orca赝势计算产生的molden文件需要手动修改吗

逸香剑客

看了sob老师的《详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换》博文，中间有一点不清楚。文中提到，Orca用赝势计算结果产生的.molden文件，原子序数与核电荷数是不等的。
为了解决这个矛盾，是需要用户载入之前把核电荷数修正一致，还是Multiwfn程序已经进行了程序处理，不用用户再操作，而这段话的意思只是告诉用户Multiwfn的原理。
谢谢

sobereva

需要手动处理。手册2.5节介绍molden文件的时候有说明
One drawback of Molden input file is that it does not explicitly record nuclear charges as
other formats such as wfn and fch, therefore the results relying on nuclear charges (e.g.
electrostatic potential) will be problematic when pseudo-potential is used. To address this problem,
Multiwfn loads atomic indices in the file (i.e. the third column in [Atoms] field) as nuclear charges,
thus if you manually change the atomic index as the number of atomic valence electrons that
explicitly represented in the quantum chemistry calculation, then the result will be correct. (Note
that Multiwfn determines element of each atom according to atomic name in .molden file,
therefore even after above modification, the elements can still be correctly identified)

逸香剑客

sobereva 发表于 2018-1-18 00:03
需要手动处理。手册2.5节介绍molden文件的时候有说明
One drawback of Molden input file is that it does ...

谢谢sob老师。
那利用Multiwfn的文件转换功能，在将molden转换为fchk格式时，是手动修改后的进去转换，还是不用手动修改的进去转换。哪个结果是正确的。

sobereva

逸香剑客 发表于 2018-1-18 08:26
谢谢sob老师。
那利用Multiwfn的文件转换功能，在将molden转换为fchk格式时，是手动修改后的进去转换， ...

应当手动修改
否则读入直接产生的molden的时候，Multiwfn不知道到底用没用赝势