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[VASP] CINEB计算过渡态的问题

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发表于 2018-2-13 10:22:56 | 显示全部楼层 |阅读模式
重新修改下问题
各位老师前辈,我在用CINEB计算某种金属催化剂催化氮气加氢的时候,插入的IMAGES中的构型总会发生很大的变化(原子乱飞,导致能量极不合理),开始以为是线性插值的问题,但是我将反应物产物导入MS里面用reaction preview 选取帧数来插点依然是这样,请问各位这样的情况怎么破?如图,图一是第四个image的初始构型04,图二是计算5个离子步后的构型,可以看到H和N原子之间的距离变成了0.6A,这样就导致了能量不合理(图三),按照前面几次计算的结果H原子甚至会跑到催化剂中间去,那能量就更加不合理了,各位老师前辈有过解决这样的问题的经验吗?nebavoid.pl ... 1也试过了还是会这样,很简单的反应,排除了线性插值不合理的地方。


图一

图一

图二

图二

图三

图三

INCAR

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发表于 2018-2-13 16:04:34 | 显示全部楼层
图没贴上
注意看置顶的新人必读,了解正确的贴图方法
不要试图直接把QQ截图复制粘贴到帖子里,显然不可能自动上传图片
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  不定期开办各层次量子化学、分子动力学、Multiwfn程序培训
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发表于 2018-2-13 17:20:50 | 显示全部楼层
最大可能是你插入中间结构时,image里有原子间距过近的情况,解决的办法是手动改一下过近的原子间距
或者用henkelmann发布的脚本nebavoid.pl调整一下image结构,nebavoid.pl用法参考相应网上说明

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 楼主| 发表于 2018-2-13 17:36:54 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-2-13 16:04
图没贴上
注意看置顶的新人必读,了解正确的贴图方法
不要试图直接把QQ截图复制粘贴到帖子里,显然不可能 ...

好的

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 楼主| 发表于 2018-2-13 17:41:23 | 显示全部楼层
hakuna 发表于 2018-2-13 17:20
最大可能是你插入中间结构时,image里有原子间距过近的情况,解决的办法是手动改一下过近的原子间距
或者 ...

好的,先前为了省事 就没用这个脚本,我现在试试看,谢谢老师回复

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发表于 2018-2-14 10:49:11 | 显示全部楼层
每个0x文件夹下的OUTCAR里,会有原子间距信息,仔细查看一下是否有不合理情况,出现不合理情况一般是线性插值引起,也有可能反应物和产物结构中原子次序不一致所致。如果排除原子间距问题,看看你INCAR里参数是否合理,除了Henkelmann组网页上关于NEB部分外,你还需要好好研究一下那里的optimizers,譬如你INCAR里POTIM=0.5是不对的,应设为0......
现在的cneb方法没有刚开始好用了,收敛精度高时,搜索后期可能会遇到结构紊乱情况,建议先用CNEB粗略跑一下(降低收敛精度,用少量k点),待粗收敛后,选择粗收敛的TS结构,改用Dimmer(VASP自带的改进Dimmer或henkelmann Dimmer)或Lanczos,提高收敛精度,接着搜TS

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 楼主| 发表于 2018-2-14 12:09:14 | 显示全部楼层
hakuna 发表于 2018-2-14 10:49
每个0x文件夹下的OUTCAR里,会有原子间距信息,仔细查看一下是否有不合理情况,出现不合理情况一般是线性插 ...

谢谢老师的回复,提前祝您新年快乐,
今天检查构型能量更加不合理了,H原子已经不知道跑到哪去了,相比于00,04的能量高出几百eV了;我没有用vtst给出的那7种算法,计算的时候应当是默认的NEB的算法(IOPT = 0),那么那么POTIM貌似不能给0,我学习了看了sky的帖子@sky ,准备试一下用IOPT=7跑个20-30步(两小时了一步都还没跑完),然后再用IOPT=1.我也想用dimer来着但是相关的处理的脚本我不是管理员没法用,还正在研究怎么玩dimer。另外,我是新手,所以跟您确认下,粗算之后再精算是指先用较低的标准计算几十步之后,然后将CONTCAT保留再命名为POSCAR然后提高INCAR的收敛标准,再重新计算吗,那按照您的经验,精算一般跑多少个离子步比较合适呢,我前面设的多了就会出现您说的紊乱的情况。

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发表于 2018-2-14 21:57:29 | 显示全部楼层
如果用CNEB,建议还是用Henkelmann的优化算法
脚本之类的装在自己的账号下一样使用,不需要管理员账号
CNEB+Dimer时,把粗收敛的TS即某0X下的CONTCAR,作为初猜即cp到POSCAR,修改INCAR,继续搜TS
搜TS需要多少粒子步问题没有答案,和你初猜结构准确程度有关,还和你INCAR里的参数设置有关,你可以设置得大一些,反正收敛后会自动停下来,不会设置多少步就跑多少步的

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 楼主| 发表于 2018-2-15 09:59:24 | 显示全部楼层
hakuna 发表于 2018-2-14 21:57
如果用CNEB,建议还是用Henkelmann的优化算法
脚本之类的装在自己的账号下一样使用,不需要管理员账号
CN ...

谢谢您的回复,初步的CINEB基本没有变化了,我现在准备用dimer做精修,我是照着vasp手册上的例子来做的,您看看我的这个INCAR合理吗?感觉和sky的帖子里面有较多的不同。。

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发表于 2018-2-18 17:01:27 | 显示全部楼层
夜夜衣 发表于 2018-2-15 09:59
谢谢您的回复,初步的CINEB基本没有变化了,我现在准备用dimer做精修,我是照着vasp手册上的例子来做的, ...

其实你在手册里例子的INCAR文件基础上简单修改一下就可以了
譬如加上截断能、收敛限、是否考虑自旋和范德华作用力、展宽相关参数等等就可以了
NSW可以设置大一点,一般跑个几百步是常有的事,我们预先无法断定,设置大写总归不影响什么,当然,在跑Dimer过程中,也要检查一下收敛情况,一旦出现问题,需要及时中断,重新修正
ICHAIN不需要设置

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 楼主| 发表于 2018-2-18 18:49:30 | 显示全部楼层
hakuna 发表于 2018-2-18 17:01
其实你在手册里例子的INCAR文件基础上简单修改一下就可以了
譬如加上截断能、收敛限、是否考虑自旋和范 ...

谢谢您的回复,祝您新年快乐!~

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 楼主| 发表于 2018-2-18 20:24:39 | 显示全部楼层
hakuna 发表于 2018-2-18 17:01
其实你在手册里例子的INCAR文件基础上简单修改一下就可以了
譬如加上截断能、收敛限、是否考虑自旋和范 ...

老师我再请教您一个问题,我用的脚本都没法输出切线力是多少,我都不知道我的最高的像点的切线力是否接近0了,网上关于OUTCAR中的切线力的描述我都没找到。。。请问您一下,在OUTCAR中哪个地方是体现切线力的呢?

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 楼主| 发表于 2018-2-18 20:28:48 | 显示全部楼层
hakuna 发表于 2018-2-14 21:57
如果用CNEB,建议还是用Henkelmann的优化算法
脚本之类的装在自己的账号下一样使用,不需要管理员账号
CN ...

我用了Henkelmann的算法之后再也没出现过结构跑到紊乱的情况~看来NEB自带的算法确实过时了呀~

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发表于 2018-2-18 21:35:14 | 显示全部楼层
夜夜衣 发表于 2018-2-18 20:24
老师我再请教您一个问题,我用的脚本都没法输出切线力是多少,我都不知道我的最高的像点的切线力是否接近 ...

我很少用脚本,跑CNEB中间一般会查看一下 结构变化的合理性,只是找个比较类似的TS结构再跑一下 Dimer.....
如果有兴趣研究切线力大小,你试试sky写的脚本,他帖子里有介绍

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