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[Amber] MMPBSA 出现错误PB Bomb in pb_aaradi(): No radius assigned for atom的解决办法

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发表于 2017-8-23 16:51:50 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 ggdh 于 2017-9-25 18:01 编辑

用一些新的力场做的prmtop,里面一些新的原子类型mmpbsa不支持。
就会出现比如:
PB Bomb in pb_aaradi(): No radius assigned for atom    23  C3'   C7
的错误。意思就是第23个叫C3'的原子类型C7,mmpbsa不认得,不能提供半径,因此报错。
解决办法有两个:

1,在pbsa的输入文件中的&pb字段下加上
inp=1
radiopt=0

意思就是使用prmtop中的原子半径

2,用parmed把C7原子类型改为其它的老原子类型
经过对照后发现C7原子类型对应于老力场(parm10.dat)里面的CT。
编译一个parmed的脚本parmed.in如下,把新原子类型(C7,C1,C2,CJ 替换为对应的老原子类型CT,CB,CA,CT)
change AMBER_ATOM_TYPE @%C7 CT
change AMBER_ATOM_TYPE @%C1 CB
change AMBER_ATOM_TYPE @%C2 CA
change AMBER_ATOM_TYPE @%CJ CT
parmout YYY.prmtop
然后对运行命令
parmed -p XXX.prmtop -i parmed.in -O

这样产生的新的YYY.prmtop中的原子类型mmpbsa都能识别了。

除此以外,据说可以修改$AMBERHOME/AmberTools/src/pbsa/sa_driver.F90这个文件,添加不能识别的原子类型后重新编译。
但是我尝试过,并没有成功,而且编译也要等半天。

参考帖子:
http://archive.ambermd.org/201208/0074.html
http://archive.ambermd.org/201303/0550.html






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发表于 2018-11-27 15:44:57 | 显示全部楼层
正在找这个问题的解决,原来如此。。
主攻: 蛋白-蛋白对接,蛋白de novo设计、蛋白结构建模,抗体设计等方向。Rosetta/PyRosetta

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发表于 2019-6-13 11:52:00 | 显示全部楼层
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发表于 2020-11-27 17:14:37 | 显示全部楼层
修改$AMBERHOME/AmberTools/src/pbsa/sa_driver.F90后要重新编译sander才行
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