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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2015-2-22 17:28:10 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
看到有些人在其它帖子后面跟帖提问和主贴无关的比较简单的量化问题,本人不鼓励这样的做法,楼就歪了。但有些问题非常简单,单独发个帖子问也不值得(要不然论坛平均讨论质量会下降),所以特设此帖。凡是极为简单的,不需要后续反复讨论的、几句话就能写清楚的问题,请在此跟帖提问。此帖绝不仅限于LZ sob进行解答,其它人也欢迎参与解答。

涉及一堆图片、文字、输入输出文件的问题请单独发帖,别在此帖询问。
如果有人在量子化学版发帖问的内容属于特别初级,或者老生常谈的问题,我看到后也会合并到本帖里,避免没营养的信息拉低论坛讨论水准。

提问之前,一定要先用论坛首页的Google搜索框搜索论坛全文,确认找不到答案再问

与波函数分析、Multiwfn相关的问题不要在此帖咨询,请在"波函数分析与Multiwfn"板块发帖。论坛也有专门的Multiwfn简单问题答疑专贴:http://bbs.keinsci.com/thread-10181-1-1.html


另:几乎没什么量化基础的人做量化计算前应好好看看此贴
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html

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发表于 Post on 2015-2-23 02:51:43 | 显示全部楼层 Show all
非常感谢Sob老师开贴,有一堆零碎的 小问题想请教 老师。
关于解析梯度,解析hessian,有限差分hessian计算时间的一个小问题,求证一下。
如果没有解析梯度的话, 用有限差分计算梯度的时间大约是多少呢?
有限差分hessian 的时间消耗是 6N个解析梯度的时间 吗? 似乎是对每一个原子沿着XYZ方向位移一下,然后计算出 解析梯度 的差分?
解析hessian好像并没有省多少时间的样子,感觉时间花费是 3*N 个解析梯度的时间。 用Orca计算了一个13个原子小分子的过渡态,解析梯度花了10S,解析hessian花了7分钟,似乎 解析hessian并没有省太多时间的样子。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-2-23 04:37:19 | 显示全部楼层 Show all
Shannon 发表于 2015-2-23 02:51
非常感谢Sob老师开贴,有一堆零碎的 小问题想请教 老师。
关于解析梯度,解析hessian,有限差分hessian计 ...

有6N个几何变量时,有限差分(具体指双向差分)计算一次体系的梯度是6N*2次单点计算时间。如果是解析梯度,只需要几倍的单点的时间(具体是几倍和理论方法有关)。
基于解析梯度做一阶有限差分得到Hessian的耗时就是你说的,是6N个解析梯度的时间。解析Hessian比这省时多了。
你是具体怎么比的我不好说,最直接的比较,就是在高斯里比较freq和freq=numer的耗时,差异十分显著。
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发表于 Post on 2015-2-23 04:47:37 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2015-2-23 04:37
有6N个几何变量时,有限差分(具体指双向差分)计算一次体系的梯度是6N*2次单点计算时间。如果是解析梯度 ...

谢sobさん。计算过渡态需要的hessian真是太耗时了,稍微大一点的分子计算过渡态似乎都只能用半经验。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-2-23 06:03:27 | 显示全部楼层 Show all
Shannon 发表于 2015-2-23 04:47
谢sobさん。计算过渡态需要的hessian真是太耗时了,稍微大一点的分子计算过渡态似乎都只能用半经验。

只是第一步需要Hessian而已。实际上若用opt=(TS,gediis,noeigen)也可以不提供精确Hessian。
另外真正涉及到反应的区域就一点而已,可以用简化模型、混合基组、ONIOM等方法来节省计算量。半经验还是显得太low了,不过如果只是作为初步探索倒也可以。
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发表于 Post on 2015-2-25 18:37:24 | 显示全部楼层 Show all
请问 BP86-D3/def2-SVP  这个方法和基组
大概相当于咱们常用的哪些方法和基组?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-2-25 20:16:18 | 显示全部楼层 Show all
captain 发表于 2015-2-25 18:37
请问 BP86-D3/def2-SVP  这个方法和基组
大概相当于咱们常用的哪些方法和基组?

def2-SVP大小和6-31G**相仿佛,但结果更好。在高斯中,由于def2-SVP没有利用SP壳层,所以耗时比6-31G**会多一点。
BP86像BLYP、PBE一样都是很普通很常见的GGA泛函,-D只不过代表加了色散校正。
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sobereva 发表于 2015-2-25 20:16
def2-SVP大小和6-31G**相仿佛,但结果更好。在高斯中,由于def2-SVP没有利用SP壳层,所以耗时比6-31G**会 ...

原来如此 谢谢!
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发表于 Post on 2015-3-5 15:24:41 | 显示全部楼层 Show all
m062x是DFT的一种吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-5 18:35:51 | 显示全部楼层 Show all
huanyizhen 发表于 2015-3-5 15:24
m062x是DFT的一种吗?

是的
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发表于 Post on 2015-3-6 15:56:27 | 显示全部楼层 Show all
在学习gaussian中oniom方法这一段,对于oniom 分层设置电荷和多重度有点困惑。

比如有这么一个模型: support-ligand-Metal ,support为外围支撑结构,将其分为 support(low) 和 ligand-Metal (high)。 support结构中电荷和自旋多重度为 (0,1), ligand-metal结构中为(2, 3), 整体分子为(2,3)
那么在设置 low layer的时候应该写(0,1)还是(2,3)?

看gaussian说明书,计算过程中,low应该是计算了整个分子,那么应该填(2,3)?

另外,还有一个基组的设置问题,在high层处理l中如果要使用genecp关键词为ligand和metal分别指定不同的基组,那写成
oniom(b3lyp/genecp:b3lyp/amber) 然后将基组信息写在输入文件的后面就可以了吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-6 16:45:25 | 显示全部楼层 Show all
nkallwar 发表于 2015-3-6 15:56
在学习gaussian中oniom方法这一段,对于oniom 分层设置电荷和多重度有点困惑。

比如有这么一个模型: s ...


1 如手册所示,要这么写:chrg_real-low spin_real-low [chrg_model-high spin_model-high [chrg_model-low spin_model-low [chrg_real-high spin_real-high]]]
real是指整个体系,model是指ligand-metal这部分
你应该写2 3 2 3 2 3

2 是的。但你不能写成b3lyp/amber
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发表于 Post on 2015-3-7 06:12:49 | 显示全部楼层 Show all
请问DEF2TVZP只能在g09 D.01版本应用吗,其他版本可不可以?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-7 07:14:23 | 显示全部楼层 Show all
ZHANGZY 发表于 2015-3-7 06:12
请问DEF2TVZP只能在g09 D.01版本应用吗,其他版本可不可以?

G09 B.01开始直接支持def2-TZVP,写为def2TZVP。之前的版本若想用必须从EMSL上拷基组定义。
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发表于 Post on 2015-3-18 15:43:51 | 显示全部楼层 Show all
请问一下常用ECP中如ECPXXMDF的MDF是什么意思?是multiconfiguration Dirac±Hartree±
Fock (MCDHF) 的进一步缩写么?还是其他的。。

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