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楼主 Author: 舍命为江山
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[综合交流] 蛋白质中的盐桥作用求助

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发表于 Post on 2021-4-5 02:19:57 | 只看该作者 Only view this author
5撇到3撇 发表于 2021-4-4 22:49
老师它不是正负电荷间的相互作用嘛,离子键也属于这样的呀

离子键属于化学键范畴,盐桥明显不是化学键的程度的作用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-4-5 10:32:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-4 19:59
不是侧链质心距离,而是带显著正电荷和显著负电荷的原子/基团间的距离

嗯嗯,的确是这样,也就是说salter这个插件输出文件中帧对应的距离就是这个带显著正电荷和显著负电荷的原子/基团间的距离吧?

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发表于 Post on 2021-4-6 03:28:13 | 只看该作者 Only view this author
chenxianzhao 发表于 2021-4-5 10:32
嗯嗯,的确是这样,也就是说salter这个插件输出文件中帧对应的距离就是这个带显著正电荷和显著负电荷的原 ...

VMD的这个插件可以给你所有判断出的盐桥中,正电残基侧链氮的质心距离与负电残基侧链的氧的质心距离
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-4-6 14:55:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-6 03:28
VMD的这个插件可以给你所有判断出的盐桥中,正电残基侧链氮的质心距离与负电残基侧链的氧的质心距离

这个距离应该就等价定义为带电基团之间的距离了吧

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发表于 Post on 2022-9-20 09:31:44 | 只看该作者 Only view this author
请教一下,轨迹中盐桥占有率需要大于多少才算是形成的稳定的盐桥

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