请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 73045|回复: 5089

[综合交流] 简单量化问题答疑专帖

  [复制链接]

1万

帖子

16

威望

1万

eV
积分
25248

管理员

公社社长

发表于 2015-2-22 17:28:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
看到有些人在其它帖子后面跟帖提问和主贴无关的比较简单的量化问题,本人不鼓励这样的做法,楼就歪了。但有些问题非常很简单,单独发个帖子问也不值得(要不然论坛平均讨论质量会下降),所以特设此帖。凡是极为简单的,不需要后续反复讨论的、一句话就能写清楚的问题,请在此跟帖提问。此帖绝不仅限于LZ sob进行解答,其它人也欢迎参与解答。

评分

参与人数 12eV +22 收起 理由
心可亮 + 2 赞!
huaxuewuli + 1
leebo + 4 好物!
青青子衿 + 2
cccya + 2
janeli1995 + 1 谢谢!
Scarlett-ww + 2 受益良多
yezhonghua + 1 我很赞同
chemhou + 1
小书童 + 1 谢谢
fankui1990129 + 2 谢谢
渡溪 + 3 受益匪浅!

查看全部评分

北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  不定期开办各层次量子化学、分子动力学、Multiwfn程序培训
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com
Multiwfn量子化学波函数分析程序主页:http://sobereva.com/multiwfn
计算化学公社论坛:http://bbs.keinsci.com
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。用于讨论理论、计算化学,两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明研究方向,否则一概不批。

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

127

帖子

1

威望

1201

eV
积分
1348

Level 4 (黑子)

发表于 2015-2-23 02:51:43 | 显示全部楼层
非常感谢Sob老师开贴,有一堆零碎的 小问题想请教 老师。
关于解析梯度,解析hessian,有限差分hessian计算时间的一个小问题,求证一下。
如果没有解析梯度的话, 用有限差分计算梯度的时间大约是多少呢?
有限差分hessian 的时间消耗是 6N个解析梯度的时间 吗? 似乎是对每一个原子沿着XYZ方向位移一下,然后计算出 解析梯度 的差分?
解析hessian好像并没有省多少时间的样子,感觉时间花费是 3*N 个解析梯度的时间。 用Orca计算了一个13个原子小分子的过渡态,解析梯度花了10S,解析hessian花了7分钟,似乎 解析hessian并没有省太多时间的样子。

1万

帖子

16

威望

1万

eV
积分
25248

管理员

公社社长

 楼主| 发表于 2015-2-23 04:37:19 | 显示全部楼层
Shannon 发表于 2015-2-23 02:51
非常感谢Sob老师开贴,有一堆零碎的 小问题想请教 老师。
关于解析梯度,解析hessian,有限差分hessian计 ...

有6N个几何变量时,有限差分(具体指双向差分)计算一次体系的梯度是6N*2次单点计算时间。如果是解析梯度,只需要几倍的单点的时间(具体是几倍和理论方法有关)。
基于解析梯度做一阶有限差分得到Hessian的耗时就是你说的,是6N个解析梯度的时间。解析Hessian比这省时多了。
你是具体怎么比的我不好说,最直接的比较,就是在高斯里比较freq和freq=numer的耗时,差异十分显著。
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  不定期开办各层次量子化学、分子动力学、Multiwfn程序培训
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com
Multiwfn量子化学波函数分析程序主页:http://sobereva.com/multiwfn
计算化学公社论坛:http://bbs.keinsci.com
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。用于讨论理论、计算化学,两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明研究方向,否则一概不批。

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

127

帖子

1

威望

1201

eV
积分
1348

Level 4 (黑子)

发表于 2015-2-23 04:47:37 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2015-2-23 04:37
有6N个几何变量时,有限差分(具体指双向差分)计算一次体系的梯度是6N*2次单点计算时间。如果是解析梯度 ...

谢sobさん。计算过渡态需要的hessian真是太耗时了,稍微大一点的分子计算过渡态似乎都只能用半经验。

1万

帖子

16

威望

1万

eV
积分
25248

管理员

公社社长

 楼主| 发表于 2015-2-23 06:03:27 | 显示全部楼层
Shannon 发表于 2015-2-23 04:47
谢sobさん。计算过渡态需要的hessian真是太耗时了,稍微大一点的分子计算过渡态似乎都只能用半经验。

只是第一步需要Hessian而已。实际上若用opt=(TS,gediis,noeigen)也可以不提供精确Hessian。
另外真正涉及到反应的区域就一点而已,可以用简化模型、混合基组、ONIOM等方法来节省计算量。半经验还是显得太low了,不过如果只是作为初步探索倒也可以。
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  不定期开办各层次量子化学、分子动力学、Multiwfn程序培训
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com
Multiwfn量子化学波函数分析程序主页:http://sobereva.com/multiwfn
计算化学公社论坛:http://bbs.keinsci.com
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。用于讨论理论、计算化学,两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明研究方向,否则一概不批。

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

177

帖子

0

威望

2166

eV
积分
2343

Level 5 (御坂)

发表于 2015-2-25 18:37:24 | 显示全部楼层
请问 BP86-D3/def2-SVP  这个方法和基组
大概相当于咱们常用的哪些方法和基组?
计算化学与分子模拟

1万

帖子

16

威望

1万

eV
积分
25248

管理员

公社社长

 楼主| 发表于 2015-2-25 20:16:18 | 显示全部楼层
captain 发表于 2015-2-25 18:37
请问 BP86-D3/def2-SVP  这个方法和基组
大概相当于咱们常用的哪些方法和基组?

def2-SVP大小和6-31G**相仿佛,但结果更好。在高斯中,由于def2-SVP没有利用SP壳层,所以耗时比6-31G**会多一点。
BP86像BLYP、PBE一样都是很普通很常见的GGA泛函,-D只不过代表加了色散校正。
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  不定期开办各层次量子化学、分子动力学、Multiwfn程序培训
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com
Multiwfn量子化学波函数分析程序主页:http://sobereva.com/multiwfn
计算化学公社论坛:http://bbs.keinsci.com
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。用于讨论理论、计算化学,两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明研究方向,否则一概不批。

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

177

帖子

0

威望

2166

eV
积分
2343

Level 5 (御坂)

发表于 2015-2-25 21:58:40 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2015-2-25 20:16
def2-SVP大小和6-31G**相仿佛,但结果更好。在高斯中,由于def2-SVP没有利用SP壳层,所以耗时比6-31G**会 ...

原来如此 谢谢!
计算化学与分子模拟

61

帖子

0

威望

599

eV
积分
660

Level 4 (黑子)

发表于 2015-3-5 15:24:41 | 显示全部楼层
m062x是DFT的一种吗?

1万

帖子

16

威望

1万

eV
积分
25248

管理员

公社社长

 楼主| 发表于 2015-3-5 18:35:51 | 显示全部楼层
huanyizhen 发表于 2015-3-5 15:24
m062x是DFT的一种吗?

是的
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  不定期开办各层次量子化学、分子动力学、Multiwfn程序培训
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com
Multiwfn量子化学波函数分析程序主页:http://sobereva.com/multiwfn
计算化学公社论坛:http://bbs.keinsci.com
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。用于讨论理论、计算化学,两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明研究方向,否则一概不批。

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

66

帖子

0

威望

698

eV
积分
764

Level 4 (黑子)

发表于 2015-3-6 15:56:27 | 显示全部楼层
在学习gaussian中oniom方法这一段,对于oniom 分层设置电荷和多重度有点困惑。

比如有这么一个模型: support-ligand-Metal ,support为外围支撑结构,将其分为 support(low) 和 ligand-Metal (high)。 support结构中电荷和自旋多重度为 (0,1), ligand-metal结构中为(2, 3), 整体分子为(2,3)
那么在设置 low layer的时候应该写(0,1)还是(2,3)?

看gaussian说明书,计算过程中,low应该是计算了整个分子,那么应该填(2,3)?

另外,还有一个基组的设置问题,在high层处理l中如果要使用genecp关键词为ligand和metal分别指定不同的基组,那写成
oniom(b3lyp/genecp:b3lyp/amber) 然后将基组信息写在输入文件的后面就可以了吗?

1万

帖子

16

威望

1万

eV
积分
25248

管理员

公社社长

 楼主| 发表于 2015-3-6 16:45:25 | 显示全部楼层
nkallwar 发表于 2015-3-6 15:56
在学习gaussian中oniom方法这一段,对于oniom 分层设置电荷和多重度有点困惑。

比如有这么一个模型: s ...


1 如手册所示,要这么写:chrg_real-low spin_real-low [chrg_model-high spin_model-high [chrg_model-low spin_model-low [chrg_real-high spin_real-high]]]
real是指整个体系,model是指ligand-metal这部分
你应该写2 3 2 3 2 3

2 是的。但你不能写成b3lyp/amber
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  不定期开办各层次量子化学、分子动力学、Multiwfn程序培训
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com
Multiwfn量子化学波函数分析程序主页:http://sobereva.com/multiwfn
计算化学公社论坛:http://bbs.keinsci.com
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。用于讨论理论、计算化学,两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明研究方向,否则一概不批。

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

82

帖子

0

威望

547

eV
积分
629

Level 4 (黑子)

发表于 2015-3-7 06:12:49 | 显示全部楼层
请问DEF2TVZP只能在g09 D.01版本应用吗,其他版本可不可以?

1万

帖子

16

威望

1万

eV
积分
25248

管理员

公社社长

 楼主| 发表于 2015-3-7 07:14:23 | 显示全部楼层
ZHANGZY 发表于 2015-3-7 06:12
请问DEF2TVZP只能在g09 D.01版本应用吗,其他版本可不可以?

G09 B.01开始直接支持def2-TZVP,写为def2TZVP。之前的版本若想用必须从EMSL上拷基组定义。
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  不定期开办各层次量子化学、分子动力学、Multiwfn程序培训
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com
Multiwfn量子化学波函数分析程序主页:http://sobereva.com/multiwfn
计算化学公社论坛:http://bbs.keinsci.com
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。用于讨论理论、计算化学,两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明研究方向,否则一概不批。

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

108

帖子

0

威望

722

eV
积分
830

Level 4 (黑子)

发表于 2015-3-18 15:43:51 | 显示全部楼层
请问一下常用ECP中如ECPXXMDF的MDF是什么意思?是multiconfiguration Dirac±Hartree±
Fock (MCDHF) 的进一步缩写么?还是其他的。。
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

Archiver|手机版|小黑屋|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2017-11-22 18:52 , Processed in 0.104956 second(s), 24 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表