模拟反应路径问题

Faye

       老师好，我是刚开始学习量子化学方面的学生。    根据以前师兄师姐的经验，我以吡喃葡萄糖为反应物研究其在一定条件下的反应路径，首先用GV画好分子结构后，运用b3lyp/6-31++g(d,p) 的方法计算Opt和Fre，得出其能量值。再运用TS方法得到过渡态，以及中间体（算opt)，计算其Fre，得出能量值。（1：这样的运算可行吗？）
    从反应物到中间体再到过渡态，这样一个路径成立的条件，除了过渡态有虚频，IRC平滑，（2：请问还有什么条件呢？）

    经过以上方法，我得到了如附件的结果，虚频均在-640左右，（3：请问我这条反应路径的模拟可行吗？）
   
    非常感谢老师阅读我的帖子。






     

liyuanhe211

1. 一大要点就是“一定条件下”“路径”是什么，“GV画好分子”是怎么画的，是否合理。都不说不知道。你word文档里算出来400+kJ/mol不知道是跟谁减的，如果是活化能 400 kJ/mol 是断然不能反应的，肯定路径、结构哪里不合理，或计算直接就有错误。没有每一步具体的信息没法说

Freq，不是Fre

6-31++G(d,p)是愚蠢的基组，且及时这个级别选择的合适，现在这种获得自由能的流程也不实惠，看下列文章
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336

简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272

谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221

2. 有且只有一个虚频；虚频震动模式合理；IRC两边连接的确实是反应物和底物的结构。

3. 1里说了

Faye

谢谢老师的回答。
     1、 “一定条件”是高温高压条件，“路径”是吡喃葡萄糖在高温高压条件下的裂解或者液化的分解/反应过程，"用GV画好分子“就是看文献中分子的结构，打开GV，选一个基本的六元环，在按照查出来的结构在六元环上进行变动，最终画成和文献上分子相近的结构（再opt,freq...)。
     我们在做了吡喃葡萄糖的裂解液化实验之后，想用高斯来模拟，发现与实验结果较为准确的一步一步的反应过程，这就是我模拟的整体思路。
     
     2、对于word里的400+KJ/mol 是通过1 hartree=2625.5KJ/mol 来算的，后面的化合物能量减去反应物能量就得到自己的能量，之后将反应物的能量设为0KJ/mol ，

Faye

liyuanhe211 发表于 2017-8-31 17:23
1. 一大要点就是“一定条件下”“路径”是什么，“GV画好分子”是怎么画的，是否合理。都不说不知道。你wor ...

请问老师，我的3#回复中提到的模拟反应进程的研究可行吗？

我的能量如2处理后，得到的400+能量是不可用的？