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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-3-20 10:33:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-19 21:16
UHF和UDFT都一样
一看轨道图形就知道

好的,明白,重叠积分是负的代表的是什么意思呢?负的话是不是T值就直接取负值?

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发表于 Post on 2018-3-21 10:17:55 | 只看该作者 Only view this author
激发态优化,方法用的是#p opt freq td=(nstates=6,root=1)/6-31+g(d,p) scrf=(solvent=dichloromethane,pcm) m062x
log里面最后显示是 Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.
试着找了找前面的报错,感觉是下面几行,
(Enter /apps/chem/Gaussian/G09_D01/g09/l401.exe)
Lowest energy guess from the checkpoint file:  "mc1gsopt-2cl.chk"
B after Tr=     0.000000    0.000000    0.000000
         Rot=    0.995737   -0.092241   -0.000347   -0.000245 Ang= -10.59 deg.
Guess basis will be translated and rotated to current coordinates.
B after Tr=     0.000000    0.000000    0.000000
         Rot=    0.964738    0.262815    0.007291    0.012475 Ang=  30.52 deg.
Guess basis will be translated and rotated to current coordinates.
CkInt1:  FT= 2.78D-02
Max alpha theta= 11.999 degrees.
Operation on file out of range.
FileIO: IOper= 1 IFilNo(1)=  -526 Len=      279841 IPos=           0 Q=   47085741151560
这个是L401错误?怎么解决呢?求sob老师解答一下!!!感谢感谢感谢!

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发表于 Post on 2018-3-21 11:43:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 oupengfei1989 于 2018-3-21 11:46 编辑

1. 刚刚入门计算化学学习ORCA,请教各位,如果要计算Cu2+离子的能量,应该如何确定multiplicity呢?

2. 另外,如果采用B3LYP-D3BJ修正,def2-TZVP基组,TightSCF和TightOpt来控制精度的话,下面的输入文件应该如何修正呢?

谢谢指导!

! B3LYP D3BJ GCP(DFT/SVP) def2-TZVP def2-TZVP/JK TightSCF RIJCOSX grid4 nopop
! TightOpt
* xyz +2 2
Cu    0.000000e+00  0.000000e+00  0.000000e+00
*如果用in文件会输出错误,是什么原因导致的呢?
!!!                        FATAL ERROR ENCOUNTERED
!!!                        -----------------------
!!!                           BLAS-ERROR
!!!              INCOMPATIBLE MATRICES OR VECTORS FOUND


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-21 14:29:42 | 只看该作者 Only view this author
oupengfei1989 发表于 2018-3-21 11:43
1. 刚刚入门计算化学学习ORCA,请教各位,如果要计算Cu2+离子的能量,应该如何确定multiplicity呢?

2.  ...


1 二重态

2 对于ORCA 4.0,写def2/JK或def2/J,别写def2-TZVP/JK
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-21 14:31:06 | 只看该作者 Only view this author
zhaoxy 发表于 2018-3-21 10:17
激发态优化,方法用的是#p opt freq td=(nstates=6,root=1)/6-31+g(d,p) scrf=(solvent=dichloromethane,pc ...


无法判断。8成是bug。如果freq部分出错,把opt freq单独分成两个任务再试
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发表于 Post on 2018-3-21 18:44:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-21 14:31
无法判断。8成是bug。如果freq部分出错,把opt freq单独分成两个任务再试

谢谢老师~

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发表于 Post on 2018-3-21 20:17:47 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,我最近在做这个小分子的荧光发射光谱,但是TD opt总是出现错误,用的是PBE泛函,感觉是泛函和基组的问题,想麻烦sob老师帮忙看一下这个结构用什么泛函和基组比较合适呢?谢谢老师

pai-1-opt.xyz

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发表于 Post on 2018-3-21 21:44:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-21 14:29
1 二重态

2 对于ORCA 4.0,写def2/JK或def2/J,别写def2-TZVP/JK

感谢sob老师,我是使用的3.0.2版本,参照你的帖子《大体系弱相互作用计算的解决之道》中的模板写的输入文件,但是计算时候报错。下面的文件哪里出错了呢?

! B3LYP D3BJ GCP(DFT/SVP) def2-TZVP def2-TZVP/JK TightSCF RIJCOSX grid4 nopop
! TightOpt
* xyz +2 2
Cu    0.000000e+00  0.000000e+00  0.000000e+00
*

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-22 06:56:17 | 只看该作者 Only view this author
oupengfei1989 发表于 2018-3-21 21:44
感谢sob老师,我是使用的3.0.2版本,参照你的帖子《大体系弱相互作用计算的解决之道》中的模板写的输入文 ...

一个原子/离子没法优化
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-22 06:56:58 | 只看该作者 Only view this author
现在就好 发表于 2018-3-21 20:17
sob老师好,我最近在做这个小分子的荧光发射光谱,但是TD opt总是出现错误,用的是PBE泛函,感觉是泛函和基 ...

是否报错和泛函没有任何直接关系
问怎么解决直接贴报错信息
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发表于 Post on 2018-3-22 09:25:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-22 06:56
一个原子/离子没法优化

那有什么办法能够算出一个Mn2+的能量吗?

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发表于 Post on 2018-3-22 11:07:25 | 只看该作者 Only view this author
oupengfei1989 发表于 2018-3-22 09:25
那有什么办法能够算出一个Mn2+的能量吗?

单点计算,不用优化。但注意如果考察的是溶液中的能量,隐式溶剂化是不够的,应该加适当的显式溶剂化。

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发表于 Post on 2018-3-22 19:55:50 | 只看该作者 Only view this author
各位好,想问一下,我自己画了一个小分子,然后进行了优化,频率都是正的,那么我怎么确定这个优化过的分子就是与实际对应的,总感觉少了点什么,不敢用啊。
头顶笠帽,身披蓑衣,独钓江雪

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发表于 Post on 2018-3-23 02:56:52 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问orca 4.0 可以设置ccsd(t)-f12的geminal值吗?molpro可以设置1.0-1.4;在手册上没有看到这个选项

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-24 06:42:35 | 只看该作者 Only view this author
jackieiii 发表于 2018-3-22 19:55
各位好,想问一下,我自己画了一个小分子,然后进行了优化,频率都是正的,那么我怎么确定这个优化过的分子 ...

如果是柔性分子,做构象搜索,以确定得到的是能量最低的结构
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388
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