怎么用rdf计算径向分布函数

daydayup · 发表于 Post on 2019-11-15 08:03:40

sobereva 发表于 2019-11-13 22:18
有不同计算方式。如果10个氧原子所处的环境都相同、地位等价，应当把每一对氧原子都进行计算取平均，而不 ...

老师，请问径向分布函数是计算的模拟结束后稳定状态下的情况吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-16 13:09:20

daydayup 发表于 2019-11-15 08:03
老师，请问径向分布函数是计算的模拟结束后稳定状态下的情况吗？

对轨迹已经平衡的期间进行统计

15954121830 · 发表于 Post on 2019-11-16 16:36:37

sobereva 发表于 2017-12-7 17:36

请问老师是否有命令可以选择分子的一个官能团，在index文件中单列一组进行研究

daydayup · 发表于 Post on 2019-11-17 12:49:21

sobereva 发表于 2019-11-16 13:09
对轨迹已经平衡的期间进行统计

好的，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-17 14:35:02

15954121830 发表于 2019-11-16 16:36
请问老师是否有命令可以选择分子的一个官能团，在index文件中单列一组进行研究

你是要把官能团的质心当做rdf计算的参考组？不理解你的意思

15954121830 · 发表于 Post on 2019-11-17 20:48:01

sobereva 发表于 2019-11-17 14:35
你是要把官能团的质心当做rdf计算的参考组？不理解你的意思

不好意思老师，我表述的不明白，我的意思是研究官能团质心到固体界面的rdf，不知道如何选官能团的质心

captain · 发表于 Post on 2020-2-10 21:07:12

本帖最后由 captain 于 2020-2-10 21:19 编辑

sobereva 发表于 2017-12-12 19:20

请问大神，根据您讲的，
配位数（<r范围内的平均粒子数）= 某个r处的积分曲线值*平均数密度
某个r处的积分曲线值可以通过选择“Display int(g(r))”计算得到
平均数密度=被统计的粒子总数/盒子体积

但是我查阅VMD官网上关于rdf计算插件有这么一句介绍：
The normalization of g(r) has little meaning unless you enable processing of the periodic boundary conditions and have a fixed set of atoms in the selection.
The number integrals are computed directly and thus provide accurate coordination numbers.
最后一句话，感觉积分曲线值直接就是配位数了。
另外，还看到一篇文献，有一张图是这样的

RDF of carbon atoms around Cs+ (g(r), left axis) and its integration(coordination number, CN, right axis)
好像意思也是g(r)积分曲线值对应于配位数，不知道我的理解对不对？
请大神指点！十分感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-11 14:15:36

captain 发表于 2020-2-10 21:07
请问大神，根据您讲的，
配位数（

“Display int(g(r))”给出的那个图是已经考虑了平均数密度之后的情况，即直接对应于配位数。

图中这个曲线对应的就是幻灯片上的N(r)函数

直接对g(r)进行积分什么也不是。

captain · 发表于 Post on 2020-2-11 15:55:15

sobereva 发表于 2020-2-11 14:15
“Display int(g(r))”给出的那个图是已经考虑了平均数密度之后的情况，即直接对应于配位数。

图中这 ...

明白了！感谢大神的指点！

captain · 发表于 Post on 2020-2-11 20:27:44

sobereva 发表于 2020-2-11 14:15
“Display int(g(r))”给出的那个图是已经考虑了平均数密度之后的情况，即直接对应于配位数。

图中这 ...

还请问大神，
看了很多文献，发现rdf图的纵坐标数量级从10^-4到10^2都有，有的体系很大，有的体系很小。
请问其纵坐标的绝对数值有意义吗？
看VMD关于rdf计算插件的介绍好像没有太大意义。
The normalization of g(r) has little meaning unless you enable processing of the periodic boundary conditions and have a fixed set of atoms in the selection.

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-13 17:41:38

captain 发表于 2020-2-11 20:27
还请问大神，
看了很多文献，发现rdf图的纵坐标数量级从10^-4到10^2都有，有的体系很大，有的体系很小。 ...

有意义，根据其定义就知道，就是相对于盒子里被计算的粒子的平均密度的比例
也不排除一些文献里用的rdf定义可能和常规的有出入

captain · 发表于 Post on 2020-2-13 18:05:54

sobereva 发表于 2020-2-13 17:41
有意义，根据其定义就知道，就是相对于盒子里被计算的粒子的平均密度的比例
也不排除一些文献里用的rdf ...

明白了，多谢大神指点！

shinkon · 发表于 Post on 2021-1-12 02:29:01

sobereva 发表于 2019-11-13 22:18
有不同计算方式。如果10个氧原子所处的环境都相同、地位等价，应当把每一对氧原子都进行计算取平均，而不 ...

老师，我有一段gromacs的轨迹。请问使用VMD计算rdf的话，能否把其中一个selection设为某残基的质心？还是只能利用gmx rdf的-com选项来计算呢？谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-12 07:26:33

shinkon 发表于 2021-1-12 02:29
老师，我有一段gromacs的轨迹。请问使用VMD计算rdf的话，能否把其中一个selection设为某残基的质心？还是 ...

VMD没法实现

shinkon · 发表于 Post on 2021-1-12 12:07:05

sobereva 发表于 2021-1-12 07:26
VMD没法实现

好的，谢谢。

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