简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

ly12211 · 发表于 Post on 2018-3-24 20:09:17

请问有没有比较b3lyp 和CCSD 计算效率的这方面文献材料，一般都算多大的体系？不要笑话，我研究的碳氢团簇，两百多个原子,评审的一条意见是用CCSD/6-31G(D,P)做个更精确的比较

，回复时间只有3-6周感觉根本没戏

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2018-3-24 21:54:05

ly12211 发表于 2018-3-24 20:09
请问有没有比较b3lyp 和CCSD 计算效率的这方面文献材料，一般都算多大的体系？不要笑话，我研究的碳氢团簇 ...

这审稿人扯淡，200个原子算到死，直接回复说计算量太大算不了，引用的话我倒是觉得引用一些证明B3LYP适合这类体系的benchmark比较好。CCSD不带(T)，CCSD配6-31(g,d)都是搞笑的事，这审稿人就是个不懂的瞎指挥

zzz · 发表于 Post on 2018-3-26 15:31:58

各位老师和同学们：我在计算基组重叠误差的时候出现了L502错误，尝试了http://sobereva.com/61的方法，用int=ultrafine和SCF=conver=6两个关键词时，计算出的BSSE值为负值，其它尝试的关键词提示为L502错误。附件中是计算的体系、尝试的方法记录和计算出负值的结果文件。想问的问题是：1、是体系结构的问题吗？计算的是通过优化后的体系。2、用int=ultrafine和SCF=conver=6两个关键词再进行了一次计算，BSSE为负值，但两次结果值不一样。这是为什么？计算用的软件是高斯09 B. 3、请老师和同学们帮我看看问题出在哪里，越来越困惑了。。。谢谢大家！

zzz · 发表于 Post on 2018-3-26 15:37:20

liyuanhe211 发表于 2018-3-22 11:07
单点计算，不用优化。但注意如果考察的是溶液中的能量，隐式溶剂化是不够的，应该加适当的显式溶剂化。

计算Fe3+离子的能量，除了考虑隐式溶剂外，还加了6个水分子，使其与Fe3+形成八面体结构，计算其能量。老师，我需要对该体系进行优化后再算能量吗？还是可以直接计算单点能？辛苦老师啦~

329678001 · 发表于 Post on 2018-3-26 16:29:10

卢老师您好。我一直想分析一下轨道组成成份相关的计算，基础不是很好，看了您的一些博文，有点混乱。我想做的是金属作为活性位点和气体的相互作用，我目前只会用gaussview看fchk文件的轨道（Multiwfn这一块用的并不熟练）。不清楚和定域化轨道以及其他轨道的一些区别。自旋密度布局是不是分析轨道的一种方式呢？我看了您的那篇分子轨道成份计算的文章，但是里面的公式我一个都看不懂啊，我觉得我要走的路还很长，我想让你给我推荐一下从哪里学起，万分感谢
一只迷失的羔羊

火烈鸟小唐 · 发表于 Post on 2018-3-26 17:52:55

老师，您好：
  有些问题想请教一下老师：下面三张图分别是对丙烯酸结构优化以后以及反应过程生成丙烯酸（根据IRC连接的产物进行优化）的构型，但是羟基上的氢的朝向不一样，以及双键相对位置会发生变化，这个应该怎么处理。
  然后在利用TS搜索过渡态时，A·+B·——R或者  R—— A·+B·这种反应类型，自旋多重度应该怎么设置。
  谢谢老师！

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2018-3-26 18:01:21

zzz 发表于 2018-3-26 15:37
计算Fe3+离子的能量，除了考虑隐式溶剂外，还加了6个水分子，使其与Fe3+形成八面体结构，计算其能量。老 ...

加水配位后要优化

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2018-3-26 18:03:23

329678001 发表于 2018-3-26 16:29
卢老师您好。我一直想分析一下轨道组成成份相关的计算，基础不是很好，看了您的一些博文，有点混乱。我想做 ...

不是。
从简练、明确的提问问题学起。

从努力看懂分子轨道成分文章中的公式看起。再看不懂就去看Sazbo Modern Quantum Chemistry中相关的一少部分内容再回来看

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2018-3-26 18:07:56

火烈鸟小唐发表于 2018-3-26 17:52
老师，您好：
有些问题想请教一下老师：下面三张图分别是对丙烯酸结构优化以后以及反应过程生成丙烯酸（ ...

选取能量最低的情况计算（包括共轭双键的s-cis, s-trans，和O=C-O-H的二面角问题），不论底物还是过渡态均是如此。

如果底物和过渡态都确认是能量最低的（不是指极小的，指尝试几种构型后取能量最低的那个），但过渡态连接的底物与最优的底物构象不同，那只说明底物会经过弛豫走到过渡态所连的底物构型所在的极小点处，只要这个构象转变所需的能量不大，不必在意这个不同。
这本质上就是构象搜索问题。

如果都是"一般的"有机分子、有机自由基自旋多重度为1

zzz · 发表于 Post on 2018-3-27 08:59:59

liyuanhe211 发表于 2018-3-26 18:01
加水配位后要优化

好的，谢谢~

erya123 · 发表于 Post on 2018-3-27 12:00:36

老师，我用的关键词是OPT=(calcfc）可是最后优化出来的结构里面有虚频。如图：

扯淡夜夜夜 · 发表于 Post on 2018-3-27 20:26:46

各位老师和同学你们好，我想问下在隐式溶剂模型下分子间相互作用能的算法是怎么样的？谢谢

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2018-3-27 21:14:50

erya123 发表于 2018-3-27 12:00
老师，我用的关键词是OPT=(calcfc）可是最后优化出来的结构里面有虚频。如图：

calcfc不能保证没有虚频。继续尝试其他解决虚频的方法

函数与激情 · 发表于 Post on 2018-3-27 22:04:55

Sob老师您好，请问高斯输出文件中轨道对称性表示的 A' 和A'' 有什么区别呢？

函数与激情 · 发表于 Post on 2018-3-28 14:44:42

函数与激情发表于 2018-3-27 22:04
Sob老师您好，请问高斯输出文件中轨道对称性表示的 A' 和A'' 有什么区别呢？

已经查到啦，群论学的不好，不好意思

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