gromacs模拟双相体系可不可以选择界面作为索引组？

danking3 · 发表于 Post on 2017-10-9 10:20:55

大家好，我用gromacs做了一个双向体系的模拟，现在想算一下溶质分子到界面距离随时间变化的曲线，这需要选择界面这个平面作为索引组，请问gmx select或者gmx make_ndx可不可以做到？另外我看到包括select在内的几个命令里都包含下面这一项，请问他们代表的是什么意思？感谢大家！-selrpos <enum> (atom)Selection reference positions: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog, whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com, part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com, dyn_mol_cog

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-9 15:57:25

看缩写就能明白，诸如com=center of mass cog=center of geometry res,mol=residue,molecule
不知道你的界面具体是什么情况，怎么选取要看具体体系。如果歪斜着，自带工具没法直接给出垂直距离。写个VMD脚本分析做这种事情很简单

danking3 · 发表于 Post on 2017-10-9 17:35:36

sobereva 发表于 2017-10-9 15:57
看缩写就能明白，诸如com=center of mass cog=center of geometry res,mol=residue,molecule
不知 ...

谢谢sob老师，我做的是水和正辛烷的两相体系，界面是垂直于z轴，这样的话gromacs可以实现吗？现在对VMD脚本语言不太熟，但是这个工作要的比较急，望老师赐教。

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-9 21:48:37

如果那个界面位置一直是稳定不变的，直接导出溶质质心Z位置随时间的变化，减去界面对应的Z值即可

danking3 · 发表于 Post on 2017-10-9 22:19:20

sobereva 发表于 2017-10-9 21:48
如果那个界面位置一直是稳定不变的，直接导出溶质质心Z位置随时间的变化，减去界面对应的Z值即可

谢谢老师。

15810593730 · 发表于 Post on 2020-3-29 10:33:41

sobereva 发表于 2017-10-9 21:48
如果那个界面位置一直是稳定不变的，直接导出溶质质心Z位置随时间的变化，减去界面对应的Z值即可

如果是过冷状态下的冰水体系，冰在不断的生长呢？如何计算某种溶质与冰面的距离？谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-31 03:02:08

15810593730 发表于 2020-3-29 10:33
如果是过冷状态下的冰水体系，冰在不断的生长呢？如何计算某种溶质与冰面的距离？谢谢老师！

看具体什么形状的冰面
如果是不规则的冰面，不好通过几何关系简单判断，可以通过特定算法识别出哪些原子当前是属于冰的，然后计算溶质与所有属于冰的原子的最近距离

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