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楼主 Author: 不取俗名
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[Multiwfn使用咨询] RDG分析中屏蔽多个片段的分子内相互作用等值面

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发表于 Post on 2018-4-12 09:34:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-11 19:34
先弄明白如何手动载入cub文件及进行调节、设置,使得绘制一个填色等值面图的效果和直接用绘图脚本相同。 ...

多谢sob老师!我先慢慢学一下vmd的操作,然后看能不能达到想要的结果

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-21 10:57:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-11 19:34
先弄明白如何手动载入cub文件及进行调节、设置,使得绘制一个填色等值面图的效果和直接用绘图脚本相同。 ...

sob老师好,我想请问一下经过主功能13处理过的cub文件,还能不能将其点导出来用来画NCI的2D散点图

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发表于 Post on 2018-4-21 12:17:06 | 只看该作者 Only view this author
不取俗名 发表于 2018-4-21 10:57
sob老师好,我想请问一下经过主功能13处理过的cub文件,还能不能将其点导出来用来画NCI的2D散点图

可以。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-23 02:41:05 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,我最近在玩IGM,atom indices coloring表达方式我觉得特别有意思,目前来看仅支持两个fragment,我在想(可能是个愚蠢的尝试),假如我算多体的原子贡献,举个例子trimer,我如果把A-B,A-C,B-C间的原子贡献都分别算一遍,然后分别将每个体系中出现的该原子的贡献都加到这个原子上(可以想象到有些离得很远的,贡献自然是会很小),然后再用这个去做一整个体系的coloring的图,您觉得这么做从原理上来说合理吗?

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发表于 Post on 2018-4-23 05:57:38 | 只看该作者 Only view this author
不取俗名 发表于 2018-4-23 02:41
谢谢老师,我最近在玩IGM,atom indices coloring表达方式我觉得特别有意思,目前来看仅支持两个fragment ...


如果说对A着色时候的数值,就是想体现A的原子与BC的相互作用,那就把A和BC分别定义为两个fragment来计算A的原子指数就完了。对B、C也类似处理
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-23 07:53:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-23 05:57
如果说对A着色时候的数值,就是想体现A的原子与BC的相互作用,那就把A和BC分别定义为两个fragment来计 ...

嗯,谢谢老师,我试了一下,效果挺好的,可以将整个体系的所有原子对interfragment interaction的贡献都体现出来

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-26 07:28:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-23 05:57
如果说对A着色时候的数值,就是想体现A的原子与BC的相互作用,那就把A和BC分别定义为两个fragment来计 ...

老师您好,在IGM中由于delta_g可以在一定程度上代表相互作用的强度,请问在2D scatter plot中,比较图中delta_g-inter所出现的spikes的强度,应该是横坐标越负越强,还是纵坐标越高越强?

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发表于 Post on 2018-4-26 19:36:46 | 只看该作者 Only view this author
不取俗名 发表于 2018-4-26 07:28
老师您好,在IGM中由于delta_g可以在一定程度上代表相互作用的强度,请问在2D scatter plot中,比较图中d ...

都能体现,只不过是两个不同角度而已
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-27 00:46:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-26 19:36
都能体现,只不过是两个不同角度而已

谢谢老师,我能不能感性上的理解为:横坐标更与其性质上的,本质上的相互作用强度相关;纵坐标更与其“强度”这一度量上的概念相关

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发表于 Post on 2018-4-27 11:46:50 | 只看该作者 Only view this author
不取俗名 发表于 2018-4-27 00:46
谢谢老师,我能不能感性上的理解为:横坐标更与其性质上的,本质上的相互作用强度相关;纵坐标更与其“强 ...

也不好这么去说...
二者其实也有挺明显的正相关性
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