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[Multiwfn使用咨询] 基于promolecular的RDG分析,没有显示弱作用

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用的Multiwfn3.5版本,将MS 优化的结构信息转化成mol文件,进行了基于promolecular的RDG分析。命令为100 1 16,14 3 -1,得出的结果如图所示。 为何没有明显的弱作用spike? 是我哪里出错了吗?

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发表于 Post on 2018-1-10 08:23:12 | 只看该作者 Only view this author
很多spike啊,顶多是因为点不够密集,显得没鲜明戳到底而已。去看等值面,绝对会出现展现弱相互作用的RDG等值面
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-10 08:35:38 | 只看该作者 Only view this author
多谢sob老师。选点已经用的高精度的了,还能用更高的吗?
我去做等值面试试啊

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发表于 Post on 2018-1-10 08:45:54 | 只看该作者 Only view this author
anqingpingle 发表于 2018-1-10 08:35
多谢sob老师。选点已经用的高精度的了,还能用更高的吗?
我去做等值面试试啊

高精度那个选项是对于中、小体系而言的。格点数目是固定的,体系大了显然格点就稀疏了,精度就低了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-10 15:52:44 | 只看该作者 Only view this author
重新增加了格点。做了等值面,并参考http://sobereva.com/68 调整了等值面,可等值面一直都是分子上也有呢。按照设置中心原子的方法,一次次试,但是如何保证只是去掉了分子上的,分子间的全部留下来呢??

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发表于 Post on 2018-1-10 16:07:39 | 只看该作者 Only view this author
anqingpingle 发表于 2018-1-10 15:52
重新增加了格点。做了等值面,并参考http://sobereva.com/68 调整了等值面,可等值面一直都是分子上也有呢 ...

RDG_maxrho设为默认值,如果还这样,调节RDG等值面数值到合适的值使得分子内的等值面消失
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-11 08:16:24 | 只看该作者 Only view this author
多谢sob老师你!已经调好了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-11 08:17:55 | 只看该作者 Only view this author
另外我想在做一下粗定量的分析,请sob老师给指导一下方向

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-14 11:20:57 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,画完散点图在【-0.05,0.05】区间内spike很多,不同的作用力的具体范围如何确定?范德华力取【-0.01,0.01】之间的spike可以吗?其余的左边至0.05可以认为是氢键类吗?右边至0.05是位阻?

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发表于 Post on 2018-1-15 00:03:15 | 只看该作者 Only view this author
anqingpingle 发表于 2018-1-14 11:20
sob老师,画完散点图在【-0.05,0.05】区间内spike很多,不同的作用力的具体范围如何确定?范德华力取【-0.0 ...

具体怎么归属看体系特征。诸如有较强卤键,spike也是很靠图左边的
结合填色等值面图、化学常识,很容易指认
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