两代INTEL及GPU运行AMBER速度实测，给要买机器的人提供一些数据。update

ChaosChiao

实验室新购置了几台服务器，用一个体系分别测试了速度，体系为45000个原子，NPT。供各位参考
老节点为intel E5530 2.4G，16核，速度：1.92 ns/day
新的 intel E5-2680v2 2.8G 16核，速度：4.63 ns/day
       intel E5-2680v2 2.8G 20核，速度：5.45 ns/day
              intel E5-2690V2 3.0G 20核，速度：6.25 ns/day

       GPU Tesla K20m, 速度：23.68 ns/day

高端的2690v2还是比主流的2680快一些的，但是也仅仅是快一些而已，价钱贵了不少。而且对比2680与2690，似乎核心数对于MD要更重要一些。
总结一下，ivy bridge架构的INTEL速度还是非常不错的，听使用高斯的同学反映高斯的速度也非常可观。不过v2版的ivy bridge目前也快被淘汰了吧，v3版似乎更多的是低功耗的，我看主频普遍不高，而且价格贵不少。当时就没考虑v3，不清楚v3比v2快多少。
另外动力学的话，现在没有GPU真实没法过了，用完GPU真的不想再用CPU了，太爽了。

sobereva

v3比v2在性价比上并没有任何提升（现阶段实际价格还贵不少），虽然最高档次的有了更多核的产品，但是是以频率降低为代价，所以性能也没涨。论功耗也没显著改进，都是0.022制程的。而且v3目前用DDR4，比DDR3贵一些，虽然频率高了但是由于延时也高了，现阶段来讲内存性能也没提升。所以不可迷信v3。v3也就是多了个AVX2.0，但对于目前的程序还体现不出来什么优势。

时下GPU对MD是必须的，特别是对于那些买不起中上档次的XEON的人。基本上，有个四核机子加一块中高端GTX系列显卡跑MD就已经很不错了。

psfan

sobereva 发表于 2015-1-20 18:50
v3比v2在性价比上并没有任何提升（现阶段实际价格还贵不少），虽然最高档次的有了更多核的产品，但是是以频 ...

GPU跑MD的不确定性是否会遭质疑？

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您好，能麻烦您推荐一下详细配置么？谢谢