道真的需要用大量的点电荷模拟出一个空间中不均匀的静电势吗
在一个分子周围放一个带电荷的分子，我只想得到这个外加分子的电子云的静电部分对这个分子的影响
OA:
我使用了能量分解分析的方法，发现好多都不支持开壳层的体系的计算
ADF我们组有，不知这个方法能不能得到极化能，做力场参数需要
A:
粗糙一些就用把那个分子用原子电荷（CHELPG为宜）来描述，然后用Multiwfn绘制密度差图考察
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
更复杂一些，用GAMESS-US的有效片段势表现那个分子
当前问题和ETS-NOCV没直接关系，别去鼓捣
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2017.07.04 20:32:18
Q:
请教各位老师，在gaussian计算中如何对计算方法进行选择？比如计算分子间的弱相互作用，是MP2与M062X方法，哪一种比较好一些？
这两种方法，计算出来的效果差不多吗？还是说M062X更好一些？
A:
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
除非算氢键，否则算弱相互作用MP2不会比M06-2X更好
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2017.07.04 20:54:33
Q:
社长，计算分子的范德华半径，在Gaussian 输出文件中应该要去找哪些数据，再进一步手动算？
A:
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
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2017.07.04 22:02:01
Q:
Sob老师您好，我想问一下为什么我在运行multifwn的时候会闪退啊，之前用的那个电脑配置还没这个高但是不会存在这个问题，为什么我换了台电脑使用的时候就闪退了呢？跟双硬盘有关么？
我是在计算homo lumo重叠程度的时候，到第三部计算的时候闪退的，但是以前的电脑就不会有这个问题啊
输入文件是同一个呀
A:
确保输入文件合理（关键词都用对了）、任务正常结束、操作无误的前提下，文件发给我
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2017.07.05 05:16:45
Q:
各位老师，想请教一个问题，用casscf不做优化只做单点，得到的能量，然后分别是负离子和中性的能量相减，不能得到正常的电子亲合能值，请问是什么原因呢？谢谢。由于分子很大，所以只在DFT结构基础上做casscf单点。非常感谢，这个问题困惑了我很久
A:
不知道你所说的“正常”是如何界定的
如果和本应有的数值偏差很大，要么活性空间设定不合理，要么由于没考虑动态相关结果不好
Q:
多谢老师的及时解答。DFT结果至少是1 eV, 可是casscf结果却是-3 eV。我有尝试改变轨道，可是结果依然没有变好，并且对需要设定的活性空间没有标准，也就是说我应该按负离子HOMO上的额外电子轨道情况来选择类似的活动空间吗？
A:
CCSD(T)/aug-cc-pVTZ算过没？
Q:
有算过，虽然比DFT结果小，但是至少是正值。我的所有Casscf尝试算出来的都是负的几个电子伏特
A:
中性和阴离子状态活性空间应选取相同，而且理应按阴离子的占据状态来取。
如果确信活性空间设置没问题，结果还是不好，改用CASPT2、NEVPT2之类，看是否动态相关对结果起到关键影响。
Q:
嗯嗯，计算中性时我读取了casscf计算得到的负离子的轨道，结果还是很不正常。同时我用casspt2同样计算同个负离子的单点时，最后得到的能量和casscf的能量一模一样小数点后面一点不差。
老师您的意思是我应该进行优化命令而不只是单点能计算？
A:
单点就够了，不用此级别优化
Q:
那您指的动态相关是什么意思？
A:
【链接】[量化理论]sob关于理解电子相关的一些描述
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4969
Q:
谢谢老师。我好好研读一下。
A:
[图片]
Q:
嗯嗯，可是casscfpt2的结果也是很不好
A:
there must be something wrong
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2017.07.05 07:58:25
Q:
老师，在Multiwfn里能做旋光光谱图吗
A:
[图片]
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2017.07.05 08:54:41
Q:
老师，我的输入文件如下，为什么跑了三天还没有出结果，[图片]
[图片]
A:
级别太高所致
Q:
[图片]这也不是输入文件
A:
用aug-cc-pVQZ居然还不用(T)
以为aug-cc-pVQZ是闹着玩呢
Q:
几个原子啊
16个
据说16个
A:
没准算半年
Q:
降到 TZ级别不知道能减轻多少
不过 aug-一加好大
A:
CCSD(T)/cc-pVTZ就已经很吃力
真是不知深浅
Q:
好的，谢谢
OA:
何况单核跑
研友说，他们组机子好
所以用这个level了
有32个核
我的是服务器
A:
这么算下去，100%延期毕业
OA:
[图片]
跑这个跑的我心惊肉跳。。。
跑了几天啦大师
跑了6分47s
可以给32个核，200G的内存，
对了，amesp 支持多线程么
几个核？多少的内存？
还不支持
。。。大师快搞多线程
等把方法做全了，再慢慢来
现在哪个软件不支持多线程
[图片]
[图片]
cc-pvnz系列的基组，除了cc-pvdz
其他的用起来都是心惊肉跳的。。。
优化级别本来就不一定要和光谱一样
qz的话，超过3原子，就不敢用了。。。
好的，谢谢
Aug也是特别耗时是吧？
如果没有必要就把aug去掉，然后降到tz，资源能给多少给多少，还有可能
对，你看你有没有特殊的理由和用处要用弥散
A:
CCSD(T)/aVQZ算这个你有500个核也跑不动
Q:
谢谢大家，昨天因为有些事情中途耽隔了，所以今天又问了一遍
OA:
要不要弥散你可以看看这个http://sobereva.com/119
Q:
好的，非常感谢大家
不知用 DLPNO-CCSD 能跑得动否
可以试试
A:
关键看参数，是精度和速度的杠杆
但用aVQZ依然是愚蠢的
Q:
cc-pvtz一般比较合适。
qz级别实在是太大了
是的，确实是不知深浅，看别人文献里用了就用了，还自己觉得自己的服务器很强大
A:
撑死了用aVTZ，然后aVTZ~aVQZ的校正在MP2级别下估
Q:
好的
A:
很普通的配置而已，36核256G内存不到3W就拿下来
Q:
那有10个节点也就是30万左右
老师，您能给个具体配置的清单么？？就是当您自己用
A:
https://item.taobao.com/item.htm?spm=a1z10.5-c.w4002-16604030118.19.1499f7334uPEZZ&id=546444365975
32G一条1600，插8根
再来个4T企业级硬盘也就加1100
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2017.07.05 09:18:40
Q:
请问老师，在溶剂化中用了SMD模型，现在审稿人说“ Please spell out 'SMD' in full at the first mention”，该怎么回答呢？
第一次使用SMD不要用简写直接全称
后面的直接缩写就可以了
A:
没有标准全称
非要全称就写solvation model universal
或者
Solvation Model Based on Density
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2017.07.05 09:22:13
Q:
老师，用一种方法优化结构，另一种方法计算光谱，理论上来说不是合理的么
A:
完全合理
Q:
那跟实验对比还有效么，这是审稿人给写的
A:
审稿人完全外行
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2017.07.05 09:22:13
Q:
在哪里改才可以加大允许的运行圈数？
A:
看手册
Q:
[图片]
A:
加大这个99%的情况没用
Q:
那应该怎么办呢？改什么参数吗？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
找spartan里相似的关键词
最好就是根本甭用spartan，完全非主流
Q:
好的谢谢老师
刚学啥都不懂呢得慢慢看
A:
初学者用spartan是误入歧途
Q:
那应该先学什么啊？老师请指教
A:
群里用spartan做量化的估计超不过5个人
初学者不用高斯还用什么
Q:
高斯也下了的
A:
电脑初学者难道不用windows？
Q:
好的我先学高斯
A:
起码精度很烂
Q:
只用spartan只计算构想分布合适吗？
A:
不合适，太糙
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2017.07.05 09:29:01
Q:
如果没有电荷转移情况，b3lyp计算的激发态性质通常没问题，如果一个分子激发态存在一定的电荷转移，那么b3lyp研究的激发态性质是否还有意义？
A:
无意义
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2017.07.05 09:29:01
Q:
老师，优化结构和光谱用的方法不一致时，单点能的方法应该与光谱一致么？
A:
看你算这个想干嘛
Q:
计算激发态质子转移
包括了势能曲线
A:
你算激发态时候直接就给出了激发态能量，根本不牵扯单独算单点能的事
Q:
但是与实验值光谱相差比较大
M06-2x蓝移的厉害
A:
如果不管光谱好赖，算激发态质子转移曲线就用诸如B3LYP之类算基态反应常用的就可以
M062X也完全可以
Q:
很奇怪的是PBE0和B3LYP在基态结构的基础上优化，存在Normal结构，而用cam/m06直接扭了
问题是b3lyp电荷转移跟cam相差不较大
A:
用wB97XD
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2017.07.05 09:38:37
Q:
请问高斯可以算荧光效率吗？
A:
如果你指荧光速率，TDDFT算出f，根据爱因斯坦公式算出激发态寿命，取倒数就是
Q:
是荧光量子效率，不是速率
A:
没法直接算，牵扯很多其他因素
Q:
哦，photo damage这个可以算吗？
嗯，photo-damage这个也算不了吗？
A:
你这个问题问得不够具体
就像问高斯能不能算化学反应一样
Q:
分子的photo damage机理
A:
恰当使用，就能算
Q:
哦，这有什么博文或者例子学习吗？
A:
just google
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2017.07.05 10:05:08
Q:
aVTZ~aVQZ的校正在MP2级别下估，老师，这个矫正是怎么计算得到的，不矫正发论文cc-pvtz的能量数据现在普遍能得到认可吗？
A:
当然能认可
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2017.07.05 10:06:58
A:
各种后HF方法精度简单横测
http://sobereva.com/378
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2017.07.05 10:08:41
Q:
sob老师，我想请问下，似乎从g09d开始就没有opt=gdiis这个选项了吗？（我输入opt=gdiis会报关键字错误）。查官网也只有默认的gediis了，那么是不是说gdiis已经不能用，还是说关键词变了？谢谢！@Sobereva
A:
可以用
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2017.07.05 10:09:42
Q:
大博士，Bredow提出的这个基组看了原文也没明白，用简单的甲烷测试了一下，发现他的基组只改动了几个地方，没什么大的创新，对此基组大博士有什么看法
[图片]
A:
这基组是专门算固体的，算分子体系不会比原基组有什么好处
直接用算分子体系的基组在Gaussian或CRYSTAL里算PBC，由于有的基函数弥散程度略高，容易出现数值问题，他们的基组避免了这点
Q:
给PBC计算使用的？看来我使劲错了地方。但是第五周期就没有了定义，感觉还是不如平面波基组来的更好
A:
我记得你那次参加基础班的时候讲PBC的时候已经提过了啊
就是pob开头的
Q:
我因为不做周期体系，所以从来不复习那一块……/擦汗
看到了，复习的时候我只关注了量子化学这一块，几乎不看周期性体系计算这一块
怎么突然对这基组感兴趣了/斜眼笑
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.05 10:26:18
Q:
linux下转化成fchk文件，在win下打开出现这样的错误
[图片]
请问谁知道打开fchk文件为啥会这样，谢谢[图片]
A:
用Multiwfn打开，如果没报错的话，然后再用主功能100的选项2转化成fch文件，gview就能认了
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2017.07.05 11:27:31
Q:
老师好，可以推荐一个量化程序输入文件格式转换的工具吗？譬如可以把高斯输入文件转换为vasp的输入，嘿嘿多谢啦
谢谢老师，嘿嘿是我之前使用过一个转换的程序，可以转换各种程序间的输入文件，现在记不得了[表情]
A:
没有这种程序，倆程序特征差十万八千里。你要说高斯转成ORCA、GAMESS-US之类的输入文件那倒还行，自己写一个也很简单
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2017.07.05 11:42:03
Q:
[图片]请问gromos力场的这些二面角参数是不是对应出错了？怎么感觉180.000是相位移，2.67是力常量啊？
A:
注释里顺序写错了而已，不用管
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2017.07.05 12:39:57
Q:
卢老师，multiwfn安装包里没有disdll_d.dll文件？我想安装一款TAFF（福井函数拓扑分析软件），该软件与multiwfn协同使用，安装说明提示该文件在multiwfn安装包里，可是我没找到。所以向您请教。谢谢
A:
老版本有，新版本没有。你可以去官网上提供的百度网盘链接里下老版本
----------------------------------------------------
2017.07.05 12:46:47
Q:
请教一个问题，这个算带隙是从红线那里计算还是蓝线那里计算[图片]谢谢
A:
UV-Vis和HOMO-LUMO gap没有直接对应关系。后者只能做DFT计算来求
----------------------------------------------------
2017.07.05 13:31:54
Q:
nmr 计算g因子需要单独命令么还是说nmr=spinspin就自动输出？
个人愚见
还有一种可能，自由基这种，多重度，自旋是不是也有影响把。
A:
直接写NMR就完了，根本不用spinspin
----------------------------------------------------
2017.07.05 14:43:15
Q:
老师，multiwfn能否将cub文件中两个点之间的数据输出？
两点连线上的数据
A:
可能和你通过三个原子定义的平面具体情况有关。如果你不需要投影到XY平面就没必要管那个
----------------------------------------------------
2017.07.05 15:24:13
Q:
[图片]各位老师，GV画轨道总是报错，求指导@Sobereva
A:
可能gaussian和gv安装的路径太长了
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2017.07.05 16:00:54
Q:
从linux系统里拖出来的chk文件打不开？各位老师能帮忙看看嘛？[图片]
如何转？
是一个转化的软件？
A:
怎么转换看
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
----------------------------------------------------
2017.07.05 18:24:42
Q:
老师：我求助下关于Multiwfn拓扑分析的问题，百度搜索显示：“Multiwfn的AIM分析用的距离单位是Bohr，那么电子密度的单位也就是e/Bohr3，在网上查到1 Bohr=0.529177249埃，那么，AIM临界点的电子密度应该除以0.529177249的三次方，才会得到以e每埃立方为单位的电子密度吧？
Multiwfn中导出的临界点处的电子的拉普拉斯密度要除以0.529177249的五次方才会得到以e每埃五次方为单位的数值？
这种说法正确吗
A:
对
----------------------------------------------------
2017.07.05 19:06:58
Q:
好的
有没有熟悉MD的？
A:
有问题直接问，看群规
Q:
对一个初始结构不太合理的体系做MD能得到合理的稳定结构吗？
A:
先优化再MD，否则一开始容易崩
----------------------------------------------------
2017.07.05 19:21:48
Q:
陈老师，参加过动力学培训班的这次培训不可以优惠么？
热力学组合方法不是看最后就可以了么
A:
不能优惠
----------------------------------------------------
2017.07.05 19:21:48
Q:
[图片]算单点出现这个错误，求指教
A:
甭用qc
Q:
可是不用QC不收敛，试了所有不收敛的解决办法都不行，最后试的QC，一个结构算出来了，这个就出现这个错误@Sobereva
A:
不存在唯独只有qc才能解决的情况
更不要以为用了qc就万事大吉了
极难收敛的情况qc真的收敛了，往往也收敛到非基态波函数上
所有可能解决不收敛的办法在博文里已经说明了
没解决说明没恰当使用
Q:
那出现508的错误就是因为使用了QC?
大多数不收敛都是结构不合理或者是奇葩
另外就是基组容易带来问题。
A:
显然是
----------------------------------------------------
2017.07.05 19:21:48
Q:
老师，我还想问一个问题，我们可以用mutiwfn的adndp分析双自由基中的单电子，也就是1c-1e吗？@Sobereva
A:
可以
----------------------------------------------------
2017.07.05 19:21:48
Q:
卢老师，multiwfn误输入了一个功能选项，如何退出该功能操作返回上一级？
A:
看界面，有退回的选项就选，没有就重新启动Multiwfn
Q:
谢谢，重启后内存的格点等数据也不负存在了吧？
A:
是的。
或者你凑合把剩下的操作做完然后再回到主界面
----------------------------------------------------
2017.07.05 19:21:48
Q:
老师好，我再求助下：在Multiwfn软件中分析拓扑分析时，得到的动能电子能量密度G(CP),电势电子能量密度V(CP)和电子能量密度H(CP)的单位是au吧，如果单位换算为kJ mol-1 bohr-3的话，该怎么转换呢？谢谢您。
1 au =xx kJ/mol 网上查一下就知道了
1 A.U.=1 hartree =27.2114 eV =627.5095kj/mol
整条路径里显然都要一样。焓为负有可能是正确的，但需要保证你没犯其他错误
有的书上写的是1 A.U.=1 hartree =27.2116 eV
627.5kcal吧
A:
27.2114
Q:
对 kcal/mol
A:
甭看中文书
Q:
周公度那本书写的是不是错误很多？
当年靠那个入门的
A:
http://gaussian.com/constants/去这里看current value
那本书和量化有关的别看，其它介绍概念的可以看看
----------------------------------------------------
2017.07.05 19:21:48
Q:
请教一个问题，对一个体系做分子动力学可以得到一个稳定结构吗？如果初始结构不是太合理，能得到稳定的结构吗？
A:
恰当使用就可以得到
SDD。更好点就用def2-TZVP
Q:
我发现跑完MD以后结构没变化，还是和原来的初始结构一样的。是不是我没有把最后结构导出来。我是用atk做的md
A:
操作问题
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2017.07.05 19:21:48
Q:
老师您好，我这里想计算一种离子共融体DES（deep eutectic state), 体系里有有机配体，有金属Zn离子，我想使用混合基组来算合理吗？泛函我想用B3LYP,根据您的经验想让您推荐一下针对Zn离子用什么基组优化的时候较好，麻烦您了，非常感谢。@Sobereva
A:
SDD。更好点就用def2-TZVP
Q:
老师，放射性元素Ru适用于哪个赝势基组，lanl2dz行不行呢？
优化计算的时候
[图片]
老师，这个我看了
3-21G感觉有点精度低
A:
别看这个，坑爹的
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
任何基组选择问题，只看这两个
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2017.07.05 19:56:46
Q:
并且在下图这个界面右击，没有发现savedata选项。谢谢~
[图片]
A:
[图片]
点右键就有啊
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2017.07.05 20:33:05
Q:
各位老师，用GV打开fchk文件出现[图片]，重新opt freq后还是这样，是怎么回事？
路径都是英文的
也不知道怎么回事
A:
程序版本的事。
Multiwfn载入fch，然后用主功能100的选项2转化出新的fch再载入gv
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2017.07.05 21:56:00
Q:
老师，我用Multiwfn做格点数据处理，选8 output data points in a plane defined by three atom indices。我在最后一项If project data to XY plane，如果选2=no，输出正常；如果选1=yes，得到的txt文件的前两列都是NaN，第三列都是0。这是什么原因？
A:
settings.ini里iuserfunc设成-1，然后载入此cub文件，之后用主功能3绘制曲线图即可。
不过这是用的cub的数据通过线性插值得到的函数值，如果cub里的格点间距较大，图像可能不很平滑
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2017.07.05 22:42:45
Q:
老师您好，使用福井函数判断更容易被亲核进攻的位点时，是否只需要对比分子中 H 位置的ƒ+值？值越小越容易是吗？感谢老师
A:
越大越容易
考察什么位置上的要对反应有基本的认知，只对比可能发生反应的各个位点的大小
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2017.07.05 23:35:48
Q:
问下各位，NPA电荷在两个离子结合的体系中应用合理吗？
A:
看你考察什么，诸如你要通过原子电荷考察它们静电相互作用，显然不能用，因为对静电势重现性太差。看群文件里《原子电荷计算方法的对比》
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2017.07.06 00:32:50
Q:
POST-HF做NBO分析和相同结构下的HF做NBO分析有区别吗？
A:
当然有
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2017.07.06 00:41:31
Q:
各位老师同学，请教个问题：我做了个理论计算。看一下能量的跃迁。HOMO是113，LOMO是114.计算结果如下。根据Cl值最大，应该是112-113，但是对应的是HOMO-1到HOMO的跃迁。这个选择对吗？还是选择一个Cl值相对小一些的，比如110B ->114B ，对应HOMO-3到LOMO跃迁？[图片]
A:
说明你的最终目的，想要干什么
Q:
就是计算了一个三重态能量的跃迁。但是不知道。这个轨道的选择，该按照哪个？
A:
选择轨道干嘛
Q:
有从HOMO-1到HOMO的跃迁吗！？
选择轨道，看发生的概率
我也是刚接触，不知道做的对不对
A:
你完全没理解正确电子激发的描述
仔细看
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介
http://sobereva.com/91
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2017.07.06 00:44:05
Q:
各位老师，我在使用genmer做三个分子团簇初始构型分析的时候，genmer界面出现下图所示，最后得到的traj.xyz在VMD导出为.mol2格式观看时只显示其中一个分子，是因为我初始的分子.xyz文件不对么？
A:
当前genmer就没跑成功，输入的xyz文件有问题，没有用元素名来命名原子
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2017.07.06 00:45:38
Q:
还有请问下M062X算出的反应能垒比B3LYP算出的普遍偏高，讨论的时候别人经常会提到问为什么算出的能垒这么高，（B3LYP的话会低10kcal左右，别人可能也就不会注意到高了），当用M062X算反应时，请问下这样遇到讨论该着怎么回答呢？
A:
大量测试文章都已经证明M06-2X比B3LYP算势垒精度明显要高
一般趋势是HF成份越高的泛函势垒算得越高
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2017.07.06 00:56:04
Q:
老师，那么我如果选择轨道跃迁，来计算电子云的时候，是按照系数最大的选择吗？
A:
你都没弄清楚电子密度是怎么计算的
你问的问题完全莫名其妙，不知所云
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2017.07.06 01:15:04
Q:
[图片]
请问我只是算一个钴原子
为什么会没有频率呢？
[图片]
打开文件后会出现这样的提示
但是输出文件又是正常结束
这样算出来结果正确吗？
A:
不用管
gv6的时候就可以选择不再显示这个提示
一个原子算什么频率，基础知识完全为0
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2017.07.06 01:16:24
Q:
[图片]这句话是什么意思？检查完输出结果，我不是太明白这句话的意思，所以就在群里请教大家。
A:
就是只算单点
Q:
我的困惑是在CBS 单点计算中，结果输出中显示[图片]
A:
甭管这部分
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2017.07.06 01:23:50
Q:
hub大法是网址后面加sci-hub.cc?
A:
群规里写明了
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2017.07.06 02:02:10
Q:
老师，如何计算分子整体偶极矩
A:
输出文件搜Dipole moment
OA:
这不是默认输出内容么
Q:
优化完就有吗
OA:
四级矩八级矩都有
默认流程内容
Q:
老师让算偶极矩判断分子极性，不明白什么意思
A:
问他啊
什么是偶极矩，学过大学物理起码都知道这点
OA:
化学里极性的概念远不只是偶极距
Q:
那还有啥？
OA:
电势按场源展开，第二项就是偶极矩贡献
Q:
极化率？
A:
很小体系才能用偶极矩衡量极性
稍微大点的体系都得讨论局部偶极矩，或者用多级展开
OA:
1,4-二氧六环的偶极距是0，但任何意义上都是极性溶剂
Q:
这是因为大体系不满足偶极近似吗
我的就是小体系
A:
此时偶极矩来衡量电荷分布太粗糙
Q:
如何衡量？
OA:
我记得偶极近似的条件是观察点距离远大于场源电荷分布线度
A:
没具体体系没法说
OA:
我感觉“极性”挺难用基础物理量表征，例如反应溶剂讲极性大小、柱层析里讲极性大小等都是分子和两种以上的其他物质相互作用的强弱。可能应该用分子间弱相互作用的一大套东西分析
A:
极性这个概念太含糊，即便是理论化学里，都没有唯一定义
Q:
是
A:
不给出明确定义，如何计算、表征就无从谈起
Q:
算个非对称的聚乙烯球的偶极矩比水的偶极矩还大
对了，除了偶极矩，还有什么可以表征分子极性的？
A:
对大体系，“分子极性”已经不是个好的概念了
而且对于柔性体系，构象还直接影响偶极矩/所谓的极性
Q:
C15H24N2O 42个原子
老师着急要
这还小
偶极距根本不能很好的衡量
A:
甚至根本没意义
急着要垃圾数据不知道是什么心态
Q:
双原子分子、或者就几个原子或许还可以用用，其他就算了吧
这也不好说
说不定人家老板自有想法
A:
可能性<1%
Q:
或者人家老板坚持认为可以
A:
垃圾数据是从客观角度说的，不是他的主观角度
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2017.07.06 02:02:10
Q:
Sob老师您好，我想请教一个激发态的问题：我最近在用Gaussian做一些热激活延迟荧光分子（TADF）的计算，主要想计算单重态和三重态之间的能差。通常来讲S1的能量比T1的能量要高，但是我算了好几个分子都发现T1的能量要比S1的能量高，导致EST=ES-ET小于零。我试过更换不同的泛函和增大基组，情况都是一样的，不知道为什么会这样。我上传了两个简单分子的输出文件，命名为test_s1.log和test_t1.log，想麻烦老师帮我看看，非常感谢！
A:
必须用相同的结构
不是相同结构没有T1比S1能量低的普遍结论
Q:
那就是说计算垂直激发的带隙了吧
哦哦，我以为都是要在各自的优化结构下算呢，谢谢老师
A:
和带隙有什么关系，分子体系根本没这个概念
Q:
那这个相同的结构是否都采用基态下的几何结构吧？
不好意思，我这里的带隙指的是单重态和三重态之间的能量差，抱歉说法有问题
对，我就是参考了这样一个图，所以将S1和T1态的几何结构都优化了，结果就计算出T1的能量比S1的大
我算的绝热的
通常来说绝热情况下T1能量也应该比S1小才是
但是不知道为什么我算出来是相反的
哦哦，我算了好几个分子都是这样的
A:
先算一些典型体系，确认计算方法、过程合理
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2017.07.06 03:35:30
Q:
[图片]老师您好，我看了11年的帖子说可以算分子极性，现在还有效吗？
那直接优化完就有了/冷汗
老师，这是我优化完的结果，出现偶极矩不同时什么原因？
[图片]
A:
甭听他的，完全误导。
偶极矩输出文件里直接就有了，根本不需要单独算
而且更用不着AIMALL，其它额外的分析Multiwfn全包办了
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2017.07.06 05:30:16
A:
公告：因此人严重学术不端，而且居然歪曲事实损害sobereva声誉，此人已被踢出此群，并且永久性禁止加入。请群内各位严格遵守学术道德。代发、论文转让是卑鄙行为。
Q:
/赞
/赞
/赞
/赞
支持，就该永久禁止这样的[emoji]
/赞
学术不端
A:
希望本群能成为学术界一股清流
Q:
/赞
A:
以后群里禁止再争论中医的事，违者禁言一周
不，禁言一个月
Q:
/呲牙
/赞
A:
十大引战话题，中医绝对算一个
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2017.07.06 06:23:19
Q:
老师，我想问下高斯计算中如何得到一个构型的动能数值~
A:
如果你指电子的动能，输出文件里KE=后面的就是
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2017.07.06 07:22:24
Q:
请问下各位老师，使用高斯如何计算键解离能，关键词如何设定，或者有没有相关的帖子，我自己来看
A:
一开始提了
通过柔性力常数考察键的强度
http://sobereva.com/364
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2017.07.06 07:24:49
A:
不会不同
默认就是读取最后一帧。chk记录的也是最后一帧结构
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2017.07.06 07:24:49
Q:
老师，分子优化正常结束，我单独算的频率出现虚频，我将虚频中对应坐标绝对值大于0.1的除以2，替换优化后坐标重新计算频率，结果出现错误[图片]
A:
结构不合理，原子离得太近，提示中已经注明了
你的做法多余，直接用gview按照虚频模式调节，滑杆拉0.3左右通常就够了
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2017.07.06 07:24:49
Q:
计算反应能垒时，加入EmpiricalDispersion=GD3矫正后，结果不能指示反应的选择性？【气相，溶剂化效应中能垒都可以显示反应的选择性】
A:
意义不明。零阻尼D3校正对势垒计算结果影响通常很小
Q:
因为不同位点的反应能垒差异较小（3kcal／mol），加上d3，反应的选择性就混乱了。
A:
那就别加，直接用个较好级别的方法算
Q:
嗯，谢谢。【单点计算时用tzvpp，加单】
单点计算时用tzvpp，加d3后，还是不能说明反应选择性。
【我同同时也尝试了直接用tzvpp计算】
A:
基组是基组，理论方法是理论方法
基组def2-TZVPP，起码对于DFT，已经充分足够了
[图片]
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2017.07.06 07:43:38
Q:
[图片][图片]老师您好，我想用ONIOM方法，B3LYP优化一个没有金属的磷酸酶，含有的元素就是P、S、C、H、O，上面两个是输入文件截图和报错文件截图，请问这个是什么意思，如何解决？谢谢您
A:
读取额外补充的力场参数时出错。没细节没法说。也许是自定义的和自带的参数冲突了
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2017.07.06 07:52:10
Q:
老师，请问一下，有没有办法知道CO分子的pi键和sigma键对整个分子键能的具体贡献百分比呢？@Sobereva
A:
ETS-NOCV可能能算
不过没有严格的分离方法，本身是耦合的
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2017.07.06 08:41:11
Q:
老师，我还是不明白为什么nmr得到的g因子不是化学位移，而是esr对应的g因子，请老师讲解一下，谢谢
A:
NMR既给你用于计算化学位移的磁屏蔽值，也顺带输出g因子
Q:
老师，nmr得g因子理论上和esr的g因子方法不一样，一个抗磁一个顺磁，所以我这两个应该是不是不一样呢
A:
没听说过
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2017.07.06 08:43:14
Q:
老师，结构优化中出现了很小的虚频该怎么消去呢？
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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2017.07.06 09:03:29
Q:
上午好我想请教一个问题采用M06-2X/tzvp优化几何结构然后用PBEP86/def2-qzvp计算单点能可是得到的单点能比优化的能量高这是怎么回事呢？
A:
级别不一样，没法比
Q:
老师我用的这个方法和基组算出来的是高精度单点能吧
A:
PBEP86哪可能算高精度
如果指双杂化那个，打字时不要偷工减料
Q:
麻烦老师给我推荐一个方法和基组好吗
A:
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
DSD-pbep86-D3？
A:
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
各种后HF方法精度简单横测
http://sobereva.com/378
Q:
好谢谢
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2017.07.06 09:03:29
Q：
[图片]
[图片]
[图片]
老师您帮我看看这个怎么算不了呢
A:
别贴lxxx，贴正经的报错提示
提问Gaussian问题的注意事项；Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
Q:
最后一个就是报错信息
[图片]
那好我把D3这部分计算去掉谢谢您的回复
A:
用echo显示你定义的那几个环境变量，确认已经确实定义了
没定义则没法用D3校正
Q:
前面输入了四行export 是设置环境变量了的
A:
用echo来确认
你那提示就是没定义所致
Q:
sobereva老师 echo怎么确认啊/冷汗
sobereva老师 echo怎么确认啊[表情]
什么意思？
[图片]
A:
echo $GAUSS_DFTD3_S6
Q:
好的好的我再试试
[图片]
您看这是设置成功了呀
A:
必定是哪里没弄对，远程说不清楚
博文里的做法100%正确有效
Q:
他说unable to chosse S8 parameter
S8设置了么？
是的一定是有问题我再从新弄一遍
我确认一下S8哈
echo $GAUSS_DFTD3_S8
嗯设置了[图片]
8？
嗯
找到啦是这里的问题
应该是0
感谢感谢
A:
直接复制都...
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2017.07.06 09:27:10
A:
刚注意到wB97X-2就是基于范围分离泛函轨道做的双杂化，所以你就打消那个念头吧，有人已经搞了
Q:
QwQ
wB97X-2原来是双杂化啊
还以为是第二个姊妹篇
A:
恩，09年就出了
Q:
那雅各布天梯没法再搞了。。
感觉都黔驴技穷了
可以给这个泛函搞D3校正参数
A:
这个JCC新登的W4-17测试集的结果看了挺心寒的
[图片]
Q:
泛函这东西就是桌子不够板凳来凑
似乎物理思路达到了瓶颈
拼凑的啊
A:
好不容易拟合来拟合去，RMSD、MAE好不容降了零点几，但是换个测试集，结果又还不如原先的好
Q:
泛函这个东西，现在想找一个普适性好的真是越来越困难了
pbe么
我看一般做晶体的都是pbe
然后就是爱咋咋地
A:
明尼苏达系列就被Head-Gordon打脸了，从08年发展半天结果也没真正提升
Q:
M系列渐渐要被w系列替代了？
拟合来拟合去
mn15这个泛函，实在是无力吐槽
mn15：XX人搞出来的，无聊得很
A:
MN15侧重于平衡性，介于M06L和M06-2X之间，过渡金属和有机都照顾
Q:
加D3BJ使结果不太好？
A:
Yuanhe 是的。同一片文章作者martin曾经测试卤键计算的时候也发现这种现象
但这只是对双杂化而言
而且也并不对所有双杂化都适用。也可能他们拟合D3参数就没弄好
Q:
有MP2校正，弱相互作用即便没有色散矫正也没什么问题吧
MN15是否可以取代B3LYP了？
可能双杂化本身处理的就很好了，DFT-D3简单的校正方法的“普适性”问题成了瓶颈？
A:
Martin他们拟合DSD-xxx的参数的时候，是否加D3时也影响泛函本身的参数。可能加D3拟合参数的时候对某些方面有所偏颇，没考虑现在算原子化能的情况，结果一测还不如不带D3的版本
Q:
好像还有人说用原子化能衡量方法的好坏（实际用于化学反应能变）并不一定合理[图片]
最基本的物理理论需要有创新性的思维和突破，要不然老是修修补补，总归是近似
是的
2010年开始10年里似乎没有很大突破
7年了，该有大动作了
爆炸性的消息没有
A:
是的，我也不赞同老拿原子化能说事，毕竟谁也不算着东西。虽然原子化能计算的时候误差最难抵消
从实用主义讲，计算反应能、势垒的意义大得多
Q:
用那一个反应最好呢？
好像有有反应能垒的数据库
A:
是的，十几年前truhlar他们测试泛函就在不断积累数据库
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2017.07.06 09:34:45
Q:
老师，请问搜索两个自由基偶联的过渡态，自旋多重度1和3是不是都要考虑？
A:
考虑单重态就行了
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2017.07.06 09:37:10
Q:
xB97X-2 哪些软件支持？
ORCA好像没见到过。G16也许有？
A:
Q-Chem、GAMESS-US
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2017.07.06 09:47:57
Q:
老师是不是两个自由基偶联时两个单电子方向相同的单重态更稳定？
A:
偶联完了通常是单重态最稳定，所以TS也用单重态
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2017.07.06 10:03:26
Q:
请教各位老师。
我在计算键级 bond order
然后手册上有mayer bond order 和 fuzzy bond order。我想问一下一般用哪一个？
手册说fuzzy 的基组敏感减少，但是fuzzy的意思是模糊的，失真的.
有点选择困难
A:
模糊是指的模糊空间划分
平时就用Mayer键级就完了，如果当前体系不得不有弥散函数，则用fuzzy bond order
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2017.07.06 10:04:49
Q:
[图片]各位老师，qchem作业在这儿就不走了，这是怎么回事？
A:
小众向收费程序问题直接问客服为宜
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2017.07.06 10:18:36
Q:
[图片]噫。。刚发现帖子更新了。。增加了几个泛函。话说 wB97XD沦为不常用的泛函了吗？似乎没有被加粗
A:
算电子光谱的话，X比XD多数情况更合适
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2017.07.06 10:21:03
Q:
高斯计算错误
关键词：# mp2/aug-cc-pvtz SCF(novaracc,noincfock) int=acc2e=12
出错信息：
[图片]
求大神支招
A:
用E.01
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2017.07.06 10:24:20
Q:
各位老师好！能不能打扰一下：Jaguar 9.1 软件中熵的单位是什么？是J/mol/K吗？
A:
看手册，看输出的提示，实在弄不懂就和高斯找个小体系对照
jaguar比spartan还小众
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2017.07.06 10:24:44
Q:
[图片]求问图里跃迁的百分比是怎么算得的?
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
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2017.07.06 10:26:10
Q:
打搅各位，本人想买个工作站，2W以内，只做计算，不玩游戏，哪位从淘宝上DIY买过，烦请推荐
A:
不要在群里和论坛里24小时内问同一问题
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6273
Q:
大博士一眼就能看出是同一个人？
好的，不好意思
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2017.07.06 10:26:10
Q:
最近看上社长发的那个店里的E52696V4的那台机器，性价比咋样啊
A:
昨天去店里看了，钱也付了，可能今天下午就送到
Q:
噫社长又买新机啦
社长买的就是这个？44核心的？
A:
不是“又”
36核
44核那个频率有点低，不值
Q:
请问社长买的是那个13799那个嘛？
睿频3.8我的天
A:
是，升级了配置，又多花了一倍钱
Q:
谢谢
[图片][图片]这两个差不多啊
一般除了内存和硬盘还要升级啥啊
社长加计算卡了？
多花了一倍的钱
A:
22核的两颗贵了7000，不值
Q:
社长你升配置都升了啥啊，除了内存和硬盘
估计买显卡了？
A:
还加了个光驱
集显
自家有个GTX770到时候打算插上
Q:
不是价格翻倍了吗
不是价格翻倍了吗
谢谢老师！/西瓜
计算服务器加光驱干啥使啊
A:
本来想搞俩酷冷冰神II 120mm水冷，矛盾了很久，还是作罢
Q:
社长能否把你购买的机器配置分享给我一下
A:
方便啊
到时候论坛里发帖子
Q:
U盘安装也方便啊
哦，好嘞
买个冰柜，做好放水，把服务器放进去。比空调是不是便宜啊
。。。你还要考虑除湿
水冷是个好东西
一个冰柜可以放2u服务器7，8台
哈哈哈，好想法@糖
水冷的性能不好把握啊
A:
比如说高湿，寄来光盘，服务器有光驱直接就拷了，省得倒一下
Q:
冰柜制冷功率太低了，用不了的
冷冰神II 120mm水冷还是乖乖贼船吧，我怕漏
我这是冰冷
A:
冰神是高端水冷，不会漏的
而且冰神II几乎是目前最好的水冷
现在像样点的水冷厂商，漏液弄坏机子都是全赔的
Q:
竟然还比贼船便宜
下一个机子我也打算水冷。。。天热现在家用机的CPU和显卡都60+度了。。还不是满载
A:
先用标配的风冷看看情况，声音小满载压得住的话就不换。毕竟120热排版一个还699，贵得很
水冷要用就用高端的，中、低端的还不如风冷
无论是性能和噪音都不占优势
Q:
水冷不用除尘啦？
A:
水冷的热排的风扇照样积灰
Q:
热排=热量排走？
A:
恩
叫冷排也对
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2017.07.06 10:35:24
Q:
用TD-DFT计算荧光，结构一直不收敛，有什么方法加快收敛么？这是输入文件：%mem=20GB
%chk=C42-N1-E2-emi.chk
#p opt td=(nstates=3) b3lyp/6-31g(d) scrf=(solvent=water,pcm)
Required
0 2
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
[图片]请问各位老师，我分别计算 fuzzy键级和mayer 键级，6-31g（d）基组。为什么结果差这么大啊？
A:
就用Mayer键级就完了。极性越强的键，差异越大。没弥散函数时，如果差异大，信Mayer键级
----------------------------------------------------
2017.07.06 10:59:45
Q:
sob 老师，一般gaussian 跑IRC所用的方法属于steepest decent method方法吗？
A:
不属于
Q:
奥奥，谢谢sob老师，那加什么关键词可以采用这种方法？
A:
什么意思？你要算IRC还是干嘛？
IRC的基本算法这里都介绍了
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
Q:
是的，要算IRC。相关文章中的ASM模型说是需要用这种算法计算IRC
A:
你就用高斯自己的IRC做呗
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2017.07.06 11:09:40
Q:
sob老师，不好意思，我是菜鸟，想向您请教下，像刚才说的E5-2696 V3这样的服务器，平常维护时需要注意哪些事项，以保持稳定性啊。
A:
没什么要注意的
----------------------------------------------------
2017.07.06 11:10:18
Q:
请问老师，Spin-polarized density-functional calculations including spin–orbit coupling看到文献有这样的叙述，请问这表达什么，（考虑不同的自旋多重度的基础上加什么关键词）
(Enter /apps/g09/l123.exe)
IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC
------------------------------------------------------------------------
INPUT DATA FOR L123
------------------------------------------------------------------------
GENERAL PARAMETERS:
Rxn path following direction = Forward
Maximum points per path = 40
Step size = 0.100 bohr
Integration scheme = GS2
Max correction cycles = 100
Initial Hessian = ReadFC from chk
Hessian evaluation = All updating
Hessian updating method = Bofill
------------------------------------------------------------------------
******** Start new reaction path calculation ********
RCFC Option Requested - Data Read From Chk File:
"Ni_SIPr.CyCO-NBnBoc_C-N.cle.TS.wB97XD.wB97XD.IRC.forward.chk"
LRWHes = *** LHess = ***
GetHes: LRWHes > LHess!
Error termination via Lnk1e in [表情]/apps/g09/l123.exe at Wed Jul 5 11:02:18 2017.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 5.3 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 53 Scr= 1
(Enter /握手/apps/g09/l123.exe)
IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC
------------------------------------------------------------------------
INPUT DATA FOR L123
------------------------------------------------------------------------
GENERAL PARAMETERS:
Rxn path following direction = Forward
Maximum points per path = 40
Step size = 0.100 bohr
Integration scheme = GS2
Max correction cycles = 100
Initial Hessian = ReadFC from chk
Hessian evaluation = All updating
Hessian updating method = Bofill
------------------------------------------------------------------------
******** Start new reaction path calculation ********
RCFC Option Requested - Data Read From Chk File:
"Ni_SIPr.CyCO-NBnBoc_C-N.cle.TS.wB97XD.wB97XD.IRC.forward.chk"
LRWHes = *** LHess = ***
GetHes: LRWHes > LHess!
Error termination via Lnk1e in /握手/apps/g09/l123.exe at Wed Jul 5 11:02:18 2017.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 5.3 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 53 Scr= 1
A:
用U计算，旋轨耦合怎么考虑看具体情况，诸如
用NWChem做SODFT在DFT计算中考虑旋轨耦合效应
http://sobereva.com/368
----------------------------------------------------
2017.07.06 11:15:03
Q:
老师请教一下，CuCl2- 中 Cu-Cl mayer键级从0.7变到0.6，所以mayer键级减小，键变弱，键变长，键极化，离子性增强，共价性减弱
这一句的结论对吗？
和谁比从0.7变成0.6
就是Cu-Cl本身。
比较键的极性直接去算键偶极距是不是更合适？
A:
说键变弱，键变长还行，不要过度推论键极化
----------------------------------------------------
2017.07.06 11:22:07
Q:
sob老师您好：能不能冒昧的问一下：Dunning’s
correlation consistent triple-ζ basis set cc-pVTZ(-f) that includes a double set of polarization
functions.这个cc-pVTZ(-f)是高斯的内置基组吗？为什么我写了 m06/cc-pvtz(-f)就出错了？
A:
自己修改基组定义，把f极化砍掉
----------------------------------------------------
2017.07.06 15:51:54
Q:
老师，麻烦您，我再多问一句，调到0.3后重新算一下频率，对么？
A:
调完了得优化啊
----------------------------------------------------
2017.07.06 16:46:23
Q:
老师，您好，我想问的是整个结构的动能数值
A:
去google Maxwell-boltzmann分布了解理想气体温度和动能分布的关系
如果是指振动基态下核振动动能，就是ZPE
Q:
[图片]老师，您说的这个就是电子的动能值吗~
----------------------------------------------------
2017.07.06 16:52:09
Q:
老师我优化和频率是分开计算的，优化正常结束，4个yes，单独算完频率出现的虚频，调到0.3后还需要优化么？
A:
当然优化
手动能调到极小点结构去就新鲜了
----------------------------------------------------
2017.07.06 16:59:20
Q:
请问下老师在算反应的时候，统计的能量一般为吉布斯自由能还是电子能量就可以了？
A:
吉布斯自由能
Q:
两个能量的趋势是不是一致呢?
A:
通常一致
Q:
在统计吉布斯能量的话，是不是统计这个值就可以了[图片]
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
----------------------------------------------------
2017.07.06 17:05:11
Q:
老师计算过渡态时加了calcfc 如果计算能量差则同一路径上的其它中间体也要加calcfc重新算一遍吗
A:
不用
----------------------------------------------------
2017.07.06 18:20:32
Q:
Multiwfn能否计算原子的极化率，需要各向异性分量和平均值？谢谢@Sobereva
A:
参考此贴
http://bbs.keinsci.com/thread-5929-1-1.html
----------------------------------------------------
2017.07.06 18:33:53
Q:
老师，gaussian的软件发布文章和gaussian的说明书是两回事吧？
A:
哪有什么发布文章
顶多就是release note
Q:
额，，，有个老师非得让绑着找到软件发布文章
就类似您的Multiwfn , Lu T, Chen F (2012) Multiwfn: a multifunctional wavefunction analyzer. J Comput Chem 33:580–592
A:
怎么引用在官网和手册里都写着
----------------------------------------------------
2017.07.06 18:35:56
Q:
请教各位老师一个计算相互作用能的问题
[图片]
A:
要跟热化学数据比就用焓
纯理论讨论就用电子能量
----------------------------------------------------
2017.07.06 19:25:57
Q:
BSSE计算结合能的结果，同样的基组，M062X是20多，MP2是10左右（单位kcal/mol）,谁的结果可靠啊？
A:
显然M062X，除非是普通氢键
Q:
谢谢了，老师
A:
如果还和相互作用能不符，或许静电相互作用并非是主导，电荷转移等其它作用有显著掺入，导致找不到那个规律
凭什么用MP2，早过时了，除了算氢键以外比M062X烂多了，耗时还高多了
----------------------------------------------------
2017.07.06 19:29:45
Q:
老师过渡态及反应前体不加int=ultrfine算的能垒比加int=ultrfine后算的能垒差别很大（但这两种情况下的振动方式都是对的）是不是应该选择加int=ultrfine，这样的过渡态更精准？
实在没联网拍照就算了，还不调正了
A:
不是明尼苏阿达系列泛函加ultrafine多余
明尼苏达泛函加了有益
----------------------------------------------------
2017.07.06 20:02:41
Q:
请问老师，我用opt=modredundant语句进行固定优化，但后面加了freq=noraman，结果优化出来的最终结构有一虚频。请问这个结构接近过渡态吗？但有人告诉我固定优化不用加freq=noraman，这到底怎么回事？
毫无关联，freq=noraman是指不计算拉曼光谱，这对于DFT计算和后HF都是默认的。
而且柔性扫描只是得到过渡态初猜，要精确定位过渡态需要opt=ts。
A:
“固定优化不用加freq=noraman”完全是外行说的话
不懂装懂
----------------------------------------------------
2017.07.06 20:28:33
Q:
老师自由基对双键的加成过程中加不加极化函数对能量影响大吗
A:
必须加啊
[图片]
Q:
我以为只有质子转移或氢转移的时候才必须加极化函数。现在过渡态加了，前面中间体都没加，为了能垒正确，不是都要重算？
A:
说清楚是氢的还是重原子的极化
Q:
体系里没有氢转移也没有重原子含C,H,O,N原子过渡态没有氢或质子转移
过渡态是自由基对双键的加成
A:
仔细读
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.06 21:02:56
Q:
老师，我用已优化好的结构（基组是aug—cc—pvdz）计算体系失去一个电子后的单点计算试图得到其wfn，但计算结果因scf不收敛失败，我尝试用您提到过的方法解决，还是不行。不知何故？请您赐教
A:
除了这里提的没有其它办法，没解决说明没恰当使用
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2017.07.06 22:28:45
Q:
老师，键径长度（BPL）的数值用multiwfn可以计算吗？
A:
可以
Q:
谢谢老师
算这个BPL可以说明什么吗
感觉意义不是很大
A:
不大
但对于诸如有环张力等情况，键径会偏离原子间连线距离，此时通过连线距离和键径长度对比，能讨论点问题
----------------------------------------------------
2017.07.06 22:33:17
Q:
想问下，大家买的工作站的CPU都是拆机的嘛？
A:
显然不是
Q:
社长，你这次买的工作站是全新的CPU嘛？
A:
是
又不是很旧型号的CPU，哪来那么多二手拆机的
Q:
我问了下店家，店家说是拆机的CPU，还说拆机的和新的一样，没问题
A:
本来就是
Q:
全新的要加3K
A:
CPU又用不坏
----------------------------------------------------
2017.07.06 23:24:21
Q:
请问这种电子密度差图，可以导出更清晰的吗，截得图和保存的图质量差不多。但是好像有些粗糙。我试着用origin画导出的plane.txt,好像画不了[图片]
A:
改settings.ini的设置，把保存图像的像素设大点
Q:
还可以导出PDF？用multiwfn？
A:
当然可以
注释、手册里都写明了
----------------------------------------------------
2017.07.06 23:31:41
Q:
做反应路径的帖子能不能提供一个链接啊？多谢
多谢
做图的帖子呢？
A:
在Origin中绘制能量折线图的方法
http://sobereva.com/320
----------------------------------------------------
2017.07.06 23:59:52
Q:
请问大家gaussian计算出行这样的结果应该怎么处理呢?
[图片]
[图片]
这是输入部分~
A:
除了zindo以外都别写
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2017.07.07 00:02:17
Q:
问一个弱智的问题，药物缓释请问采用什么模拟方法和软件？gromacs可以做到么？如果可以怎么搭建高分子材料骨架？
A:
gmx就可以。建模估计得自己写点程序，手工建虽然也可以但太费劲
----------------------------------------------------
2017.07.07 00:05:12
Q:
请问对于负一价阴离子，隐式溶剂模型下单点能减去气相能量，作为溶解自由能，靠谱不？
A:
不好
Q:
老师请问对于负一价阴离子，隐式溶剂模型下单点能减去气相能量，作为溶解自由能，靠谱不？
A:
此为正规方式
误差比中性体系大几倍
----------------------------------------------------
2017.07.07 00:14:48
Q:
老师，m06-2x计算非谐效应怎么样
A:
不好
Q:
老师推荐几个方法除了b3lyp
A:
PBE0
Q:
明白谢谢老师
[图片]
老师，对于YC2分子，CC是双键，C-Y是单键？还是说C-Y处于双键和三键之间
A:
CC是双键，C-Y是单键
----------------------------------------------------
2017.07.07 00:32:47
Q:
老师，如果用基态结构 td（nstates） bomd这样跑出来的是不是一系列基态结构的激发性质？
A:
你这是在第root激发态势能面上做动力学，完全和基态无关
Q:
嗯，如果root=1就是 s1的激发态动力学吧
A:
y
----------------------------------------------------
2017.07.07 00:43:20
Q:
请问老师,我查看结构优化结果的时候(B3LYP-td / 6-31G(d) ),用GaussView5.0.8打开log文件和fchk给出的结构迥然不同(程序正常结束),请问哪一个结构才是最终的结果
A:
你这俩文件8成可能不是来自同一个计算
----------------------------------------------------
2017.07.07 00:51:46
Q:
老师，error imposing constraints是什么原因导致的？
A:
初始结构构象都不一样
----------------------------------------------------
2017.07.07 01:06:55
Q:
社长，您在过渡态的博文中所写的dimer方法什么软件支持啊
A:
VASP
----------------------------------------------------
2017.07.07 01:07:58
Q:
老师，反应加H+，用DFT算合适吗？
A:
合适
----------------------------------------------------
2017.07.07 01:10:28
Q:
脱氢离子的反应，假设一个带一个正电荷的有机物脱去一个氢离子的反应，我可以直接设置电荷位为1，多重度为1，这样去找过渡态，可以吗？
A:
可
----------------------------------------------------
2017.07.07 01:11:52
Q:
请问，怎么用multifwfn做自旋密度图啊？
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
----------------------------------------------------
2017.07.07 01:32:17
Q:
我想请问，我计算的chk文件用GaussianView打开时出错是什么原因
[图片]
这是我的输入文件
[图片]
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.07 01:42:15
Q:
大家好，我计算两个分子的BSSE，得到， complexation energy = -4.35 kcal/mole (corrected)，这个应该就是BSSE校正后的分子间相互作用吧？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.07.07 02:07:50
Q:
请问下老师，为什么我优化Ti+离子一直说收敛失败。这是我的输入文件
[图片]
[图片]
A:
自旋多重度设4
Q:
4的话就[图片]
成这样了
请问下老师这是什么原因
A:
单个原子优化什么
贴输出文件的报错，甭贴这些没用的
B3LYP/lanl2DZ
1 4
一点问题也没有
Q:
[图片]
这是4重态的输出文件
A:
都说了，别优化
单个原子你想优化什么？
Q:
我想知道2重态和4重态Ti+离子的能量
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2017.07.07 02:18:53
Q:
优化太耗时间了，10个分子，比较荧光是必须每个都优化吗？
A:
y
Q:
老板不理解，还让我一周做出来，心塞
我优化的基态
优化完了两个，感觉白做了、、、
手册上第一步是优化基态
我按照手册上的步骤来的
A:
把此文仔细阅读10遍之前不得看任何其它资料
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
Q:
我看过这个
A:
根本就没看！
看了还会问这种问题？
Q:
就是感觉看不懂，所以还是按照手册上的步骤在走
我一点理论基础都没有
A:
越没基础你就越看不懂手册
以你的水平，看那个手册，纯粹是掉坑里
Q:
手册上有作业例子，我不会写作业，只会模仿
A:
[图片]
我的博文里没例子？
Q:
有
A:
正是因为手册里那个例子写得太烂，容易使得缺乏理论基础的人被坑，更突显出这篇博文的重要意义
你按照手册里那个破例子，会白费几倍时间，甚至最后都得不到真正要用的数据
Q:
但是我刚开始，就找能直接拿来放在分子信息下头当输入文件的
A:
你愿意绕弯路也不拦你
Q:
我就是不晓得该选你的哪个
哪个例子
A:
我的博文写得还不够清楚！？
Q:
有点白痴
A:
关键词都给了，你自己把结构填进去就完了，这看不懂？
[图片]
这个看不懂，看手册里那个瞎鼓捣非平衡溶剂模型的例子能看懂就怪了，或者“自己以为看懂了”
----------------------------------------------------
2017.07.07 05:14:22
Q:
[图片]老师，请教一个问题，NBO的轨道是有正负相位的，是不是应该正的与负的重叠？还是同号重叠？
A:
简谈NBO间的相对相位问题
http://sobereva.com/191
----------------------------------------------------
2017.07.07 06:38:27
Q:
请教一个问题，国内做软件代理商的除了创腾，源资，宏剑外还有哪些，谢谢！
嗯嗯，还有吗？谢谢
A:
太多了，泰科、费米、鸿之微、绎模等等
----------------------------------------------------
2017.07.07 06:43:30
Q:
TDDFT 的 Tamm-Dancoff approximation 现在有没有用？什么软件可以做Tamm-Dancoff approximation？
Tamm-Dancoff approximation是用来解决什么问题？
A:
高斯、ORCA等都行。TDA比TD省时一点，但振子强度、转子强度烂，一般没必要特意用
----------------------------------------------------
2017.07.07 16:09:06
Q:
请问：用CBS-QB3计算，得到的自由能是298K下的，如果想得到其它温度下的，如何做？@Sobereva
A:
temperature=xxx
Q:
加入关键词，不能从chk文件读？
A:
看手册相应关键词
Q:
好的，多谢
你说的读取fchk是指？
[图片]
这样子吗？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.07 17:04:54
Q:
请问，计算TDDFT后，如何查看HOMO-LUMO轨道啊？具体轨道与数字对应起来啊？例如：[图片]
A:
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
----------------------------------------------------
2017.07.07 17:04:58
Q:
老师，请问一下，优化结构的时候如何减小步长上限
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2017.07.07 17:08:19
Q:
[图片]
各位老师好，对于这种中间过渡态和初始物质对比不仅有键的断裂形成还有结构上面比较大的扭曲的（左边那部分扭曲严重），过渡态怎么摆弄？我自己尝试摆了一个“自认为”很接近图中的过渡态然后算出来的结果一塌糊涂，体系能量单调减。
请教老师，对于这样的物质过渡态摆弄，除了将要断裂的键拉长1/3 还有什么其他的技巧吗？新手该如何面对这种需要扭曲的结构？
图很大可以放大看细节
A:
结构变化那么大，通常不是一步反应，要考虑存在诸多中间体的可能
----------------------------------------------------
2017.07.07 17:45:16
Q:
老师们，用高斯怎么做自旋投影啊
就是只有HF和MP2方法可以，是吗
A:
不是
我这幻灯片里只是举个例子
在考虑怎么做之前先弄明白原理
Q:
恩恩，老师，能帮我发一下您关于这个的幻灯片吗？
A:
他不都发了么
Essentials of Computational Chemistry-Theories and Models(2ed,Cramer)
Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen)
自旋投影在这里都有介绍
----------------------------------------------------
2017.07.07 18:07:37
Q:
思想家公社http://www.sobereva.com/不能看了？网址换了么？
A:
从来都没有www
每天群里贴那么多链接...
Q:
chorme自动加www很尴尬
没有吧，chrome加应该是之前就输入的www，用shift+Delete，在重新关联就好了
最早是有www的，后来改掉了
很早之前的事情
A:
我发的链接从未有过www
----------------------------------------------------
2017.07.07 18:11:51
Q:
请问：用定量静电势分析的极值相乘求和的思路去分析共晶稳定性，有些基团，比如羰基，出现两个极值相等的点，该如何处理这种情况？谢谢！
A:
得看具体的作用对象、和这个羰基可能的结合方式。如果一个羰基只能和另外一个lewis酸作用上，那就只当做一个极值点考虑
Q:
按道理只能和一个H结合。我是大规模的数据，不太容易一一看过判断，有无办法只显示一个极值点？
A:
你不理另一个，或者在后处理界面删掉另一个就行了
----------------------------------------------------
2017.07.07 19:09:04
A:
输出文件里又不含波函数信息，显然算不出来数据
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
----------------------------------------------------
2017.07.07 19:09:04
Q:
[图片]请问，我用origin画出来图怎么设置才能变成右边的图？
同问，我也出现过这样的问题
A:
关闭speed mode
----------------------------------------------------
2017.07.07 19:18:06
Q:
公邮现在还有吗？
A:
无
----------------------------------------------------
2017.07.07 19:34:27
Q:
Sob老师，不知道以前遇到没遇到这样的问题，gaussian卡在302。刚问度娘，有一两个案例，但都没解决办法。只能换电脑。好像是AMD不是Inter的原因。
A:
百度毫无用处。
跟CPU毫无关系
卸载系统里乱七八糟安全程序再试
----------------------------------------------------
2017.07.07 19:39:13
Q:
[图片][图片]老师，看了你推荐的博文，知道NBO里面的相位是随机的，不影响其物理意义，但是我做的体系里面正好有绿绿重叠和蓝绿重叠，怕审稿人发难，我是应该统一做成蓝绿（同号）重叠较还是蓝绿（异号）重叠好？求指导@Sobereva
A:
相位相同
----------------------------------------------------
2017.07.07 20:01:07
Q:
ORCA在用casscf计算大体系时候，选活性轨道用手册里面的cepa2可行不
A:
病句
----------------------------------------------------
2017.07.07 20:11:37
Q:
请问老师，gauss作计算的时候需要输入什么关键词，Multiwfn才会在读取fchk文件时候，自动显示HOMO LUMO能量及gap值呢？
A:
什么任务都行
Q:
如图所示：[图片]
但是我的td计算的读取就看不到啊
A:
用最新版本
Q:
3.4.1
[图片]
完全能看到
A:
3.4.1还没出呢，那叫3.4.1(dev)
Q:
我记得早期版本TD的 fchk是看不到 LUMO HOMO轨道提示的
3.4.1(dev)是这个版本
后来能看到
早期Multiwfn版本
A:
因为早期还牵扯到fch读取激发态密度矩阵，后来干脆撤掉了这个feature，免得造成混淆
所以TDDFT的fch，现在对于Multiwfn，和基态下做DFT载入的信息已完全一样了
Q:
加载速度也快了
A:
是的，优化了一上午
Q:
老师，解决了，可以看了。谢谢！
multiwfn太强大了，必须引用啊
----------------------------------------------------
2017.07.07 23:46:20
Q:
老师，有个问题想请教下，如下图，这里我需要对每个激发态都进行跃迁分析吗？还是只分析第一激发态啊？更或者是分析f=0.6值最大的第4激发态啊？
另外针对第一激发态，154(HOMO-1)->158 ; 155(HOMO)->156(LUMO)，157，158都有跃迁，是不是这时候采用electron-hole模块来分析比较好还是采用自然跃迁轨道(NTO)来分析好呢？
抱歉第一次做激发态，全靠学习老师在公社的帖子来做，问题比较多。
[图片]
你要对哪个激发态分析，取决于你的需求，你的目的
A:
除非某个MO对产生的贡献超过80%，从而可以认为产生主导作用，否则应当用NTO或者electron-hole来分析
Q:
老师，请问NTO或者electron-hole只分析第一激发态吗？还是f值最大的那个态啊？例如f=0.61这个第4激发态
A:
显然哪个态都能分析
Q:
老师，你好，目前就是不知道去分析哪些数据，
因为目前就是实验发现向化合物中加入一种阴离子后，溶液颜色从黄色转变为红色了，这样的话，我最后做些哪些分析啊？请问有什么好的建议吗？
A:
在溶质旁边把离子画上去，在计算光谱，看吸收光谱如何发生改变，根据补色图讨论颜色变化的原因
----------------------------------------------------
2017.07.08 00:18:41
Q:
sob老师～
要获得超线程的收益是，比如物理4核，超线程开启，然后依然申请4核运算么？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.07.08 00:21:20
Q:
[图片]
这网速
A:
论坛里就有GAMESS-US所有版本百度网盘下载
量化版-资源分享区
----------------------------------------------------
2017.07.08 00:35:53
Q:
请问老师氢键长度具体在哪个范围内呢？/可爱/可爱
A:
给体和受体原子距离应<3.5埃
----------------------------------------------------
2017.07.08 00:38:50
Q:
老师把纸撕成两半可以认为发生了一个化学反应吗…？
A:
只能说其中伴随着化学键的破坏
----------------------------------------------------
2017.07.08 00:51:44
Q:
请问老师LANL2DZ ECP这个基组适合做含有金属离子和Br或I离子的吸收和发光吗如果不可以，求推荐一个合适的基组
A:
有点low
看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
----------------------------------------------------
2017.07.08 01:20:34
Q:
老师，请问一下我用关键词NMR计算g张量，但是在输出文件里没有找到，麻烦老师帮我看一下是什么问题，谢谢
[图片]
A:
[图片]
gen改成genecp，否则赝势不起作用
----------------------------------------------------
2017.07.08 01:28:48
Q:
各位老师打扰了！请问高斯能不能算电子云密度，该用什么关键词啊？
A:
说明你最终想干什么、讨论什么问题
Q:
[图片]这几个分子的荧光变化挺大的，就想从电子云密度的角度来解释一下
谢谢老师
A:
从电子云密度讨论，只能激发态和基态做差，或者计算片段电荷的改变量，单纯分析基态的电子密度毫无用处
Q:
老师您好！分析基态的GAP有用吗？有没有什么方法可以找到原因？
谢谢老师您的建议
A:
CIS、TDDFT计算的CT激发能随CT距离的渐进行为的总结
http://sobereva.com/321
gap与激发能的关系看这里
----------------------------------------------------
2017.07.08 01:37:08
Q:
[图片] 请问这些EDD的相对大小能说明什么呢？
[图片]这些EDD的相对大小能说明什么呢？
A:
如果你是指对EDD变换后的函数的等值面的相对大小（即如图所示的，这绝对不叫EDD的相对大小），可以反映出电子和空穴分布的弥散程度差异
Q:
这和激发态波长或者荧光的波长有什么联系吗？
A:
没必然联系
Q:
为何要用EDD经进行高斯变换？
（是高斯变换吗？）
B是在A的基础上改变一个基团，A的激发态波长更长,但B的荧光波长更长，这应该从什么角度去解释呢？
[图片]
发射能
A:
是。为了去掉EDD的复杂分布特征，使其分布表现得更简单直观些
Q:
我看到手册里用这个定位空穴/电子的中心？
有一节这么变换的
A:
目的不在于定位中心，中心不做这个变换也照样能得到
----------------------------------------------------
2017.07.08 02:11:33
Q:
老师！gview可以显示电子密度吗？
A:
你先弄懂电子密度分布的基本特征
幻灯片：Multiwfn与波函数分析简介
http://sobereva.com/239
----------------------------------------------------
2017.07.08 02:47:23
Q:
sob老师，一个有机化学反应过程，从始态到终态能量发生变化，如何衡量能量变化来源于化合物的那些部分，或者说，不同化学键对能量变化的贡献？
能否用柔性力常数结合始终两态的对应键长变化来考察呢？
A:
这个或许有用
Mayer能量分解及APEX4程序使用简介
http://sobereva.com/90
Q:
谢谢老师，我看看这个博客；
那用力常数结合键长变化的做法是不是有问题呢？
A:
能在一定程度上讨论，但说服力有限
----------------------------------------------------
2017.07.08 03:38:24
Q:
[图片]
大博士，头像是谁？秋山澪吗？
A:
夜羽
----------------------------------------------------
2017.07.08 03:43:21
Q:
an effective approach
is based on a divide-et-impera (divide-and-conquer) strategy where
the two subparts **(dye and surrounding)** are treated with different
models.
那个dye and surrounding 应该怎样理解呢？
麻烦老师了。
A:
染料原子和附近的环境原子
----------------------------------------------------
2017.07.08 05:33:32
Q:
请问群主的公司做MD的培训吗
A:
看www.keinsci.com的科研培训栏目
Q:
时间呢
好的
A:
时间这里说了
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
----------------------------------------------------
2017.07.08 05:42:21
Q:
请教一下各位老师，在VMD中想要选择两条蛋白质骨架间的水，应该用什么逻辑语句呢？
A:
within 5 of xxx and within 5 of yyy
这里xxx,yyy是两个蛋白的选择语句
----------------------------------------------------
2017.07.08 05:49:36
Q:
谁知道怎么用MS或者高斯生成COSMO文件呀
A:
http://sobereva.com/g09/k_scrf.htm
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.08 06:44:47
Q:
老师请问我看Gaussian09说明书里面可以用CASSCF做自旋轨道耦合，但是只适用于H-Cl的元素。所以如果做过渡族元素化合物自旋轨道耦合不行对吗？只能算光谱项，但是劈裂算不出对吗？
A:
boy 过渡金属不行。得用GAMESS-US等其它程序
----------------------------------------------------
2017.07.08 06:53:01
Q:
请问老师，我用multiwfn 画完差分电子密度图，图出来后，他的Isovalue是多少啊，有没有默认的？我看手册上好像没说。然后我 2 enable showing isocalue on contour lines
[图片]
这个最外层的0.001是不是就是这个图的isovalue呀
A:
isovalue已经标上了，0.001、-0.001那个。你也可以自己进入等值线设定界面修改等值线数值
----------------------------------------------------
2017.07.08 07:15:41
Q:
Mayer的那个编译好的能量分解软件【NEWENPART】只能用单核，好生慢啊，原子稍多就等半天，他提供的代码可以编译成并行的么？
A:
不同方法本身耗时高低就有所不同，而且有的方法标度高，随原子数增加耗时飞涨，往往很难避免。
实际上ifort有自动并行化的选项，串行代码也能自动给搞成OpenMP并行的。只不过对于稍微复杂一点的情况，ifort就往往不能识别出能够并行的loop来并行化。
----------------------------------------------------
2017.07.08 16:47:22
Q:
[图片][图片]请问老师，我在优化一个不含金属的磷酸酶，优化时报错， Max number of microiteration restarts exceeded.Error termination via Lnk1e in /share/apps/g09b02/g09/l103.exe这是什么原因导致的？@Sobereva
A:
opt例写nomicro再试
优化时候不要改SCF收敛限
----------------------------------------------------
2017.07.08 18:35:44
Q:
[图片]
求助，
这个错误是什么造成的？
怎么解决？
望有人能指点一下
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
Q:
这里有？
A:
看完再问
----------------------------------------------------
2017.07.08 18:49:31
Q:
[图片]请问如何让这个更为光滑
A:
没办法
顶多增加格点数让点看着更密集
----------------------------------------------------
2017.07.08 18:57:16
Q:
卢老师，我用g4，cbs-q，g3计算三硝基甲烷的热力学数据时老是出现write error in NtrEx1,换了几台机器都不行，问题都是出错在post-hf计算部分，请问一下这可能是bug吗？输入文件就是#p g4
A:
G4就甭想了。用CBS-QB3，如果算不动，再降级别，或者换好点的机子
----------------------------------------------------
2017.07.08 19:18:53
A:
Multiwfn主功能6的选项33（目前版本是隐藏选项）可以对指定的轨道波函数进行旋转，即X->Y, Y->Z, Z->X的顺序
Q:
隐藏的选项将来能露头吗？
A:
那是以前的功能，由于界面上选项太多了，这个又不常用，就在界面里隐藏了
但依然可以选
----------------------------------------------------
2017.07.08 19:31:34
Q:
话说社长，自定义函数-1选项以后能不能直接加到主功能里么？
A:
设置自定义函数在隐藏的主功能1000里可以设
----------------------------------------------------
2017.07.08 19:51:51
Q:
老师，请问高斯如何计算分子直径和体积？@Sobereva
A:
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
----------------------------------------------------
2017.07.08 21:10:20
Q:
各位老师好，我想算一个有机分子光化学偶联的反应ΔG，反应物有碘分子，产物有碘化氢，6-31G*对碘没有定义，那我的之前用B3LYP、6-31G*优化求频率了主要的有机分子，是不是白算了呢？应该换成什么基组来求热力学校正量，什么计算级别求电子能量呢？谢谢各位老师啦~
我的有机分子大约80多个原子，没有金属，都是短周期元素~
A:
碘用lanl08
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
Q:
谢谢老师，是不是这样，我的碘用lanl08，其余原子都用6-31G*，求热力学校正和电子能量的过程和正常的求热力学量是一样的？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.07.08 22:32:45
Q:
请教各位，.mol格式文件用什么软件打开看立体图最可靠？用Gaussview打开，发现看到的根本不是立体图
A:
用文本编辑器打开先看看mol里记录的是否就是平面结构
某些网站上下载的mol文件里的结构实际上是二维的
Q:
0.5538 -0.1384 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.0415 0.4944 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
打开了，看到是这种
老师，是不是意味着这是个立体的？
但我用Gaussview直接打开，所有原子全在一个平面
请问，是不是本身这就是个平面的？
仅从你贴出的两个原子看，你的文件未存储立体的信息
A:
是不是应该是立体根据最基本化学常识就知道
----------------------------------------------------
2017.07.08 22:45:07
Q:
[图片][图片]老师您好，请问我的输入文件是哪里写错了呢？lanl08不是直接写lanl08的吗？麻烦老师啦~
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
----------------------------------------------------
2017.07.08 22:50:16
Q:
请教下各位大神，算单点能B2PLYP/def2TZVP在哪里设置B2PLYP
A:
直接写B2PLYP
----------------------------------------------------
2017.07.08 23:49:31
Q:
我想请问 wfn文件能不能导出cub文件？
[图片]
A:
主功能5，计算格点数据并导出格点文件
----------------------------------------------------
2017.07.09 02:06:34
Q:
老师我想问下提取chk文件做别的运算，Geom=ALLCheck Guess=Read 一般都是联用，什么情况下Guess=Read 即采用初猜是不能加的呢？
A:
之前计算的电子态、基组、理论方法等影响最终波函数的因素，和当前计算相差太大时，加了没好处，甚至导致收敛慢乃至不收敛
----------------------------------------------------
2017.07.09 02:59:50
Q:
在lanl2dz基组优化成功了。但是在使用aug-cc-pvdz来refine时一直优化不成功，这种物质是我臆想出来的，是不是说明可能没有呢?麻烦老师。
A:
看报错提示啊。完全不能这么说明。不管实际是否存在的物质，理论上原理上都可以计算
----------------------------------------------------
2017.07.09 04:41:32
Q:
[图片]
[图片]
[图片]
请问各位老师，这个EOF，ECP分别是什么东西呢？下
面是输入文件，在EMSL上拷的赝势和基组定义。。。
[图片]
[图片]
[图片]
请问各位老师，这个EOF，ECP分别是什么东西呢？下面是输入文件，在EMSL上拷的赝势和基组定义。。。
这。。。。原来空行也有学问orz谢谢老师指导了_(:3J∠)_
A:
赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式
http://sobereva.com/188
EOF=end of file
----------------------------------------------------
2017.07.09 04:49:12
Q:
计算含过渡金属和钾的体系，用BP86，m06L和m06哪个泛函更好些
A:
没有必然性哪个更好
----------------------------------------------------
2017.07.09 18:08:19
Q:
sob 老师，您好，我这边在准备一篇文章，体系里针对Zn离子，我采用了def2tzvp基组，想引用一篇同样使用这个基组的文献，您能不能推荐一下，我引用哪篇文献合适呢。谢谢老师@Sobereva
A:
不用引
Q:
但是我老板说需要引，他非要坚持，那我就想着给他找一篇吧
A:
稍有基组常识的人都知道这对Zn很适合，顶多描述一下这是3-zeta加极化的就足够了
----------------------------------------------------
2017.07.09 19:45:51
Q:
老师，PBEPBE(高斯里的关键词)和PBE0(文献里的关键词)是一回事吗？
A:
是
Q:
PBE1PBE = PBE0
PBEPBE 是纯泛函
大博士看错了
A:
恩
[图片]
Q:
写错了？
A:
没想到有人会把PBEPBE当成PBE0，所以看见有俩PBE就y了
Q:
大博士，这里是不是有点儿问题？
A:
笔误
----------------------------------------------------
2017.07.09 20:16:24
Q:
现在刚开始学习高斯这个软件，感觉好难，但是我估计要与之奋斗一两年
嗯嗯，那高斯说明书，我也是晕了，没有页码，也不知道自己问题应该查什么关键词，是我没有认真读它吗？
A:
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
----------------------------------------------------
2017.07.09 21:04:55
Q:
老师我做了气相的反应路径，调取chk文件，然后添加SCRF=PCM关键词对过渡态重新优化，发现其中一个过渡态优化得到一个虚频只有50多的结构，跟气相完全不同。然后尝试微调结构继续在PCM下优化，要么不收敛要么得不到想要的（气相类似）的过渡态。这种情况下是否说明在PCM模型下，该过渡态不存在呢？
A:
用calcall结合较小步长上限，如果还是得不到原先的过渡态结构，可能在溶剂下就不存在
----------------------------------------------------
2017.07.09 22:00:46
Q:
[图片]老师，我将优化完的输出文件用Muleiwfn打开，输出的偶极矩怎么都是零
A:
仔细看
----------------------------------------------------
2017.07.09 23:09:27
Q:
卢老师，在计算亲电福井函数时，根据[图片]这一近似，如何通过multiwfn来实现呢？
A:
没特殊情况不要用这种近似
非要用的话，用主功能6的选项26把其它轨道占据数都清零，在计算电子密度就行了
----------------------------------------------------
2017.07.09 23:32:28
Q:
老师好，我想研究渡铂钛网催化小分子反应的机理，在计算中这个渡铂钛网应该用什么模型来计算好一点(晶面，单铂原子，铂团簇，还是其它)，高斯能算吗？还有其它算这方面好一点的软件推荐吗，谢谢了！
A:
切出个铂板来算
能
Q:
这个铂板是晶面，还是仅仅是一个单分子层
好的，十分感谢
A:
最起码三层金属
[图片]
Q:
也有做单层的，比如碳纳米管
A:
没有可比性，这里说的是金属
----------------------------------------------------
2017.07.10 00:42:35
Q:
老师，我们通常说的stationary points包括过渡态吗？
A:
包括
----------------------------------------------------
2017.07.10 00:47:07
Q:
有时候实际外环境比较复杂，比如蛋白质环境，此时可以用QMMM或更简单的背景电荷等方式将此效应表现出来。
请问老师对于此理论计算的模拟介绍在哪里呢？
A:
Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen)
----------------------------------------------------
2017.07.10 00:50:38
Q:
Muleiwfn是不是没有32位的Windows版本的啊，老师
A:
有啊
Q:
请教老师硬盘空间不足该怎么办啊不知道该删除哪些，怕删错，已经看过FAQ集合[图片] 可还是不会
[图片]我看了下硬盘空间
[图片]这里面的Gau-9615.rwf文件能删除么请教各位识别垃圾文件的方法我怕删错文件
A:
高斯临时文件目录里的都能删
[图片]
Q:
看到了，multiwfn只有64位的
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.10 01:00:14
Q:
老师，optDFTw比如在631g（d,p）这样的基组下优化得到的w参数，计算td的时候能用更大的基组计算么？还是说w这个参数必须要和计算性质所需基组一致？
A:
尽量一致
Q:
嗯，谢谢
A:
弄成不一致也没有任何好处，只会招来麻烦
----------------------------------------------------
2017.07.10 01:24:10
Q:
想请教一下，计算NTO后得到fchk文件，如何用GaussView看NTO轨道分布呢？
A:
直接看轨道看到的就是NTO
或者用Multiwfn看
使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析
http://sobereva.com/377
----------------------------------------------------
2017.07.10 03:23:26
Q:
老师，请问这个分子优化完后成键方式成这样了，画的时候C-N是单键，为什么出问题了呢[图片]
感觉C的成键方式不对
C-N画的时候是单键优化完后成这样了
A:
自动根据距离判断键的类型
存在轻微的共轭，这种判断很正常
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.10 03:49:45
Q:
想请教一下老师，用什么软件能模拟出水分子的电子云的近似分布，
[图片]像这样，可以可视化的
A:
>9成可能性是分子表面静电势填色图，却误被说成什么不明所以的“电子云近似分布”
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
----------------------------------------------------
2017.07.10 03:52:40
Q:
老师，算完键偶极矩之后，这个是代表什么？[图片]
A:
NBO混合成NLMO对偶极矩产生的影响，不用管
----------------------------------------------------
2017.07.10 03:53:06
Q:
老师们，我想问一下，我想使用multiwfn来分析高斯输出的极化率文件，我将作为例子的CH3NH2文件拖进去，选择了200 和 7 之后，不管再选什么选项，multiwfn就会直接退出了，请问是什么原因啊？
A:
输入文件不合理
Q:
[图片]我用的是那个example的例子啊
A:
哪写了可以用.wfn作为输入文件分析（超）极化率？
使用Multiwfn分析Gaussian的极化率、第一超极化率的输出
http://sobereva.com/231
仔细看
手册里也都写明了改用什么输入文件
[图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.10 04:00:00
Q:
老师，TDDFT计算Davidson failed to converge within maximum sub-space dimensions.
戴维森不收敛是为什么呀
A:
没确切原因，数值巧合
----------------------------------------------------
2017.07.10 05:04:20
Q:
各位老师好，总原子数达到45的体系，碳原子12个是不是没希望用QST2 寻找过渡态了？
物质转变过程中经历多个过渡态是不是也没办法用QST2？
d=对？
是说第一个问题还是第二个问题？
谢谢
A:
和原子数无关
基元反应才能用QST2
总包反应需要每个基元反应挨个一一去考察
----------------------------------------------------
2017.07.10 06:23:37
Q:
大家晚上好想问一下怎么生成水分子的pdb文件啊因为我是一个初学者所以这些基本都不太懂也百度过了还是不知道怎么做有经验的人可以指点一下吗谢谢
A:
gview画出来保存pdb
Q:
恩谢谢你我去看一下
我就是这样做的但是老师说是错的
A:
就一个水分子，你还想怎么搞
你老师说什么叫正确的？
感觉很多人在这里不是单纯求教的而是诉苦的
自己和老板的矛盾需自行解决
----------------------------------------------------
2017.07.10 16:21:08
Q:
[图片]
A:
/forum.php可以去掉
----------------------------------------------------
2017.07.10 16:47:24
Q:
请问一下大家，对体系中的一种原子使用def2svp基组，对另一种原子使用def2tzvp基组，输入方法和混合基组的输入方法一样吗？O(∩_∩)O谢谢
A:
一样
----------------------------------------------------
2017.07.10 16:47:48
Q:
请问一下用PCM模型算出体积和表面积之后，之后怎么算分子的共价半径？谢谢
A:
共价半径是对原子而言的
简谈原子半径
http://sobereva.com/255
Q:
可不可以把分子简化成球？
A:
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
----------------------------------------------------
2017.07.10 16:50:40
Q:
[图片]请问一下这样一个反应，解释说不存在，因为反应物到过渡态能量高，过渡态到产物能垒较低，产物很容易逆回去，这样说对吗？
A:
对，无论热力学还是动力学上都难反应
----------------------------------------------------
2017.07.10 16:51:18
Q:
[图片] 这个UFF opt 是怎么建的里面的模型用哪种？
A:
[图片]自定义，然后关键词用UFF opt就完了
Q:
[图片] 但是同UFF优化完后感觉分子结构里还是有些畸形
这就可以直接带进去算了吗@偶尔冒泡
A:
UFF能指望优化成多好
----------------------------------------------------
2017.07.10 17:02:33
Q:
老师，Multiwfn计算的自旋密度和高斯计算的自旋密度 isosurface value是一样的吗？
A:
isovalue是在观看的时候才设的，和计算没有丝毫关系
Q:
这个isosurface value比看轨道homo的要小很多啊，
A:
函数不同没有可比性
Q:
老师，您说的Hirshfeld/Becke划分的方法计算自旋布居是通过multiwfn实现吗
A:
都写了
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
Q:
谢谢
[图片]老师，如果用Hirshfeld方法的分析自旋布居的话是用应该引用手册中提到的这篇文献吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.07.10 17:06:37
Q:
老师，请问一下，计算自旋布居的时候对方法和基组的选择是否有限制？
A:
方法无限制，但起码DFT
基组能不能带弥散看用什么方法计算，诸如Hirshfeld/Becke划分就可以随意用基组
----------------------------------------------------
2017.07.10 17:19:56
Q:
问一下 2cosz*vel-x 什么意思，粘度测量出现的选项
A:
z就是z坐标位置，vel-x应当就是x方向的速度
Q:
谢谢老师，这个有什么作用吗？
A:
没太大用
Q:
如果想要得到z 方向的速度分布，只能编程处理吗？
有没有更方便的方法呢？
A:
y
没什么难的
使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法
http://sobereva.com/117
----------------------------------------------------
2017.07.10 17:47:24
Q:
我同时提交了几个作业到G09，发现其中一个计算有错，怎么确认错误的那个的PID号呀？
就是不能确定任务号
之前提交作业没有记各自的PID
A:
目前看是自己的。建议用更高级别算单点进一步验证哪个更稳定
----------------------------------------------------

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yopoxia · 发表于 Post on 2017-7-19 14:35:57

感谢李老师辛苦整理分享

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