研究聚集效应，应该如何模拟。谢谢指点

小范范1989

背景：想研究聚集诱导发光体系。研究这个聚集过程中，周围分子对中间分子的影响。他们实验已经给出了晶体结构。我的思路如下：
第一种方法：从晶体结构中取，先取一个分子，直接做QM计算。再取两个算是二聚体，再取三个，取四个.......等都用QM/MM。研究周围分子对中间分子的影响。
阐述这个聚集过程中，一些分子属性的变化。
第二种方法：通过gromacs，模拟一个分子，两个分子，三个分子 ...逐渐聚集。然后用QM/MM来做。
这种MD做法，就是把多个分子放到盒子里做，还是类似于辅导班的自组装？

以上两个方法，是我目前想到的，不知道哪个合理一点。或者老师有什么其他的想法，希望老师多多指点。
谢谢指点

sobereva

聚集诱导发光是溶液中出现的情况，原则上来说通过gmx模拟得到自组装的团簇更合理。不过，这也导致事情处理、讨论起来比较麻烦，比如不同时刻取的团簇，可能结果有明显差别，到时候还得考虑权重平均什么的。如果从晶体结构来取，虽然不是那么和真实状态相符，但是讨论处理起来省事。

小范范1989

sobereva 发表于 2017-8-27 18:01
聚集诱导发光是溶液中出现的情况，原则上来说通过gmx模拟得到自组装的团簇更合理。不过，这也导致事情处理 ...

对。sob老师说的对。确实存在这个问题。
谢谢sob老师指点。
我再好好想想，谢谢老师

ggdh

聚集诱导发光的主要现象不是聚集诱导发光么？
也就是周围的分子会增加中间分子的发光。
而一般认为的机理是限制中间分子激发态的运动。
这就是说你要做激发态动力学才能研究这个现象？

小范范1989

ggdh 发表于 2017-8-28 09:57
聚集诱导发光的主要现象不是聚集诱导发光么？
也就是周围的分子会增加中间分子的发光。
而一般认为的机理 ...

ggdh老师好。
我是想通过MD或者晶体结构来看逐渐聚集的过程中，一些性质的变化。
有了逐渐聚集的结构，然后通过QMMM，单独研究一个分子。其他分子做MM。分析能量或者光学性质的一些变化，比如这个限制转动或者限制振动。等等。
单独计算qm的时候，需要计算激发态什么的。
不知道这个想法可行不可行，同时两种取聚集构型的方法老师推荐哪种？或者有其他思路？
谢谢老师指点。这也是我前段时间一个想法，想做做试试。

ggdh

小范范1989 发表于 2017-8-28 10:05
ggdh老师好。
我是想通过MD或者晶体结构来看逐渐聚集的过程中，一些性质的变化。
有了逐渐聚集的结构， ...

我没啥经验，就不负责的随便说说想法
既然RIR是在激发态势能面上的。你研究聚集对基态势能面的影响的价值就有限。
一般能够和实验值对照的性质是波长和量子产率。
先说波长：
单纯的QMMM只能反映一小部分溶剂弛豫。也就是说你的方法基本只能反映溶液和聚集态中的极性差别。
其次大家都知道聚集之后，环境极性变小，溶剂弛豫没了，肯定蓝移。既然大家都知道。你再算出来的意义有限。
再说量子产率：
限制振动这个在QMMM下做频率分析没用的吧。。。因为频率基本不会变。被限制的是振幅。
这种情况下，基于振动来做IC分析似乎不可行。
（或者是根据md来逆推振动被限情况，然后基于这种被限的频率来做IC分析？不知道MOMAP有没有这种功能。。。）
限制旋转这个倒是可以在qmmm 下扫描激发态某个二面角来做。发现torsion barrier 变大之类。这个做法的意义是可以研究一下聚集到多少个的时候这个barrier收敛了。但此做法不能直接和量子产率挂钩。。

小范范1989

ggdh 发表于 2017-8-28 10:55
我没啥经验，就不负责的随便说说想法
既然RIR是在激发态势能面上的。你研究聚集对基态势能面的影响的价 ...

非常感谢ggdh老师的指点。
我主要还是做荧光，聚集这一块想加进来研究一下。
我再考虑一下他实现的方法和价值。
谢谢老师指点，让我明白很多。