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楼主 Author: wx91aaa
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[GROMACS] 请教如何利用GROMACS计算能量分布图

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发表于 Post on 2020-12-28 07:07:44 | 只看该作者 Only view this author
weiyi8061225 发表于 2020-12-27 09:52
非常感谢sob老师,但是分子数少可以这样做,但是我想计算溶剂分子之间的相互作用,几千个分子,怎样才能 ...

把所有溶质作为一个能量组,比如叫做MOL,并且rerun之前把分子的moleculetype里的nrexcel设为很大的值并产生tpr,这样rerun时就不计算分子内的非键作用项了。此时Coul-SR: MOL-MOL就是溶质分子间的静电作用,LJ-SR: MOL-MOL就是溶质分子间的范德华作用。
我没实际试过,原理上应当可行
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发表于 Post on 2022-4-28 21:15:04 | 只看该作者 Only view this author
请问您是怎么把能量的散点分布转换成概率分布的?

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发表于 Post on 2022-5-15 22:26:31 | 只看该作者 Only view this author
李俊利 发表于 2022-4-28 21:15
请问您是怎么把能量的散点分布转换成概率分布的?

Origin等程序都能做频数统计
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