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[GROMACS] pdb中的原子编号

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各位,我计算的体系比较大,发现pdb文件中原子编号编到99999后又从0开始,这样我写index的时候岂不是会混乱?(用的gromacs)
请问怎么破?跪谢

如图

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发表于 Post on 2015-3-9 15:33:03 | 只看该作者 Only view this author
能不能将之后的H2O用不同的残基来表示,进行处理!

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发表于 Post on 2015-3-9 18:55:52 | 只看该作者 Only view this author
你在make_ndx里用r选定原子编号在99999之后的残基,然后看看index文件里的原子序号是否正常,是否大于99999。(假定99999号之前的原子序号是连着的。gmx里的原子序号是顺着排的)
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发表于 Post on 2015-3-9 19:24:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-3-9 18:55
你在make_ndx里用r选定原子编号在99999之后的残基,然后看看index文件里的原子序号是否正常,是否大于99999 ...

sob老师,这个编号对MD重要么?我用vmd建模,就算是序号乱了,但是只要数量和top对应就能跑...
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-9 19:54:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-3-9 18:55
你在make_ndx里用r选定原子编号在99999之后的残基,然后看看index文件里的原子序号是否正常,是否大于99999 ...

是大于99999的,但是我的残基序号也有重复的,残基号编到9999后又从0开始编了。。。所以我用make_ndx选r=4000的原子一共选中了2个水分子。。。

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发表于 Post on 2015-3-9 20:46:27 | 只看该作者 Only view this author
kunkun 发表于 2015-3-9 19:24
sob老师,这个编号对MD重要么?我用vmd建模,就算是序号乱了,但是只要数量和top对应就能跑...

对MD不重要
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发表于 Post on 2015-3-9 20:47:04 | 只看该作者 Only view this author
mol 发表于 2015-3-9 19:54
是大于99999的,但是我的残基序号也有重复的,残基号编到9999后又从0开始编了。。。所以我用make_ndx选r= ...

那就自己写index吧
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