绘制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散点图的方法

xxzj · 发表于 Post on 2019-6-20 08:17:08

sobereva 发表于 2019-6-20 04:04
弱相互作用无处不在，只要离得近，显然N和O也会有不可忽视的弱相互作用，只不过基本上肯定是以互斥作用为 ...

老师，Multiwfn中有没有方法可以证明N和O之间是互斥作用，还是这个是这个常识，那么我研究N和O之间相互作用与O和S间相互作用的差异是不是就没有意义啦，辛苦老师

sobereva · 发表于 Post on 2019-6-21 02:13:03

xxzj 发表于 2019-6-20 08:17
老师，Multiwfn中有没有方法可以证明N和O之间是互斥作用，还是这个是这个常识，那么我研究N和O之间相互作 ...

必然是互斥作用，因为通常二者肯定都带负电荷，而且也不会形成sigma-hole之类形式的作用。有化学常识的人都明白这一点
而且在实际中，由于N和O之间的静电互斥，优化后的结构里二者必然离得较远，肉眼上也能判断它们之间不会有强烈的相互作用

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-24 04:01:03

从2019-Aug-24及之后更新的Multiwfn开始，根据手册3.23.1节的说明使用RDGscatter.gnu代替本文的RDGmap.gnu，就不需要在作图前手动对output.txt进行处理了，明显更省事了。

snljty · 发表于 Post on 2020-2-29 14:15:41

本帖最后由 snljty 于 2021-5-6 09:59 编辑

考虑到熟悉python的筒子们应该比熟悉gnuplot的多一些，写了一个作图的python脚本分享。
主要是matplotlib自带的一大堆色带方式居然没有BGR，显得很不方便，只好自定义了一个。试了几种手册上和网上推荐的方法，这种比较简洁。
需要先安装python3，Numpy库和Matplotlib库。
这个脚本用的是含有5列数据的原始的output.txt。
下面是脚本内容。

#! /usr/bin/env python3
# -*- Coding: UTF-8 -*-
r"""
Draw RDG map scatter.
"""
import time
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.colors import LinearSegmentedColormap
from sys import argv
time_s = time.time()
cmap_bgr = LinearSegmentedColormap.from_list("bgr", ["#0000FF", "#00FF00", "#FF0000"])
sl2r, RDG = np.loadtxt(argv[1] if len(argv) > 1 else "output.txt", unpack = True, usecols = (3, 4))
time_m = time.time()
print("Time used for reading data: %5.1lf s" % (time_m - time_s))
fig, ax = plt.subplots(figsize = (9.6, 7.2))
sc = ax.scatter(sl2r, RDG, c = sl2r, s = 1, vmin = -0.035, vmax = 0.02, cmap = cmap_bgr)
ax.set_xlim(-0.05, 0.05)
ax.set_ylim(0, 2)
ax.set_xticks(np.linspace(-0.05, 0.05, 11))
ax.set_yticks(np.linspace(0, 2, 11))
ax.set_xlabel("$\\mathrm{sign}\\left(\\lambda_2\\right)\\rho$ (a.u.)")
ax.set_ylabel("RDG")
cbar = plt.colorbar(sc)
cbar.set_ticks(np.linspace(-0.035, 0.02, 12))
# fig.savefig("RDGmap.ps")
fig.savefig("RDGmap.png")
time_e = time.time()
# plt.show()
print("Time used for drawing: %5.1lf s" % (time_e - time_m))
print("Total time elapsed: %5.1lf s" % (time_e - time_s))

复制代码

上面的脚本保存为RDGmap.py，放到output.txt同目录执行就行。
python还是慢了一些，50万个格点的体系差不多要十几秒，大体系可能要数分钟。请耐心等待。
下面是苯酚二聚体的结果。

南窗月 · 发表于 Post on 2020-7-1 00:37:51

老师好，我按照文中方法得到的ps文件为什么零字符，用PS打开也是空白

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-1 01:53:01

南窗月发表于 2020-7-1 00:37
老师好，我按照文中方法得到的ps文件为什么零字符，用PS打开也是空白

从你的描述无从判断。先把视频里的例子完整重复一遍。还不行换个机子再试

南窗月 · 发表于 Post on 2020-7-1 09:34:11

Terminal type is now 'wxt'
gnuplot> load 'RDGmap.gnu'
"RDGmap.gnu", line 19: warning: Cannot find or open file "output.txt"
"RDGmap.gnu", line 19: No data in plot
老师好，我又试了几次，会显示这个，我已经把output.txt文件放在bin文件夹里了，为什么说读不了呢

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-1 10:38:14

南窗月发表于 2020-7-1 09:34
Terminal type is now 'wxt'
gnuplot> load 'RDGmap.gnu'
"RDGmap.gnu", line 19: warning: C ...

直接在操作系统的命令行里调用gnuplot执行脚本多好，干嘛非要先进入gnuplot再载入脚本

南窗月 · 发表于 Post on 2020-7-1 15:37:54

好的，谢谢老师，问题已解决

不可理喻 · 发表于 Post on 2021-5-5 21:33:47

本帖最后由不可理喻于 2021-5-5 21:38 编辑

老师你好，我想请问一下为什么我做出的散点图的横坐标是sign(l_2)r (a.u.)，而不是跟视频里一样是sign(λ_2)ρ (a.u.)

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-6 02:10:22

不可理喻发表于 2021-5-5 21:33
老师你好，我想请问一下为什么我做出的散点图的横坐标是sign(l_2)r (a.u.)，而不是跟视频里一样是sign(λ_2 ...

截图，并且说清楚用的是Multiwfn哪个版本，什么系统的

不可理喻 · 发表于 Post on 2021-5-6 08:47:05

本帖最后由不可理喻于 2021-5-6 08:48 编辑

sobereva 发表于 2021-5-6 02:10
截图，并且说清楚用的是Multiwfn哪个版本，什么系统的

电脑系统是win10的，Multiwfn用的是3.7版本，gnuplot用的是5.4.1版本，图是我用PS2020打开ps文件后导出的图片

D:\gnuplot\gnuplot\bin\RDGscatter.png

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-7 02:58:19

不可理喻发表于 2021-5-6 08:47
电脑系统是win10的，Multiwfn用的是3.7版本，gnuplot用的是5.4.1版本，图是我用PS2020打开ps文件后导出的 ...

photoshop的事
用acrobat或者irfanview+ghostscript都能正常看到字符

不可理喻 · 发表于 Post on 2021-5-7 13:49:34

sobereva 发表于 2021-5-7 02:58
photoshop的事
用acrobat或者irfanview+ghostscript都能正常看到字符

问题已解决，谢谢老师！

Manyu · 发表于 Post on 2022-6-29 11:38:35

请问为何我下载了ghostscript，还是无法用irfanview打开RDGmap.ps

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