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[GROMACS] 水溶性小分子在水溶液中判断平衡的依据

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水溶性有机分子,原子数五六十,放置27个分子,在水溶液中判定平衡的依据是什么?密度?能量?RMSD?

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发表于 Post on 2017-12-27 19:34:53 | 只看该作者 Only view this author
小分子溶液的平衡不用RMSD来判断
密度是个重要的判断平衡的指标
你也可以绘制不同时刻不同组分间的rdf、小分子附近指定距离内的水/其它小分子原子的数目随时间的变化等等,看是否随模拟已经收敛了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-27 19:40:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-27 19:34
小分子溶液的平衡不用RMSD来判断
密度是个重要的判断平衡的指标
你也可以绘制不同时刻不同组分间的rdf、 ...

谢谢sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-27 20:53:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-27 19:34
小分子溶液的平衡不用RMSD来判断
密度是个重要的判断平衡的指标
你也可以绘制不同时刻不同组分间的rdf、 ...

请问老师,判断不同时刻、不同组分间的rdf怎么做?

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发表于 Post on 2017-12-27 22:33:32 | 只看该作者 Only view this author
苏玖染 发表于 2017-12-27 20:53
请问老师,判断不同时刻、不同组分间的rdf怎么做?

gmx rdf,可以用-b -e设定轨迹从哪个时刻读到哪个时刻
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-8-1 10:46:55 | 只看该作者 Only view this author
你好,我想问一下,密度如何去考察呢

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发表于 Post on 2020-8-1 12:04:06 | 只看该作者 Only view this author
这种稀溶液密度我认为意义不大。看体系能量和重要相互作用的RDF波动可能更合适;根据我的经验,模拟时长尽可能长吧,30ns以上。

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