利用pbs批量提交作业的方法

三迩-

目前作业是利用pbs形式提交的
#!/bin/bash
#PBS -N Gauss
#PBS -l nodes=1:ppn=16
##PBS -l walltime=240:00:00
#PBS -j oe
#PBS -V

#Please give the name of the INPUT_FILE, such as test.com  or ONLY test. Both of them can work.
INPUT_FILE=xxx.com

#----> enter the working directory <----
cd $PBS_O_WORKDIR
echo This job begins at: `date`

..........
.........
但是每次都需要替换文件名，
看了一个帖子，尝试了一下以下方法：
#!/bin/bash
counts=$(ls -l *.com|wc -l)

ls -l *.com \
| awk '{print $NF}'\
| sed 's/.com//g' \
| while read each_file
do
   sed -i -r "/^\s*INPUT_FILE=/c INPUT_FILE=$each_file" g09E01.pbs.sh
   qsub g09E01.pbs.sh &
   a=$((a+1))
   [[ $a -eq $counts ]]&&break
   while((1))
   do
        thread=(ps -ef|grep 'qsub g09E01.pbs.sh'|grep -v grep|wc -l)
        [[ $thread -lt 5 ]]&&break||sleep 1
   done
   sleep 1
done

但也不成功，求问大神有什么好方法能一次同时提交6个或多个作业，然后少于一定数目自动补上提交作业？

samplx

thread=(qstat|grep $USER|wc -l)  ?

冰释之川

类似这样？

1. #!/bin/bash
   
2. for i in `ls -F |grep /`
   
3. do
   
4. cd $i
   
5. for inf in *.pbs
   
6. do
   
7. echo Running ${inf} ...
   
8. time qsub < ${inf}
   
9. echo ${inf} is finished
   
10. echo
    
11. done
    
12. cd ..
    
13. done

复制代码

milkxx

thread=(ps -ef|grep 'qsub g09E01.pbs.sh'|grep -v grep|wc -l)
这一行并不能实现你的要求。
提交作业是一个很快速的过程，qsub g09E01.pbs.sh命令将在极短的时间内完成，猜想你的要求是 查看队列中存在的作业数，建议用qstat命令

abin

cd $PBS_O_WORKDIR
ls *com > joblist
for INPUT_FILE in `cat joblist`
do
g09 $INPUT_FILE &
done

或者g09 $INPUT_FILE &  这句修改为你脚本中的执行高斯的行。

这个会提交一堆。 都交给PBS管理。

etoac

已删除

三迩-

谢谢各位老师，问题已解决。

Qinqi

请问楼主如何解决的