ONIOM问题：MM function not complete

霜晨月

用ONIOM优化一个蛋白-配体复合物，将配体和周围的部分残基设为High了。
gjf里面的关键词是
#p opt oniom(pm6:amber) scrf=(smd,solvent=water,oniompcm=x)

给出了这样的错误信息：
Include all MM classes
Bondstretch undefined between atoms   2887   2888 C-OM [L,L]  
Bondstretch undefined between atoms   2888   2889 OM-HO [L,L]  
Bondstretch undefined between atoms   4753   4754 C-OM [H,H] *
......
Angle bend  undefined between atoms   2883   2887   2888 CA-C-OM [L,L,L]  
Angle bend  undefined between atoms   2885   2887   2888 CA-C-OM [L,L,L]  
Angle bend  undefined between atoms   2887   2888   2889 C-OM-HO [L,L,L]  
Angle bend  undefined between atoms   4872   4874   4888 P-O2-MG [H,H,H] *
......
* These undefined terms cancel in the ONIOM expression.
MM function not complete
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l101.exe .

请教一下，这是说需要自己定义这些键长与键角吗？
谢谢

sobereva

是。补参数的方法参考手册和exploring第三版的例子

霜晨月

好的，谢谢老师