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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-28 15:25:22 | 只看该作者 Only view this author
扯淡夜夜夜 发表于 2018-3-27 20:26
各位老师和同学你们好,我想问下在隐式溶剂模型下分子间相互作用能的算法是怎么样的?谢谢

和气相一样,只不过所有步骤都加上scrf(xxxxx)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-28 15:25:54 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2018-3-27 12:00
老师,我用的关键词是OPT=(calcfc)可是最后优化出来的结构里面有虚频。如图:

完整阅读
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-28 15:35:19 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-3-26 16:29
卢老师您好。我一直想分析一下轨道组成成份相关的计算,基础不是很好,看了您的一些博文,有点混乱。我想做 ...

最基本的知识在Levine之类的基础性量化书,以及科音量化初级班都讲过,有了这些最基础的知识,看波函数分析的东西,诸如轨道成分分析,就不会觉得有什么难的。
量化里面轨道的类型极多,有些好理解,有些难理解
自旋布居和轨道成分分析没直接关系
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发表于 Post on 2018-3-28 15:41:49 | 只看该作者 Only view this author
请问Sob老师 自旋多重度的设置会影响吸收光谱的数值吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-28 17:35:56 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2018-3-28 15:41
请问Sob老师 自旋多重度的设置会影响吸收光谱的数值吗?

显然会
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发表于 Post on 2018-3-28 20:52:18 | 只看该作者 Only view this author
利用Gaussview 5.0.9绘制图示分子的HOMO,LUMO轨道分布时出现如图所示的错误,请问老师可能是什么原因造成的?

1.JPG (246.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-28 22:48:09 | 只看该作者 Only view this author
月光夸克 发表于 2018-3-28 20:52
利用Gaussview 5.0.9绘制图示分子的HOMO,LUMO轨道分布时出现如图所示的错误,请问老师可能是什么原因造成 ...

isovalue设置不合理,改大或改小再试
用Multiwfn绘制速度快得多也方便得多,还不会遇到此类问题。而结合VMD后效果完爆gview
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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发表于 Post on 2018-3-29 08:39:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-28 22:48
isovalue设置不合理,改大或改小再试
用Multiwfn绘制速度快得多也方便得多,还不会遇到此类问题。而结合 ...

我在0.0001到1000范围内调整了isovalue值仍然出现相同错误。并且只有这个分子出错了,在选用不同溶剂优化后依然出现同样错误,而在其它分子中并未遇到这个问题。不知道有没有人遇到过此类问题?

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发表于 Post on 2018-3-29 09:33:07 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师。
还要请教一下,我现在在算Fe(II)配合物的吸收光谱,在自旋多重度的设置上不太明白。根据我的理解d轨道有4个单电子,自旋多重度应该设置为5,请问老师设置为5是正确的吗?还有我在别人的文献中看到计算Fe(II)类的配合物还设置成1,3,5的,这为什么还可以设置成1和3呢?这怎么理解呢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-29 10:50:37 | 只看该作者 Only view this author
月光夸克 发表于 2018-3-29 08:39
我在0.0001到1000范围内调整了isovalue值仍然出现相同错误。并且只有这个分子出错了,在选用不同溶剂优化 ...

程序bug,甭用gview就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-29 10:58:58 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2018-3-29 09:33
谢谢老师。
还要请教一下,我现在在算Fe(II)配合物的吸收光谱,在自旋多重度的设置上不太明白。根据我的 ...

看配体特征。配体是弱场就是高自旋,强场就是低自旋。搞不清楚就1,3,5都算算看谁能量最低
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发表于 Post on 2018-3-29 14:11:57 | 只看该作者 Only view this author
各位老师您好,请问在使用隐式溶剂模型进行计算时,如果eps实在找不到,该如何处理?谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-3-29 14:39:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-29 10:58
看配体特征。配体是弱场就是高自旋,强场就是低自旋。搞不清楚就1,3,5都算算看谁能量最低

明白了,谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-29 15:55:22 | 只看该作者 Only view this author
布清 发表于 2018-3-29 14:11
各位老师您好,请问在使用隐式溶剂模型进行计算时,如果eps实在找不到,该如何处理?谢谢老师!


找个特征相似的化合物凑合,或者用动力学方法计算eps
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发表于 Post on 2018-3-29 19:44:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-29 15:55
找个特征相似的化合物凑合,或者用动力学方法计算eps

好的,谢谢sob老师。

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