电解质对弱相互作用的影响

苏玖染

新手求助，感谢各位老师
我主要研究有机分子（64个原子）在水溶液中与自身和聚合物的相互作用，以及电解质的加入对这两种相互作用的影响
是否是按以下步骤来操作？
1.首先优化得到有机分子的结构，再用genmer生成有机分子二聚体、有机分子和聚合物单体的各种构象
2.利用molclus和ORCA计算得到最优构象
3.精确计算最优构象下的单电能，使用Multiwfn分析弱相互作用
4.加入电解质阳离子（eg.Na+）再重复以上步骤？
还有一个问题，就是我的有机分子本身就含三个磺酸钠基团，在计算二聚体及其和聚合物单体的相互作用时，时用阴离子计算、还是用带钠离子的计算？研究钠离子对他们相互作用影响，是不是需要加入更多的钠离子？还有钠离子对相互作用的影响通过什么分析来研究？

sobereva

这个问题最好还是跑MD，根据MD得到的结果进行讨论。然后如果想对某些结构下的能量进行准确计算，再去做量化。你写的研究过程体现不了实际环境中的动态效果，离子浓度之类问题也体现不了。而且由于热运动，离子的位置也是不断变动的，光是靠优化后的结构讨论太理想化了。
做MD时候磺酸钠基团以磺酸根离子来描述。

苏玖染

sobereva 发表于 2017-9-1 02:54
这个问题最好还是跑MD，根据MD得到的结果进行讨论。然后如果想对某些结构下的能量进行准确计算，再去做量化 ...

谢谢sob老师，那如果单纯只用量化做有机分子之间，及有机分子与高分子单体在隐性溶剂下的弱相互作用，是不是也只用磺酸根，而不用磺酸钠？

sobereva

苏玖染 发表于 2017-9-1 03:40
谢谢sob老师，那如果单纯只用量化做有机分子之间，及有机分子与高分子单体在隐性溶剂下的弱相互作用，是 ...

水溶剂下肯定是磺酸根，如果是有机溶剂下可以用磺酸钠。算一下在相应的溶剂下的解离的自由能的正负就知道是否会自发解离了。