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[Gaussian/gview] 将Gaussian的IRC任务输出转换为.xyz轨迹文件的工具:GauIRC2xyz

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发表于 Post on 2015-3-13 02:06:58 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
将Gaussian的IRC任务输出转换为.xyz轨迹文件的工具:GauIRC2xyz

文/Sobereva @北京科音
First release: 2015-Mar  Last update: 2022-Dec-7

以前有人问诸如怎么得到Gaussian产生的IRC每个点的结构、怎么得到IRC中某个几何变量的变化。于是抽空写了这个程序解决此问题。

GauIRC2xyz最新版下载地址:http://sobereva.com/soft/GauIRC2xyz_1.2.7.zip。其中带.exe后缀的是Windows版可执行文件,无后缀的是Linux下的可执行文件。

此程序用于将Gaussian的IRC任务的输出文件转换为同目录下同名的.xyz轨迹文件。启动后输入文件名即可。trimerization.out是示例输入文件,trimerization.xyz是转换出来的轨迹。

.xyz轨迹格式很简单,见《谈谈记录化学体系结构的xyz文件》(http://sobereva.com/477)。很多程序都可以支持.xyz轨迹文件,比如VMD,它使得分析IRC过程中各个变量的变化很方便。比如想看IRC中某个键长度的变化,将.xyz轨迹文件载入VMD,然后按键盘上的2,点击相应两个原子,然后进Graphics - Labels,下拉框选Bonds,选中相应的项,选 Graph标签页,点Save即可将轨迹中这两个原子间距离保存到指定的文本文件中。

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发表于 Post on 2021-1-23 18:16:05 | 显示全部楼层 Show all
卢老师,请问这个可以把Gaussian的BOMD任务输出转换为.xyz轨迹文件吗?Gv打开比较慢,谢谢!

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发表于 Post on 2021-1-23 18:31:04 | 显示全部楼层 Show all
jctyp 发表于 2021-1-23 18:16
卢老师,请问这个可以把Gaussian的BOMD任务输出转换为.xyz轨迹文件吗?Gv打开比较慢,谢谢!

已经看到http://sobereva.com/126介绍了

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发表于 Post on 2021-10-10 11:36:33 | 显示全部楼层 Show all
sob老师,GauIRC2xyz 1.2.1下载地址失效了,麻烦更新下,感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-10 12:58:42 | 显示全部楼层 Show all
xinxinup 发表于 2021-10-10 11:36
sob老师,GauIRC2xyz 1.2.1下载地址失效了,麻烦更新下,感谢

更了
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