求Metadynamics教程

205lxc001

get-it 发表于 2017-10-17 13:55
编译plumed时把openmp关掉

谢谢。关掉之后确实不会出现这个问题了。但是我又出现另外一个错误，关于libcp2kmpiwrap.a ，不知道是什么原因。
请问可以把arch文件发给我看一下吗？

get-it

205lxc001 发表于 2017-10-18 04:08
谢谢。关掉之后确实不会出现这个问题了。但是我又出现另外一个错误，关于libcp2kmpiwrap.a ，不知道是什 ...

抱歉忘记回复了
你先看下不加plumed是否能够编译

霜晨月

借楼请教个问题：

Metadynamics 里面的高斯函数高度和宽度一般该怎么选取？Plumed的tutorial例子是个丙氨酸二肽，height=1.2；大的蛋白该选多少？对结果会有什么影响？

另外这个高度和宽度的选择，对于常规metadynamics 和 well-tempered metadynamics 都是一样的吧？

Lir

beyond 发表于 2017-9-13 23:26
plumed的官网上面有很多相关的教程，很详细的！
不过最好之前先读读 plumed的manual

SOB老师我能请教一 Virtual Atoms
下GROMACS 做meta dynamics 如何添加虚原子吗？

WSM2020

beyond 发表于 2017-9-14 17:51
在metadynamics中，CV都是得预先设定好的，与你想要的计算有关，如何选择好CV，则需要多做一些测试。
我 ...

方便教教我用cp2k计算metadynamics吗，有偿求学,加个好友哈