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[Multiwfn使用咨询] aRDG 轨迹载入时提示原子类型不识别

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  使用200功能,载入教程自带的固定水分子动力学模拟的轨迹wat.xyz,提示OW,HW1, HW2的原子不识别,按默认的C来对待。 提取1帧轨迹修改OW为O   HW1为H   HW2为H   则可以进行aRDG分析,这样的问题咋解决呢。

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发表于 Post on 2015-4-6 19:25:37 | 只看该作者 Only view this author
这是后来版本引入的一个bug,我已在Multiwfn主页上更新了3.3.8(dev)以解决此问题,请尝试。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-4-6 22:12:49 | 只看该作者 Only view this author
谢谢  社长对软件的更新   我已经试过了水的那个例子   没问题。   但是疑问的是    用经典力场得到的分析结果    是否可以用QM/MM-MD  来模拟更加精确呢   而若关心的QM层原子数量少的时候,可否用M06-2X等方法优化(gaussian-amber 可实现),若关心的QM层原子数多时,全部用PM3或者DFTB优化。 这样QM/MM-MD得到的轨迹  分析aRDG的结果是否会和经典力场得到的轨迹在定性判断上有分歧呢???

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发表于 Post on 2015-4-7 13:22:38 | 只看该作者 Only view this author
如果算得动QMMM的MD那没问题,结果会更好,实际上aRDG原文就用了QMMM MD。但是能计算的时间长度比较有限,帧数不够的话aRDG图也难看。
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