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[Gaussian/gview] GaussView保存输入文件时内坐标变量不用字母表示的解决方法

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发表于 Post on 2015-2-2 14:28:33 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
GaussView保存输入文件时内坐标变量不用字母表示的解决方法

文/Sobereva @北京科音
First release: 2015-Feb-2   Last update: 2021-Jul-9

今天在思想家公社QQ群里有人问GaussView保存Gaussian输入文件时,在保存界面中取消了write cartesian选项以保存成内坐标形式,但是保存出来的内坐标的变量直接用数字表示,如下面这样,应该怎么做才能保存成变量形式?
  1. O              
  2. H                  1    0.94740744
  3. H                  1    0.94740744    2  105.47857762
复制代码

解决办法很简单,先把体系保存成.mol等其它格式,然后载入之,再保存成Gaussian输入文件,就会看到内坐标都用字母表示了:
  1. O              
  2. H                  1            B1
  3. H                  1            B2    2            A1

  4.    B1             0.94740000
  5.    B2             0.94735254
  6.    A1           105.47684474
复制代码

没有相应选项直接选择是否把变量用字母表示是GaussView一个不人性化的地方。

更好的做法是使用笔者的Multiwfn程序保存Gaussian输入文件,你可以直接设置保存成哪种内坐标形式。Multiwfn可以在http://sobereva.com/multiwfn免费下载。Multiwfn支持从大量格式中载入结构信息,如xyz/pdb/pqr/mol/mol2/cif/gjf/wfn/cub/fch/molden/mwfn等等,完整介绍见http://sobereva.com/379。如果把自带的settings.ini文件里的iloadGaugeom设为1,还可以直接从Gaussian输出文件里载入结构信息。

启动Multiwfn并从输入文件里载入结构信息后,输入gi就可以进入Gaussian输入文件保存界面。默认保存成笛卡尔坐标形式,如果先输入zmat,再输入要保存的文件路径,则产生的Gaussian输入文件就是内坐标形式,而且所有几何参数都是通过变量表示。如果进入Gaussian输入文件保存界面后先输入zmat2,再输入要保存的文件路径,则产生的Gaussian输入文件里就是内坐标直接带变量值的形式表示。

注:Multiwfn的以上特性在2021-Jul-9及以后更新的版本中才支持。

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发表于 Post on 2015-2-2 15:00:59 | 显示全部楼层 Show all
确实实用的技巧[img][/img]
https://www.x-mol.com/groups/fan_jianzhong

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发表于 Post on 2015-2-2 22:33:43 | 显示全部楼层 Show all
没想到还有这个技巧。 一直以为高斯没办法保存成字母形式呢

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发表于 Post on 2016-9-4 23:09:17 | 显示全部楼层 Show all
老师,“然后载入之”是什么意思呀?能不能说的详细些,不太明白。谢谢!

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发表于 Post on 2016-9-5 01:22:54 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 一颗赛艇 于 2016-9-5 01:23 编辑

补充一个更简单的方法:菜单Edit -> Connection

里面的Z-matrix tools 选择Opt all -->  OK

然后勾掉write cartesian保存即可

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发表于 Post on 2016-9-5 17:32:44 | 显示全部楼层 Show all
一颗赛艇 发表于 2016-9-5 01:22
补充一个更简单的方法:菜单Edit -> Connection

里面的Z-matrix tools 选择Opt all -->  OK

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发表于 Post on 2017-6-23 21:02:22 | 显示全部楼层 Show all
哇,谢谢两位大牛!! 非常感谢分享,长见识。

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发表于 Post on 2018-10-13 23:56:09 | 显示全部楼层 Show all
谢谢老师啦,正好这两天过渡态找的好麻烦

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发表于 Post on 2021-7-8 14:26:54 | 显示全部楼层 Show all
我的问题正好相反。我是MS建模导出来的pdb文件,转为gview保存的gjf文件。保存后不选笛卡尔坐标,导出来的内坐标形式都是字母,我想让它显示数字,要怎么做

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-9 09:32:56 | 显示全部楼层 Show all
annaqz 发表于 2021-7-8 14:26
我的问题正好相反。我是MS建模导出来的pdb文件,转为gview保存的gjf文件。保存后不选笛卡尔坐标,导出来的 ...

下载最新的Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn),载入pdb文件,输入gi,再输入zmat2,之后输入要保存的Gaussian输入文件的路径,得到的Gaussian输入文件里就是直接用数值表示的内坐标。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-9 10:14:54 | 显示全部楼层 Show all
对本文加入了以下内容
更好的做法是使用笔者的Multiwfn程序保存Gaussian输入文件,你可以直接设置保存成哪种内坐标形式。Multiwfn可以在http://sobereva.com/multiwfn免费下载。Multiwfn支持从大量格式中载入结构信息,如xyz/pdb/pqr/mol/mol2/cif/gjf/wfn/cub/fch/molden/mwfn等等,完整介绍见http://sobereva.com/379。如果把自带的settings.ini文件里的iloadGaugeom设为1,还可以直接从Gaussian输出文件里载入结构信息。

启动Multiwfn并从输入文件里载入结构信息后,输入gi就可以进入Gaussian输入文件保存界面。默认保存成笛卡尔坐标形式,如果先输入zmat,再输入要保存的文件路径,则产生的Gaussian输入文件就是内坐标形式,而且所有几何参数都是通过变量表示。如果进入Gaussian输入文件保存界面后先输入zmat2,再输入要保存的文件路径,则产生的Gaussian输入文件里就是内坐标直接带变量值的形式表示。

注:Multiwfn的以上特性在2021-Jul-9及以后更新的版本中才支持。
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发表于 Post on 2021-7-9 10:20:20 | 显示全部楼层 Show all
西瓜太郎 发表于 2016-9-4 17:09
老师,“然后载入之”是什么意思呀?能不能说的详细些,不太明白。谢谢!

就是说,先用 GaussView 将结构保存成 .mol 格式的文件,然后用 GaussView 打开刚刚保存的 .mol 文件,再将它保存成 .gjf 文件。

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发表于 Post on 2021-7-9 10:21:46 | 显示全部楼层 Show all
annaqz 发表于 2021-7-8 14:26
我的问题正好相反。我是MS建模导出来的pdb文件,转为gview保存的gjf文件。保存后不选笛卡尔坐标,导出来的 ...

也有5楼类似的方法
Tools --> Connection
ZMat Tools --> Opt None
保存时不勾选Write Cartesians

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发表于 Post on 2021-7-9 13:38:37 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2021-7-9 09:32
下载最新的Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn),载入pdb文件,输入gi,再输入zmat2,之后输入要保 ...

好的,明白了。谢谢社长

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发表于 Post on 2021-7-9 13:39:22 | 显示全部楼层 Show all
winnerwill 发表于 2021-7-9 10:21
也有5楼类似的方法
Tools --> Connection
ZMat Tools --> Opt None

好的好的,明白了。感谢!

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